尽管在西班牙征服时期，几乎所有古玛雅人宗族组织的痕迹都消失了，但有迹象表明，最初普遍存在宗族组织体系。例如，兰达主教这样说道：

他们总是用父亲的父系姓氏和母亲的母系姓氏来称呼自己的儿女，父亲的姓氏是正规称呼，母亲的姓氏是口头称呼。例如父系姓氏“Chel”的父亲和母系姓氏“Chan”的母亲生的儿子就叫作“Na Chan Chel”，意思是父系姓氏Chel家的男子和母系姓氏Chan家的女子生的儿子，其中母亲的姓在这里作为中间名。这就是为什么玛雅人会把同姓的人看作同一个家庭的成员，而且他们也会像家人那样对待他。因此，当一个人来到一个陌生的地方又需要帮助时，他就会立刻报出自己的名字。如果那里有和他同姓的人，就会马上友善地接待他，并把他当成家人来对待。同样，无论男女都不会和与自己同姓的人结婚，因为在他们看来，这是极大的耻辱。

这段描述非常直接地说明了玛雅人同姓不婚的禁忌，最初应该是基于基本的宗族社会组织体系，也就是说，一些人声称他们有一个共同的祖先。

玛雅人这种禁止相同姓氏的人结婚的古老禁忌，在泽套玛雅人和拉坎敦玛雅人中间一直延续到今天。在墨西哥恰帕斯高地的许多泽套玛雅人村庄里，有着相同姓氏的人之间的婚姻就像近亲结婚一样，要么被彻底禁止，要么遭到强烈的阻止。这种禁忌在乡村非常盛行，甚至在那些已经不再使用玛雅姓氏并采用西班牙姓氏的泽套玛雅人家庭中也是如此，如果两人的西班牙姓氏相同，那么他们之间的婚姻也会被禁止。

恰帕斯低地少数幸存的拉坎敦玛雅人生活在乌苏马辛塔河流域西南侧茂密的森林里，现在男女老少加起来只有大约200人。和尤卡坦玛雅人和泽套玛雅人一样，拉坎敦玛雅人的宗族也是指父系姓氏。现在的拉坎敦玛雅人都属于两个宗族，也就是说全部都来自两个父系姓氏。他们的宗族姓氏大约有18个，都来源于动物或鸟类，如蜘蛛猴、吼猴、野猪、西貒、鹿、美洲豹、小羚羊、无尾刺豚鼠、燕子、野鸡、鹧鸪、金刚鹦鹉等。这些名字说明所有的宗族姓氏过去都带有宗族图腾的意义。虽然不算常见，但在现代的拉坎敦玛雅人中，同一姓氏之间的婚姻确实存在。如果他们也有禁止相同姓氏的人结婚的禁忌，只能异族通婚，那么当整个宗族的人数减少到快要消失时，也不得不放弃这种禁忌，否则宗族就由于没有新生人口而不复存在了。

有证据表明，在拉坎敦玛雅人的宗族组织之上，还有一些更大的社会群体，每个群体有好几个宗族，但具体情况还不清楚。有人认为，这种更大的社会群体可能是从前某种由家族团体组成的更复杂的社会组织的残留，至少从起源上看，他们都有一个共同的祖先。

然而，我们再来观察新帝国晚期的玛雅人，除兰达主教提到的同姓不婚的禁忌之外，所有宗族组织，无论最初是否起源于宗族图腾，似乎都在被西班牙征服前就完全无迹可寻了。