信长死后，统一事业为部将羽柴秀吉（1536—1598）所继承。秀吉是尾张国（今爱知县）一农民之子，自幼侍奉织田信长，能力出众。天正元年（1573）因多次战功，被擢为大名，与柴田胜家、明智光秀同为信长的得力部将。天正十年（1582）本能寺之变时，他正在备中国（今冈山县）同毛利辉元（1553—1625）作战，闻讯后即同辉元讲和，回师京都。山崎（兵库县西南）之役打败明智光秀，光秀在败走近江途中遭农民袭击自杀，距信长死11天。天正十一年（1583）起，秀吉逐次剪除异己，首先发动近江贱岳之战，消灭织田家臣柴田胜家。并从这一年兴建大阪城（今大阪市），强制各大名离开领地，连同堺市商人一并移居这里，将大阪作为自己称霸全国的根据地。1584年迫使雄踞关东的德川家康臣服，从而上升到织田信长继承者的地位。同年进军四国，迫令战国大名长曾我部元亲以全境投降。

天正十三年（1585），秀吉征服了最后一个守旧势力堡垒和歌山县的高野山（佛教真言宗的根据地）和纪伊的根来寺。同年迫朝廷授之以关白之职。1586年任太政大臣，更受天皇赐姓为“丰臣”。天正十五年（1587）进攻九州，大名岛津义久投降。这一年秀吉在京都建成宏大富丽的官邸聚乐第，围以城濠，宛如宫苑。天正十六年（1588）他在这里迎来后阳成天皇，召织田信长次子信雄、德川家康等一起表演了向天皇誓忠的一幕。

天正十八年（1590）秀吉出征关东，讨伐北条氏一族，包围小田原城，迫北条氏政（1538—1590）自杀，并使东北的伊达政宗（1565—1636）臣服，然后北进，平定奥羽地方。至此全国统一。文禄二年（1593）他又使战国时代统治虾夷地区（北海道）南部的松前氏归顺，北海道南部地区遂正式划归日本版图。