幕府形式上尊奉皇室，装成将军是由天皇册封、幕政是由朝廷委托的假象。实际上把天皇当作傀儡，利用它来对付诸藩，凡反幕者就可作为“朝敌”来镇压。幕府给皇室和全国寺院神社的租米只分别占全国公定土地年产量的0.5%和1.2%，皇室岁入仅3万石（实际相当米8千石，银302贯多），全部公卿贵族的收入总共不到5万石，整个朝廷连同其他收入仅40万至50万石，远不及一个大诸侯。皇室既靠幕府供养，只能事事听命幕府，讨好将军，有如《本朝通鉴》所说：“朝廷赖武家而愈尊，武家仰朝廷而愈隆。”[40]

幕府颁布了《禁中及公家诸法度》17条，规定天皇只许从事学问，诵读《群书治要》[41]、《禁秘抄》[42]，吟咏和歌，不得过问政治。幕府在京都筑“二条城”[43]，作为将军的行辕。设置官吏，派遣密探，监视皇室公卿和关西诸侯。法制严别公武，武士官职由幕府授予，革除朝廷授官于武家之制。[44]由此，彻底隔断皇室和武士的联系。天皇如触犯幕府，随时可被废黜。德川时代朝幕之间，就是这样一种凌驾于天皇之上的权力关系。

为强化武家统制，庆长二十年（1615）颁布了《武家诸法度》[45]，违者处以禁闭、“改易”（减封、转封、除封，没收家禄和城邑，贬为平民），甚至赐死的严刑。宽永十二年（1635）修订本法为21条，更明定大名“参觐交代”的制度，大名必须隔年到江户谒见将军，一年值勤幕府，一年驻守领地，妻子留江户作人质。同时派遣特务（有巡见使、隐者、目付等职称）于各藩侦察地方动静，加强对大名的控制。

幕府和诸藩豢养数十万武士，镇压人民及维持德川军事封建国家。这些大小武士，从丰臣秀吉实行兵农分离后，就完全脱离生产。旗本和一部分御家人虽由将军封给领地，但规定必须居住江户，将自己领地委给地方官经营，地位低的也住在城市里，成为领取俸米（有折成货币的）、游手好闲、欺压百姓的特权阶层。