不幸的是，玛雅文明的绝大多数城市、城镇和村庄的古代名称在过去的几个世纪里都遗失了。在古帝国时期的遗址中，只有科潘可能是原本的名称，其余全部叫不出名字了。然而，我们现在称为科潘的遗址早在公元16世纪西班牙人第一次到达科潘地区时就被称为科潘，而当时这个遗址本身早就被遗弃了，因此人们严重怀疑这是否是它的原名。至于古帝国所有其他已知中心城市的名称，可能全部是公元18世纪末之后才出现的，其中许多城市在过去50年中又被现代考古学家重新命名。

在新帝国，这种情况稍微好一点儿。我们从《奇兰·巴兰书》中得知了七个遗址的古代名称：奇琴伊察、察坎普敦、乌斯马尔、玛雅潘、伊萨马尔、科巴和特霍（今墨西哥城市梅里达），但无数其他遗址的古代名称早已在时间的迷雾中被遗忘了。