日本陆军虽然一时得逞，但5月以来水军在半岛南部沿岸水域却连续遭到以朝鲜杰出爱国水军将领李舜臣指挥的以龟船[16]舰队为主力的朝鲜水军的沉重打击，尤其7月8日在闲山岛前海海战中，日本的庞大舰队几乎全部被消灭。从此日本水军完全丧失了制海权，使侵略者原来水陆并进夺取义州的企图被迫落空。

侵略军在朝鲜杀人如麻，激起朝鲜人民的义愤，各地纷纷自发地组织起人民武装“义兵”队，英勇斗争，抗击敌人。郭再祐、郑仁弘部队活跃于庆尚右道，赵宪部队活跃于忠清道，高敬命部队活跃于全罗道，金千镒部队活跃于中部地区。各地义兵战斗力不断增强，不只能保卫家乡，且能解放本道，广泛向其他道出击，大量消灭敌人。

应朝鲜政府之请，明朝派遣的援朝军自7月起陆续抵朝，投入战斗。但第一批5000援军7月间在进攻平壤之战中因副总兵祖承训轻敌失利，先锋史儒战死，承训败回。12月底，经略宋应昌和提督李如松所部第二批4万援军入朝，旋即于1593年1月初再次发动平壤战役，向盘踞这里的小西行长部队猛烈进攻，明军“无不以一当十”[17]，经一昼夜血战，收复平壤，继而解放开城。小西行长部队退守京城，加藤清正部队也从北部撤回。1月下旬，李如松率部向京城挺进，由于误信假情报，军至碧蹄馆（京城北30里处）中敌埋伏，激战终日，退驻开城。但此后李部却能够成功地断敌龙山饷道，焚其仓粟。