跟昔日一样，僧侣仍然是中日文化交流的使者。不过德川时代留学中国的日僧很少，赴日的明清僧却很多。除僧侣外，还有不少亡命日本的明朝遗臣，据统计达62人。[230]

当初中国僧大多到长崎，住在“唐三寺”里。唐三寺是指长崎的兴福寺（南京寺），福济寺（漳州寺）、崇福寺（福州寺）。这三所寺院是到长崎的中国船主所建，所以寺院住持必须是中国僧，由南京、漳州、福州三地名刹派僧担任。当初兴福寺开山为真圆，福济寺开山为觉海，崇福寺开山为超然。他们将明清文化带到日本。在亡命日本的明遗臣中，有何倩、林上珍、顾卿、张斐、朱舜水、陈元赟等，朱、陈二人给日本文化的影响更大。

朱舜水（1600—1682），明末清初爱国进步思想家，浙江余姚人，字楚屿。明末与舟山守将王翊等从事抗清活动。1658年参加郑成功和张煌言的北伐，攻长江下游诸城。1659年郑成功败后，亡命日本。1659至1665年在长崎讲学，水户藩主德川光国聘为宾师。1665年移居江户，广收门徒，传播中国文化，在中日文化交流史上留下光辉一页。朱舜水治学重实际效用，反对宋儒脱离实践“辨析毫厘，终不曾做得一事”，主张学术为政治和社会服务。这种实学思想，对当时日本有一定影响。1682年病逝江户，葬于常陆（今茨城县），日本学者私谥文恭先生。其著作由门人辑集、德川光国父子刊印为《舜水遗书》。[231]

陈元赟（1587—1671），浙江余杭人，元和七年（1621）随商船到长崎，后为尾张德川侯的幕宾。他在日本与诸名士结交，在日本上层社会有一定影响。宽文十一年（1671）卒于名古屋，陈元赟长于诗文，传授中国武术，发展了日本古来的柔道，他还在名古屋制造陶瓷器，后人称“元赟烧”[232]。

明清之际去长崎的中国人不少。他们有的被任命为“唐通事”（中国人翻译），成为对华贸易的官员，职业世袭。有的在长崎教授中国语言文学，广收门徒，形成“长崎派”。获生徂徕就是其中的著名学者。当时长崎成了中国文化的中心，不少日本人向到长崎的中国人索诗文书画，或托便船赠诗给中国人，有的专程赴长崎，以同中国客商笔谈为乐，甚至认为到长崎便靠近中国而引为快事。[233]

日本人民对待清商很友好，据传至今在长崎的中岛河畔还留下当年修建的一座“常明灯船”，上面刻着“唐船航海安全”字样，表达日本人民对中国商船的祝愿。