我们所有的植物学家都同意，新大陆的高度文明最初的发展与种植玉米有关。玉米是前哥伦布时代美洲印第安人的生活支柱，事实上今天生活在美国南方的人们也是如此。但是关于玉米起源于美洲的什么地方这个问题，始终没有一致的答案。有一个学派认为农业发源于南美洲的秘鲁高原，而另一个学派则认为农业发源于中美洲北部，更具体地说是危地马拉西部高地。由于这两个学派都承认玉米是新大陆最先种植的农作物，因此玉米在美洲的起源地也可以回答新世界农业的起源地这个更重要的问题。

这两个学派对立的观点基于不同的事实。一个学派认为，哪里发现的玉米品种最多，那么这种谷物就一定是在哪里培育起来的；而另一个学派则认为，无论玉米的种类和数量多少，都必须有一些原本就可以培育的始祖植物或者亲缘植物。如果我们接受以数量最多的玉米品种作为起源地的决定因素，那就必须承认秘鲁高地是最早种植玉米的地区，因为秘鲁的玉米品种比美洲任何其他地区都要多；而另一方面，如果我们接受以关系最近的亲缘植物作为起源地的决定因素，那就必须着眼于危地马拉，因为所知的仅有的两种可以和玉米杂交的禾本科植物都在危地马拉：一种是一年生高大草本植物大刍草，另一种是摩擦禾属的几个品种。

那些认为印第安玉米的起源地在秘鲁的学者肯定完全忽略了玉米的这两种亲缘关系极近的植物。正如一位著名的植物学家敏锐地指出：

他们（秘鲁起源假说的支持者）从玉米的谱系里剔除了大刍草和摩擦禾属植物这两种仅有的亲缘植物，这样一来，玉米就没有现存的亲缘植物了，因此他们可以声称玉米起源于南美洲某种未知的始祖植物。

他们将玉米和摩擦禾属植物的一种罕见杂交品种认定为正式的杂交品种，并以此为证据剔除了大刍草和玉米之间的关系。然而，曼格尔斯多夫（秘鲁起源假说的主要支持者）和其他一些人完成的这个杂交实验是有复杂条件的，不可能经常发生，因为这个实验必须用玉米作为母株，然后只有打开玉米的外壳并刮去里面的丝絮才能完成。杂交品种本身不育，只是偶尔会产生雌雄蕊同花的花粉粒。根据他们的推测，这种花粉粒能使另一株玉米受精，然而我们现在所知的二次受精或者回交产生的野生玉米品种应该就是从大刍草衍生而来的。

因此，他们假定这种杂交品种是先前驯化的植物（玉米本身）和另一种摩擦禾属的野生植物杂交的结果，从而将危地马拉西部广泛分布的野生物种大刍草从玉米的始祖植物中排除，这些支持秘鲁是玉米起源地的人就可以自由地将玉米的地理起源设定为新大陆的任何地方。由于他们认为古秘鲁人有这几个特点：（1）他们比西半球的任何人都早培育出更多的玉米品种，（2）他们是具有非凡能力的农业家，可能是前哥伦布时代新大陆最熟练的农民，因此只需要进一步假设古代秘鲁人已经发现了一种早期玉米始祖植物并将其广泛传播。这种假想中的早期玉米始祖植物是某种野草，与我们现在的有稃玉米非常相似，但是没有垂穗，种子蕴藏于穗状花序里，简而言之，这是一种雌雄同花的野草。

上面关于玉米起源的解释，许多基因技术方面的意见都是否定的，因为这种解释将一个极其复杂的生物学问题处理得过于简单化了。但除强烈相反的生物学迹象之外，该假设还要面对另外两个更强烈的反对意见。到目前为止，这两个尖锐的质疑都没有得到令人满意的解答：（1）南美洲任何地方都没有发现这种被认为是早期玉米始祖植物的野草；（2）在这个假设下，这种早期玉米始祖植物应该是一种比已知的大刍草和摩擦禾属植物更原始的野草。简而言之，这种尚未发现的假想中的早期玉米始祖植物不仅是玉米的始祖，而且也是大刍草和摩擦禾属植物的始祖。如果能证明这一点，这个假设就不会与任何一位植物学家的观点相冲突，因为所有人都认为整个玉米种属最原始的始祖植物就是一种开着美丽花朵的野草。事实上，自从曼格尔斯多夫和他的同事卡梅伦最近发表的研究报告认为危地马拉是玉米品种起源地的第二中心以来，即使是坚定支持南美洲是玉米起源地的学者也开始动摇。曼格尔斯多夫和他的同事在报告中这样说道：

即使对这批玉米（来自危地马拉西部38个地区）只进行粗略的研究，也能立刻证明危地马拉西部玉米品种的多样性。危地马拉西部地区的面积不到艾奥瓦州的一半，而玉米品种可能比整个美国的还要多。

曼格尔斯多夫还说，尽管他在中美洲看到的任何一种玉米样品中都没有发现能做成爆米花的玉米，但他相信肯定存在这种玉米食物，因为其他种类的玉米食物，例如玉米面、晒干的硬玉米和玉米碎粒都很常见。简而言之，这个地区的玉米食物种类达到了最丰富的程度。

另一方面，中美洲北部原生的大刍草和摩擦禾属植物比玉米更原始，尽管根据秘鲁起源假说，南美洲早期玉米始祖植物要更原始一些。虽然玉米在美洲的起源地这个问题还远没有定论，但大刍草和摩擦禾属植物这两种玉米的亲缘植物都存在于危地马拉是不可否认的事实，根据这一事实我可以得出结论，即使还存在争议，但中美洲北部高地比秘鲁高原更有资格作为印第安玉米的起源地。

根据玉米的起源地是中美洲地区的假说，应该是在相当遥远的年代，大刍草偶然与另一种野草杂交，从而产生了玉米。

综上所述，我们可以肯定关于玉米的起源有三种理论，且没有一种理论可以将另外两种充分证伪，这三种理论分别是：（1）通过变异、突变、选择等传统生物学方法从大刍草培育而来；（2）大刍草与某些未确定的禾本科植物杂交而来；（3）从一些已经灭绝，或者至今仍未知的早期玉米植物培育而来。前两种理论假设玉米起源地在危地马拉西部的某个地方，第三种理论则没有地理限制，甚至不排除来自欧洲大陆。选择南美或北美作为玉米起源地在很大程度上取决于个人偏好，因为既没有经验也没有判断标准，来帮助我们决定哪种情况更有可能发生，所以我们不知道到底是假想中的南美洲早期玉米始祖植物已经灭绝，还是从大刍草到玉米的中间突变阶段的植物完全消失，只留下了最初形态和最终形态的植物物种。

我认为后一种情况更有可能发生，因为这是我们目前的动植物物种从其始祖物种中衍生出来的普遍方式。我还相信，玉米起源于危地马拉西部，因此新大陆的农业也起源于危地马拉西部。在这个理论中，关于为什么古代秘鲁人比古玛雅人驯化了更多植物这个问题，真正的解释并不是因为农业起源于古代秘鲁人，而是因为他们所在地区的自然条件和严酷的气候迫使他们利用每一种可能利用的植物。