魏晋南北朝隋唐时期的史学，在思想领域方面异常活跃，不论是对历史的认识还是对史学的认识，都提出了许多新问题。关于对史学的认识，有南朝梁人刘勰所撰《文心雕龙·史传》篇，是讨论史学问题较早的专文，这样的专文在唐代逐渐多了起来；盛唐时刘知幾所著《史通》，是讨论史学问题最早的系统著作，它在中国史学发展上产生了深刻的影响。关于对历史的认识，情况要复杂得多。这是一个大变动的时代，也是一个大发展的时代，许多重大历史问题提到了当时的政治家、思想家、史学家面前，在激烈的思想斗争中推动了历史思想的进步。其中以关于神灭论、兴亡论、封建论、民族论、人物论、帝王论这六个方面的问题的讨论和辩难尤为重要。

针对佛教的盛行和有神论思想的泛滥，南朝齐、梁之际的无神论思想家范缜曾与齐竟陵王萧子良作不信因果的辩难，认为富贵贫贱，纯属偶然，非命中注定。其后，他又著《神灭论》，指出：“神即形也，形即神也，是以形存则神存，形谢则神灭也。”“形者神之质，神者形之用，是则形称其质，神言其用，形之与神不得相异也。”此论一出，“朝野喧哗”。齐竟陵王萧子良发动僧俗名流数十人与之辩难而终不能屈，于是“子良使王融谓之曰：‘神灭既自非理，而卿坚执之，恐伤名教。以卿之大美，何患不至中书郎，而故乖剌如此，可便毁弃之。’缜大笑曰：‘使范缜卖论取官，已至令仆矣，何但中书郎耶！’”[10]在有碍“名教”的压力和高官显位的**面前，范缜显示出了理论上的坚定信念。有神无神，有佛无佛，是当时思想领域的大论争。在这个论争中，史学家也是壁垒分明的。略早于范缜的范晔，“常谓死者神灭，欲著《无鬼论》”，认为“天下决无佛鬼”[11]。而与范缜同时的沈约，在梁武帝发动“王公朝贵”六十余人撰文围攻范缜时，连续写出了《神不灭论》、《难范缜〈神灭论〉》等文[12]，申言“神本不灭，久所服膺；神灭之谈，良用骇惕”。这种思想上的分野，也反映在他们所撰的史书当中。

把无神论思想真正推进到历史思想领域的，是唐代文学家、思想家、史论家柳宗元。柳宗元的无神论思想的一个明显特征，是要把久已存在的“天命”论从对历史的认识和解释中驱赶出去。他在《天说》一文中，批评了“天可赏罚”的论点，认为：“天地，大果窳也；元气，大痈痔也；阴阳，大草木也。其乌能赏功而罚祸乎！功者自功，祸者自祸，欲望其赏罚者大谬。呼而怨，欲望其哀且仁者，愈大谬矣。”[13]天地、元气、阴阳都是没有意志的物质，怎么能赏功罚祸呢。他的《天对》一文，回答了屈原《天问》中提出的许多历史问题，认为朝代的兴亡、人事的成败，都跟昏昧无知的“天”毫无关系[14]。柳宗元坚持“天人相分”的理论，指出：“夫圣人之为心也，必有道而已矣。非于神也，盖于人也。”[15]“圣人之道，不穷异以为神，不引天以为高，利于人，备于事，如斯而已矣。”[16]这是用跟人事相联系的“道”排斥了“神”和“天”在历史中的作用。他直言不讳地指出：“古之所以言天者，盖以愚蚩蚩者耳，非为聪明睿智者设也。”[17]柳宗元在所著《非国语》六十七篇中，约有三分之一的篇幅是批评人们在“天人之际”认识上的错误，认为史家用“天命”、梦寐、卜筮、童谣来解释历史，都是不足取的[18]。在这里，他的无神论思想也反映出更鲜明的历史形式。