自从文明十三年（1481）桂庵玄树在萨摩翻印《大学章句》以后，各种儒书先后出版。文龟元年（1501）桂庵又出版了《四书五经古注和新注的作者及句读》，统一了四书集注的和点（用日语读汉文时插在汉文中的日文和符号），为朱子学的广泛传播做出了重大的贡献。

德川时代，藤原惺窝、林罗山以后，朱子学分化为进步与保守两派思想，前者以贝原益轩为代表，具有主气的唯物倾向，后者以山崎闇斋为代表，具有主理的唯心倾向。

贝原益轩（1630—1714），福冈藩医，由阳明学转向朱子学，晚年对朱子学发生怀疑动摇，批判朱熹“理先气后”说，主张气一元论。他反对朱熹的“居敬”说，重视其“穷理”说。益轩喜好科技医药之术，自称所学为“民生日用之学”。属于这一派的有新井白石及怀德堂学派的中井竹山、山片蟠桃等人，幕末佐久间象山等也属于这一派。

德川时代地方上出现了尊奉儒学的“明君”，以及许多教授朱子学的藩校。如宽永初建立的名古屋学问所、宽永十八年（1641）建立的冈山藩校、元禄十年（1697）建立的米泽藩兴让馆等。水户藩德川光国（1628—1700）聘请明末遗臣朱舜水为宾师，建立了尊王攘夷的水户学思想体系。此外，还有尾张藩主德川义直、会津藩主保科正元、备前冈山藩主池田光政、土佐藩的家老野中兼山等，他们都依据儒学改革藩政，在倡导程朱理学，巩固藩政方面发挥了作用。