“太后下嫁”是清初的一大疑案。说的是康熙皇帝的祖母，亦即顺治皇帝的生母博尔济吉特氏下嫁多尔衮的事。博尔济吉特多出身蒙古科尔沁部所谓“戚畹之家”，14岁时嫁给努尔哈赤第八子皇太极，史称“孝庄文皇后”。她是一位聪明而富有谋略的女子，丈夫竽太极当政时，就“赞助内政，越既有年”。丈夫身亡后，痛不欲生，愿以身殉。康熙皇帝更是不会忘记这位贤能的祖母：“忆自弱龄，早失怙恃，趋承祖母膝下三十余年，鞠养教诲，以致有成。设无祖母太皇太后，断不能有今日成立”。
“孝庄文皇后”终年75岁，临终时对康熙说：你祖父安葬已久，不用再打开他的陵墓了，况且我也很想念你们父子二人，不想远离，所以希望在孝陵附近安葬，这样我就放心了。康熙遵其遗嘱，把灵柩暂时停置在清东陵，直至雍二年才正式葬入地宫，多尔衮是皇太极的弟弟，亦即顺治皇帝的叔叔。他一生封号颇多，始封贝勒、后封墨尔根青（意为聪明王）、睿亲王，顺治时称摄政王、皇父摄政王。。在当时朝鲜人的记载中多称“九王”，在外国传教士的著作中称“阿玛王”。他“聪慧多智，谋略过人”，清入关后的各项制度大都由其筹划，可谓清朝政权的实际开创者。
多尔衮享年仅39岁，死后仅两个月，就被削去爵号，平毁墓葬。有的记载就：顺治“命令毁掉阿玛王体华丽的陵墓……把尸体挖出来，用棍子打，又用鞭子抽，最后砍掉脑袋，暴尸示众”。直至康熙晚年才下诏为其诏雪。
太后“下嫁”多尔衮的艳事，在清初便开始流传。但究竟有没有其事，因官方文献没有明确记载，至今仍无定论。
太后下嫁多尔衮的疑云之起，是由于张煌言收录在《奇云草》中的两首七绝，题为《建夷宫词》：
上寿觞为合卺尊，慈宁宫里烂盈门；
春宫昨进新仪注，大礼恭逢太后婚。
掖庭犹说册阏氏，妙选孀闺作母仪；
椒寝梦回云雨散，错将虾子作龙儿。
建夷是指建州之夷，是明朝遗民对清朝王朝的蔑称。觞是盛酒的杯子。合卺指成婚。慈宁宫是孝庄住的地方。阏氏是汉代匈奴称呼君主的正妻。诗的前七句没有什么好解释的，无非是诋毁丑化敌国君主。最后一句颇费解。细推之，原来指的是多尔衮无子，以弟多铎之子为嗣。满文称侍卫为“虾”。多铎当时的职位有“领侍卫内大臣”一职。看来虾子指得是多尔衮的义子多尔博。也就是说，顺治子随母嫁，自为“龙儿”，不必以多铎的“虾子”为子。先前人们将这首诗作为无稽之谈，但从多方面的证据来分析，“太后下嫁”的确是事实。
论据一：弟娶其嫂的满族旧俗
首先从当时满族婚俗来看，嫂嫁小叔、兄纳弟妇之事常常发生，此事不足为怪，甚至还有不管辈份的婚俗（汉族礼教称之为“**”）。站在这样的历史背景下来思量，盛年寡居的孝庄与壮年英武的小叔子多尔衮的结合，也就没有什么不好理解的了。如顺治皇帝的大哥、皇太极的长子、肃亲王豪格在清贵族政治斗争中死去后，他的两个妻子就分别被叔父辈的多尔衮、阿济格娶去。庄妃是蒙古人，十三岁时就与其姑母一道嫁给皇太极，因其美貌聪慧能干，受宠多年，生有三女一子，其子后来就被立为顺治皇帝。1663年皇太极死时，庄妃只有三十一岁，虽被尊为太后，仍当华年，美丽异常。多尔衮大权在握，岂能放过这天赐良机。这时清王朝刚入关，满洲贵族从东北刚入主北京，受到汉族文化与纲常礼教的影响与束缚很小，还大量保留原在东北时的旧婚姻风俗，如清皇室与贵族中寡妇改嫁的事频频发生。因此孝庄太后（庄妃）与小叔多尔衮结婚的事就是比较正常的事了。我们切不可用汉族的传统纲常礼教去要求和看待清初的满洲皇族。
论据二：保全皇位的政治婚姻
皇太极死时，庄妃才32岁，年仅6岁的儿子福临继位。一个是三十出头的寡妇，一个是只知玩耍的顽童。在当时，执掌朝中军政大权的实际是睿亲王多尔衮。他手握重兵，成为朝中说一不二的人物，甚至连皇帝的大印“玉玺”也搬到睿王府内使用，以代理天下，小皇帝随时有被废掉的危险。人们认为，孝庄为了保住儿皇帝顺治的天子宝座，而委身于小叔子多尔衮。
