平壤之役是日军从胜转败的转折点。丰臣秀吉发动的这场不义之战在国内军内也不得人心。葡萄牙传教士路易·福洛易斯（Luis Frois， 1532—1597）在谈到他在北九州耳闻目睹的情况时曾说：人们非常厌恶征集壮丁，认为那无异于去送死。妇女们在抽泣。因为她们预感到要被迫守寡。不安和叹息充满全国。一种预言也传开了，说秀吉的征服事业必将失败，日本国内必将掀起叛乱。[18]反对战争的不止北九州居民，在古都奈良，兴福寺多闻院僧人英俊获悉战争动员已经开始后，便预计这次战争不会有好结果。当侵略军正在**朝鲜国土时，他在日记中表示对朝鲜人民“无限同情”。农民拒纳军粮，反对侵略战争。关东常陆（茨城县）农民拒纳军粮，使正欲渡海的该国大名佐竹义宣军队处于“奄奄待毙”状态。在军内，官兵、民夫大量逃亡和哗变。一份资料记载，锅岛部队从前线逃回的有57名，这些都是主力战斗部队的官兵，“搬运伕并未计算在内”。当时兵士逃亡如此严重，以致丰臣秀吉不得不命令在各地设立缉捕逃亡者的岗哨（“人番留所”）。侵略战争发动不到3个月，集结在肥前平户的岛津部队中，以梅北国兼为首700名官兵拒绝渡海作战并举行哗变。[19]

平壤战败后，日军厌战反战情绪弥漫。留在名护屋本营的羽前大名最上光义在写给家里的信中讲道：“日本人早就想逃出京城，都这样想：当和尚也好，只要能留下一条命。我也在盼望，能在活着的时候重新踏上故国芳香的土地，哪怕喝上一杯家乡水也好。”[20]当时日军士气既如此，又加以兵员伤亡过半（京城内外只剩53000人）[21]，粮秣奇缺，疠疫流行，日军统帅部自知京城难保，4月18日撤出京城南遁，龟缩到东南沿海一带。明军入城并分路追击，收复汉江以南千余里，朝鲜国土绝大部分遂告光复。

日明之间的媾和谈判早已开始。6月，身在名护屋的丰臣秀吉还以战胜者自居，提出明朝以公主嫁给日皇、恢复两国贸易、归还占据朝鲜的四道及京城、朝鲜王子一人到日本当人质、朝鲜誓不反日及其他等七项无理条件。[22]明朝的谈判使节沈惟敬本是一个内奸和无赖，同日使小西如安合谋，回北京后一字不提丰臣秀吉的七项条件，反说丰臣恭顺，“恳求内附”。明万历帝信以为真，企图以满足丰臣秀吉虚荣心的办法使他“谨修臣职”。1596年遂遣正副使赴大阪，封丰臣秀吉为日本国王，丰臣大怒，和议破裂，战事再起。[23]