幕府为消灭丰臣遗族，决定禁绝天主教的活动。当时幕府已可由信奉新教的荷、英商人保证外贸的利润，所以对天主教的主要支持者西、葡两国在日本的势力不予重视。庆长十七年（1612）3月，断然发出禁教令，以幕府直辖领地的都市（静冈、江户、京都、长崎）为对象，1613年又下令全国禁教。幕府的“教谕书”指出：“日本，神国、佛国也。基督教徒党传邪法，谋政变以夺国，违法令，谤神佛，礼拜罪入（指耶稣），崇信有加，应予严禁。”[103]同时在京都、伏见、大阪、堺等地破坏教堂，逮捕教民，强迫改宗。庆长十九年（1614），各地诸侯对教士和教徒全面镇压。同年9月，明石（神户附近）地方有名的丰臣派天主教诸侯高山右近等148名教徒拒绝改宗，被判处流放到马尼拉。京都、长崎、大阪等地拒绝改宗的，捆缚在草席和蒲包里，露出脑袋游街。妇女被**示众，或送往妓院当妓女。这些对教徒的人身侮辱和剥夺身份是日本封建社会惯用的野蛮刑罚。据帕·杰斯的《日本天主教史》说，有些男女教徒毫不留恋地将自己包在蒲包里，挤进犯人行列，表示舍身殉教决心。当时信徒中武士多，特别在西南诸藩，这也许是禁教初期幕府采用身份刑的理由。[104]幕府发现消灭大阪丰臣势力的两次决战（1614年冬、1615年夏）中，教徒参加丰臣一方，于是决心禁绝天主教，以肃清反幕力量。诸侯慑于幕府威势，怕蒙丰臣派罪名，相继出具改宗字据，转而镇压天主教。诸侯的家臣、武士、农民，也根据主从关系，分别向所属上司提出“不背主义”字据，作为改宗理由。各级武士还得层层向上司递交保证部下及家属非教徒或改宗的证明。由此幕府掌握了对全国武士和人民思想的统治实权。