在波谲云诡的幕末时代，天皇、幕府和武士三者之间的关系呈现出一种相当离奇的状态，幕府是武士和天皇实际上的饲主，而且在幕府体制存在的数百年间，它一直在竭力阻止二者发生关系。事实上，幕府在这一点上确实非常成功，从藩主手里领取俸禄的武士很难对处于“隐身”状态的天皇有什么实际的效忠之情，他们之间的关系更像欧洲封建领主之间那种“我附庸的附庸不是我的附庸”的状态，却又不尽相同，因为幕府并不是天皇的附庸。

因此，当在西方的刺激之下，武士阶级突然以天皇的名义反抗幕府时，幕府和天皇双方都相当惊愕。从平安时代末期就失去控制的武士集团，突然又主动要求回到天皇的手下，这让天皇自己都有些措手不及。从表面上看，这是日本国内天皇、幕府和武士三者之间以武力对抗形式进行的利益再分配，实际上却是日本在西方的影响下，封建国家逐步解体、民族国家重建的过程。

倒幕运动兴起的内在原因是武士道中的“尊王攘夷”思想，

外在原因是欧洲新兴民族国家特别是普鲁士对日本的影响

1890年的日本陆军和海军演习。因为旧的藩本位制度，

日本海军（核心来自旧萨摩藩）和陆军（核心来自旧长州藩）一直龃龉不断，直到日本在“二战”中战败

然而，作为武士阶级道德准则的武士道所提倡的那种多元分散效忠的主仆道德，和君主立宪的民族国家所提倡的那种一元化的天皇效忠，是有着根本性的矛盾的，这也注定了二者之间的蜜月不可能长久。冲突首先发生在军队中，武士作为封建时代的军事贵族，天然地与国家的军队体制不相容，武士出身的士兵无法与庶民出身的士兵和谐相处，也不接受庶民出身的军官的指挥和领导。尽管明治政府进行了废藩置县，但封建时代养成的藩本位制度严重地阻碍了军队的组织，这一恶果一直延续到“二战”结束，并导致了日本海军和陆军之间一系列的矛盾和冲突。

这种尖锐的矛盾直接导致了明治三年守旧武士刺杀兵部大辅大村益次郎一事。然而，在好莱坞电影《最后的武士》中，这一事件反而被编排为大村益次郎派人暗杀武士领袖西乡隆盛（电影里叫森胜元），实在是令人哭笑不得的反向操作。

明治政府清楚地意识到，在夺取天下之后，旧武士阶级已经越来越成为国家和社会的不稳定因素，新的民族国家绝不能倚仗武士军队作为国家的主要军事力量，因此，与不服从政府的旧武士决裂，建立近代国民军队，成了明治政府迫在眉睫的任务。兵制改革的主导者、大将山县有朋曾说：“为了建设近代国家，迅速实现中央集权，又必须镇压地方频发的士族反动扰乱，因此无论如何有必要通过一般国民的征兵来组织国家军队。”

近代民族国家不可避免地要由政府垄断全部的合法性暴力，

这意味着自古以来以租售暴力谋生的武士阶级必须作为社会不稳定因素被消灭

按照这种“国民皆兵”原则组建起来的国民军队，就是中国人熟悉的“皇军”。“皇军”由部分思想开明、能够接受明治政府军事改革的武士和大部分征召入伍的平民组成。皇军的建立象征着明治政府决意由政府垄断全部的合法性暴力，这是近代民族国家的基本准则，贯彻这一准则也就意味着和自古以出租暴力为生的武士阶级的公开决裂，双方的正面冲突不可避免。