尤卡坦半岛南部第二大城市是古帝国的科学中心科潘。这座城市由1个主要的中心区域和16个附属的外围区域组成，其中一个离仪式中心7英里远。科潘主要的中心区域，或者称为主建筑群占地约75英亩，由卫城和5个相邻的广场组成。卫城是一座由金字塔、阶梯平台和神庙组成的建筑群。由于不断地扩建，它发展成为一个巨大的砖石建筑群，占地12英亩，最高点高达125英尺。卫城的众多建筑中包括这座城市最宏伟的三座神庙：26号神庙，建于公元756年，是为了纪念铭文阶梯竣工而修建的；11号神庙，也建于公元756年，是为了纪念在科潘获得的一项重要的天文学发现（确定日食间隔的确切长度）而修建的；22号神庙，建于公元771年，是为了纪念金星而修建的，这座神庙是科潘最壮观的建筑。

主要的中心区域包括五个庭院或广场：（1）主广场；（2）中庭；（3）铭文阶梯的庭院及卫城；（4）东庭；（5）西庭。主广场是一座250英尺见方的大型露天广场，三面都是一排排石头座椅，另一面的中央有一座祭祀金字塔；仅这一个主广场就矗立着九座宏伟的雕塑纪念碑，还有一些雕刻精美的祭坛。

铭文阶梯的庭院长约310英尺，宽约125英尺；在一端，就在雕像和祭坛的后面，矗立着由62级台阶组成的33英尺宽的铭文阶梯。这些台阶的表面雕刻着大约1500到2000个单独的象形文字符号，这是这座城市最长的铭文，也是所有玛雅象形文字文物中最长的一个。在中轴线的位置，每12步就有一座身材夸张、穿着华丽的人形坐姿神像。这座宏伟的铭文阶梯是整个玛雅地区最壮观的建筑之一，沿着这个阶梯可以通往26号神庙。

卫城东西两边庭院的地基都比一般的地面高出很多。东庭西侧有美丽的美洲豹梯道，梯道两侧是身形夸张的狂暴的美洲豹，上面镶嵌着高度抛光的黑曜石圆片来模仿美洲豹身上的斑点。西庭有一些非常精美的建筑，包括一个十分漂亮的检阅台、P号石碑、早期建成的最后一座纪念碑和几个漂亮的祭坛。

科潘最引人关注的考古遗迹之一是由于科潘河冲刷所暴露出的科潘卫城的横截面。自公元9世纪早期这座城市被遗弃以后，科潘河改变了流向，直接从科潘卫城的东部区域流过。由于河水的长期冲刷作用，卫城被切开了一个最深处118英尺、底部近1000英尺长的垂直立面，这是世界上最大的考古横截面，上面可以清楚地分辨出一些科潘早期的广场地基和地下排水沟。

华盛顿卡内基研究所自公元1935年以来一直与洪都拉斯政府合作，在科潘进行发掘和修复工作。科潘河已经改为原来的河道，这样科潘卫城就不再受到被继续破坏的威胁；十多个倒塌和破碎的纪念碑已经被修复和重建，很大程度上恢复了这组遗迹的样貌。11号神庙、21a号、22号、26号和球场（9号和10号建筑）已被发掘和修复。考古人员还开挖了几条穿过卫城的隧道，以确定是否还有早期建筑被埋在地下。

科潘最重要的考古发现之一是找到了两块黄金碎片，这两块黄金质地的小碎片是建于公元782年的H号石碑的基座上一个空心雕像的脚。这是玛雅古帝国城市中发现的仅有的两块黄金，也是仅有的金属文物。

科潘的雕塑达到了惊人的艺术高度；事实上，只有乌苏马辛塔河流域的帕伦克、佩德拉斯内格拉斯和亚斯奇兰这三座伟大的城市在雕塑艺术方面超越了科潘，我们会在后面介绍。此外，有证据表明，科潘可能是古帝国最伟大的科学研究中心，特别是在天文学领域。科潘掌管天文的祭司用来确定太阳年和日食周期真实长度的公式比任何其他古帝国的公式都要精确。简而言之，由于在天文学方面的杰出成就，科潘可以被称为玛雅世界的亚历山大港。