九州肥前（长崎）的岛原半岛原是战国时代天主教诸侯有马晴信的旧领地，有着不少热烈信仰的教徒和关原、大阪等战役后躲避幕府追究流落此地的浪人。[109]德川初期，由于藩主有马直纯禁教无效，幕府于1616年将岛原转封给松仓重政，有马的武士都成为农民。重政到任后，为巩固权势，7年间筑起坚固的岛原城堡和市街港湾。为取悦幕府，领地收入仅4.3万石的重政，却为兴建江户城而要求承担10万石的劳役，[110]使农民疲于奔命。元和七年（1630），他丈量本藩耕地，清理出比原有石数多出60%的地亩，课以高达收获量6成的年贡，[111]并苛征杂税，盘剥农民。同年重政死，其子胜家变本加厉，对农户经济作物、手工生产品及工具等都课税，甚至牛马驮货、生炉子、装窗户、安葬、生子等等，无不要捐税。对无力完纳的，便处酷刑，如拉走妻儿，将孕妇扔进水牢或**倒挂。更有一种名为“蓑衣舞”的刑罚，[112]使岛原人民无法活下去。

岛原南面的天草岛，本是天主教诸侯小西行长旧领地。关原之战，小西灭亡后，幕府把天草划归唐津（佐贺县西北）藩主寺泽领有。这里是天主教在日本的发祥地，[113]丰臣禁教后还将神学校、修道院等移来，传播西洋文化。寺泽领得此地后，立刻丈量出比原来多出两倍的耕地，增征许多捐税，在岛西北筑富冈城堡，从唐津派官来这里统治。

岛原新领主父子两代除掠夺农民外，疯狂镇压天主教民。从元和四年（1627）起，松仓一族镇压教徒达八年，用种种酷刑（灌凉水、铁笼烤、烙印、拶指、洞里倒挂、针扎、竹锯肢体、沸水煮），[114]实行最残暴的恐怖迫害，受难者达数千人。天草岛上领主寺泽父子迫害教民也极残酷。与此同时，教徒秘密组织（组、讲、会等）也遍布全岛，进行了沉默的抵抗。