当时农村中还保留着公社关系的残余；农民公有山林、草地，农忙期有进行劳动互助的“结”及兼有宗教信仰的互助性质的“讲”等组织。农民以“寄合”（聚合）的形式，商议本村大事，制定村规，选举村吏，保证全村交纳年贡，共同举行祭神，兴办工程等，违反村规要受“村八分”（全村对他断交）的惩罚。这样的农村，又多具有农村自治体的形态，但贫农都不许参加自治组织。

幕藩领主巧妙地利用这种农村共同体，作为封建统治的工具。各村由形式上从自治体选出的“地方三役”[51]管辖。庆长八年（1603），为加强统治农民，保证贡租收入，实行了“十人组”[52]制度。又将若干村组成乡组，任大庄屋（乡长）统治属村，以若干乡组组成郡，设郡奉行。幕府和各藩就是这样自上而下地统治了全国农民。

幕府为了保障财源和巩固封建统治基础，对农民设置重重限制，实行残酷的超经济强制。宽永二十年（1643）下令严禁土地买卖，犯者判徒刑后流放。以后更禁分田给子孙、禁种经济作物，禁农民迁徙、转业，甚至干涉到农民的衣食住等生活细节。庆安二年（1649），幕府制定了统治农民，旨在榨取其全部剩余劳动的法令《庆安告示》32条，典型地反映了封建统治阶级残酷掠夺压迫农民的用心。[53]

城市的工匠和商人统称为“町人”，按行业住在一定的地域。町（市镇、街区），和村一样，近于一种自治体。有房地的可参加町政，租赁房地的则无此资格。全町司法警察权由武士出身的“町奉行”主管，町内的日常行政事务由“町年寄”（长老）、“町名主”（市、镇董）等有财力的商工业头目处理。町也实行五人组制度。市民负有种种连坐责任。町人租用地产须交纳“地子钱”（租金），经营工商业要交纳“运上金”（营业税）、“冥加金”（牌照税），负担比农民的年贡轻，受干涉也少。手工业者因没有资金，力量不及商人，大多负有为领主做短工的义务（也有出钱代工的）。幕藩领主为维护封建秩序，严格限制商业资本的发展，宣扬“贵谷贱货”，实行重农轻商政策，多方干涉町人的活动。