论据三：多尔衮的“皇父”称谓
持下嫁说的人特别强调，在顺治朝多尔衮公开以皇上的父亲自居，称号就叫“皇父摄政王”，而只有皇帝的母亲下嫁了，多尔衮才有可能被称为“皇父”。人们认为，多尔衮称谓变化的过程，恰恰反映了太后与多尔衮的婚姻由隐秘到公开的过程。《朝鲜李朝实录》中记载，“皇父”称号非但举国轰动，甚至已经“声闻海外”。《朝鲜仁祖李倧实录》载：二十七年己丑（即清世祖顺治六年），二月壬寅，上曰：“清国咨文中，有’皇父’摄政王之语，此何举措？”金曰：“臣问于来使，则答曰：今则去叔字，朝贺之事，与皇帝一体云。”上曰：“然则二帝矣。”朝鲜邦外属国，国王都发现此举与“二帝”无异。大清朝难道就真的荒唐到这种程度不成？当然不是。其时清廷正推崇儒教，广纳天下饱学之士。断不会做这种令世界当做笑柄的糊涂事，但“皇父”一词确已明诏天下，一朝二帝，已经是无可争议的事实。
论据四：风水墙的诉说
按清朝早期丧葬制度，皇后、嫔妃最终都要与皇帝合葬。可是，孝庄竟葬在了遵化的清东陵风水墙外，而未与清太宗皇太极合葬于沈阳的昭陵。按清制，她应归葬到沈阳皇太极的昭陵旁，因她是皇太极的庄妃，但结果她却被葬在河北遵化的清东陵，孤零零的，无依无靠，且陵墓在东陵的“风水墙”之外。这种悖乎常礼的葬法多年以来一直引起人们的种种议论，其中可能有难言之隐。有人认为，这是孝庄因改嫁而无脸到阴间见皇太极的刻意安排。史料中也确有这样的记载。太后在遗嘱中说，“卑不动尊”，不忍再惊扰皇太极，这实在是托词。对祖母孝庄的心思，康熙自然心知肚明。但康熙又感到，将祖母单独安葬实在没有这样的先例，是件很棘手的事，于是他把这一难题留给了儿子雍正，将孝庄的棺材在东陵的地面上一直停放了38年之久，直到雍正三年（1725）才为孝庄建陵安葬。还需说明的是，长眠在清东陵的5个皇帝、14个皇后、136个嫔妃，都葬在了风水墙之内，而只有孝庄葬在风水墙外。这又是为什么？孝庄太后在1687年（康熙二十六年）死，享年七十五岁。
论据五：皇帝谕旨露出破绽
顺治十七年（1660）十二月二十四日，因乳母李氏病故，顺治降谕礼部，其中有这样几句话：“睿王摄政时，皇太后与朕分宫而居，每经累月方得一见，以致皇太后萦怀弥切。乳母竭尽心力，多方保护诱掖，皇太后眷念慈衷赖以宽慰。”这无意间透露，幼年皇帝顺治与母亲孝庄分宫而居，而且皇太后不是居于皇宫之中，否则母子之间为何“每经累月方得一见？”皇太后萦怀弥切，为何却不去看望皇上？皇上又为何不去探望生母，以解“皇太后眷念慈衷”？度之事理，其间必有一个超越两者之上的力量破坏了母子之情。这个力量，除了多尔衮之外，还能有谁？另外，徐柯《清稗类钞》中对“太后下嫁摄政王”有较为详细记载。
论据六：有人见过“太后下嫁诏”
关于孝庄太后下嫁多尔衮之事，虽由于后来清皇室受汉族影响日深、纲常礼教观念加强，因而不让将此事记载到正史中，甚至原有的记载也被删改，使我们今天很难查到有关此事的正式记载，但我们仍可以从许多史料中看到关此事的正式记载，但我们仍可以从许多史料中看到有关此事的明显痕迹。如清故宫藏顺治朝的“批红”题本及《东华录》上，就记载顺治五年起——这一年太后与多尔衮结婚——多尔衮由“皇叔父摄政王”改称“皇父摄政王”，并“亲到皇宫内院”，“自称皇父”，若无太后下嫁之事发生，此事是顺治皇帝所万万不能接受的。太后下嫁之事传播甚广，前面已经提到当时人的记事诗，虽极尽嘲讽挖苦，但也是这件史事的一个有力旁证。1946年10月，近代学者刘文兴撰文《清初皇父摄政王多尔衮起居注跋》，其中写道，宣统元年（1909），他的父亲刘启瑞任内阁侍读学士，奉命收拾内阁大库档案，“得顺治时太后下嫁皇父摄政王诏”。世上若果真有这一诏书，无疑是太后下嫁最具权威的铁证。