丰臣秀吉的天主教政策也以加强中央集权为主旨。织田信长为利用天主教对抗一向宗农民起义和获得贸易利益，对天主教曾采取保护政策。秀吉最初也采取了同一政策，但天正十五年（1587）他在征服九州时看到外国教士对九州部分大名的强烈影响和长崎成为教会领地的情况，大为吃惊，恐危及自己统治。尤恐天主教在农民中传播会招致一向宗起义那样的后果，所以立即将长崎收为直辖地，禁天主教传教，驱逐外国教士出境。他虽然放逐了传教士，但这时还是承认人民对天主教的信仰，允许葡萄牙人通商。及至庆长元年（1596），一艘西班牙船只漂流到土佐海岸，秀吉察悉西方国家有利用传教侵略日本的野心[9]，便把传教士和日人信徒26人在长崎处死。这就是日本镇压天主教的开端。

秀吉的这种政策还利用所谓“神国”思想来煽起人民的排外情绪，他宣称，日本的国土及其上一切事物都是神创造、成长和保护的。天正十七年（1587）的天主教禁令中说，“日本是神国，不许天主教国家传播邪教”，“天主教国家的人以日本人为门徒，破坏神社佛阁，这是前代未闻的”。1591年秀吉写信给葡领东印度总督说，“我国是神国，神是万物的根源”。[10]

信长、秀吉经过一系列的征服战争，结束了群雄割据的战国纷乱局面，实现了国家的统一，摧毁了庄园制度，这些对尔后日本经济文化发展都有很大作用。作为历史人物，他们都是镇压人民的凶手，但同时又不失为封建的军事家和政治家。