16世纪中叶以来，西班牙和葡萄牙人在远东积极展开殖民和商业活动。葡人趁中日交往隔绝，在澳门和长崎间垄断了中国生丝和日本白银的交易，赚取5至10倍的暴利。[95]这方面的贸易一直掌握在丰臣氏和西部诸藩之手，且有耶稣会教士介入，早为幕府所嫉视。17世纪后，新教国英、荷势力东渐，[96]庆长五年（1600）荷兰商船遇难漂至日本，航海长英人威廉为德川家康留任为通商顾问，改名三浦按针（1564—1620）。[97]荷、英商船先后于1609和1613年来日本，获得在长崎的平户岛设商行自由贸易及享受治外法权的待遇。后来还在江户、大阪、浦贺、骏府、堺、长崎设立分行及代销店，贸易旺盛。两国商品和西葡大致相同，不外是幕藩领主们需要的枪炮、火药、铅等军需品和豪商需要的呢绒、生丝、绸缎及棉纱棉布等。幕府为抵制葡商操纵生丝贸易，于庆长九年（1604）实行生丝特许证制[98]，由幕府统制生丝贸易。对西班牙宣布不实行这一制度（1612年），对荷、英则更给以内地贸易的自由，由此葡商在日本势力一蹶不振。当时英商着重马来方面的香料贸易，对中日的贸易被荷兰人排挤，元和九年（1623）终于关闭了平户的商行，专力经略印度。随着日本禁教和锁国，荷兰成为西方唯一独占日本贸易的国家。