德川家康的对外政策，基本上沿袭丰臣时代禁教与贸易平衡的方针。但家康要发展经济，为招徕西方商人和航海、造船及开采银矿的技术家，不依靠教士是困难的，所以禁教不但不彻底，而且他自己就在鼓励传教。文禄四年（1599）家康还在伏见城代行政务时，就委托被俘的西班牙教士耶罗尼摩（Jeronimde Jesus）进行同吕宋（当时西班牙的殖民地菲律宾）通好，为日本招聘技师，并允许他在江户建立方济各会的教堂。由此天主教各宗，向关东方面发展。庆长十四年（1609）家康还委托西班牙原任吕宋总督罗德利哥（DonRodrigo de Vivero）和京都商人同去新西班牙（Nueva Hispania，当时西班牙的殖民地墨西哥）交涉通商。[99]仙台藩主伊达政宗（1567—1636）更公开宣布传教自由，庆长十八年（1613）派家臣支仓常长为使节，随方济各会教士路易·梭特罗（Luis Sotelho）乘自造大帆船横渡太平洋及大西洋，经墨西哥、西班牙到罗马，谒见西班牙王和教皇，要求通商。[100]

在德川家康统治期间，由于对国外商品和技术的需要，使天主教传教顺利。庆长八年（1603）在日传教士达129名，受洗人数1605年为793名，次年一跃为8000名。据教会的报告，庆长十五年（1610）日本全国天主教徒已达70万名。[101]