幕府的政治机构最初沿袭德川家康在三河（今爱知县东部）地方时一个小领主衙署的规模，体制简单。二代将军德川秀忠时起，随着生产与统一事业的进展，任用儒官林罗山，整顿幕府官制。将军下设“大老”“老中”“若年寄”等职。“大老”是特任执政官，非常职，由谱代大名中选任。“老中”或称“年寄”，是常任执政官，相当于内阁，名额4至6人，按月轮值主持大政，即负责掌管皇室、公卿、大名、寺社和外交事务，由谱代大名选任。“若年寄”和老中共参幕政，分掌旗本、御家人及江户市政，名额5至6人，也由谱代大名选任。老中下设三“奉行”，即“寺社奉行”“江户町奉行”“勘定奉行”。“寺社奉行”四人，掌管寺院神社及寺社领地的行政、司法，处理关东8国以外幕领的诉讼。“江户町奉行”2人，分掌江户南北两区的行政、司法。“勘定奉行”4至5人，管辖幕领内郡代和代官及一般行政、财政。三奉行分别由谱代大名及旗本选任。以上各高官都轮流执政，重要事件协商处理，以防一部分人篡夺中央权力。

监察（特务）机关有老中下属的“大目付”（监视大名及幕府高官），若年寄所属的“目付”（监视旗本以下幕府官吏武士，兼管江户城内警政的官职）等。超越两奉行以上职权的重大案件由老中、三奉行、大目付等组成的“评定所”（幕府的最高司法机关）协议审处。

京都及幕领各地方的行政，由幕府任命。其中以“京都所司代”权职最重，他担任幕府对皇室、公卿及西部各藩大名的监督和当地的司法、行政。二条城（将军在京都的行营）、骏府（静冈）及大阪三要地各设城代，任军事警卫，大名城主外出则代行政务。京都、大阪两地还设置“町奉行"（相当市长）。其他幕府直辖要地设置“奉行”或“郡代”、“代官”等，处理行政及司法。

各藩大名以领地贡租的一半作为藩政的财源，其余充作家臣武士的俸米。藩主为实行集权，利用农民对地方武士的反抗斗争，逐步收缴封地，使原来掌管封地（“地方知行”）的家臣武士集居城下町，限制其直接支配封地，以实物俸禄制代替封地制。藩的政治组织略如幕府。总理藩政的重臣称“家老”（相当幕府的老中，世袭职，一藩有数人或10余人），也采取轮值协议执政的制度。家老下设郡、町、寺社等“奉行”。郡奉行专管农村司法行政，町奉行掌市镇（城下町）的司法行政，勘定奉行管理藩的财政。此外并设相当评定所的审判机关——大目付、目付（侦缉）及其他奉行等职。藩主身旁设有“用人”若干名，掌管庶务、会计。