幕府军队由幕领的诸藩所属武士组成，封建国家本来就是一种军事组织，军政统一。如上所述，幕府授各藩大名以领地（“知行地”），大名则须按领地收入额，负担相应的军役，这是封建政治的根本原则。统治阶级官职不分文武，幕府首脑（将军）和诸藩大名（亦称藩主）战时就是中央和地方的军队统帅，老中（统辖大名）和若年寄（统率旗本、御家人）同时也是军队的总副参谋长。常备军称“番方”（值勤警卫军），又称“三番组”，即“大番组”、“书院番组”和“小姓番组”，由旗本及其子弟编成。

大番12组，警卫江户城、京都二条城及大阪城等，战时任先锋，由老中统领；书院番10组，警卫幕府，巡逻地方，侍卫将军，战时作战；小姓番8组，宿值府内，巡逻全市，平战两时护卫将军，与书院番都由若年寄统率。

番方警卫军编制；每组设“番头”1人、“组头”1人（大番为4人）、番士50人。另有称谓“同心”“与力”的下级武士30人。

御家人编成徒士组、步枪百人组等约30组，任务与三番组略同。幕府根据俸禄的高低，规定旗本的兵役义务；宽永年间（1624—1643）每收入500石出兵役13名，当时旗本的采邑共260万石，应出兵员约67600名。加上御家人（担任各番组的“与力”“同心”等职的）约17000余名，已超过所谓“旗本八万骑”之数。按规定，一个收租10万石的大名应负担兵役2155名，[39]所以任何势力联合不了40个这样的大名，是无法对抗幕府的兵力的。而且幕府的总兵力还应加上谱代大名的武装力量，因此它的强大远远凌驾于各藩之上。