明崇祯十七年（1644年）三月，农民军李自成都攻陷北京，崇祯帝自缢身亡。四月中旬，消息传到明朝的陪都南京，参赞机务南京兵部尚书史可法立即召诸大臣会议立君。当时避兵乱至南京地区的近支宗室有福王与潞王，前侍郎钱谦益等东林党人认为福王将不利于东林，于是向史可法进言，说福王虽然按伦序当立，但有贪、**、酗酒等七大缺点，因此应该立潞王为帝。史可法以为然，但凤阳总督马士英为争拥戴之功，坚持要立福王，并密约江北四镇总兵黄得功、刘泽清、高杰、刘良佐拥兵护送福王至仪真。史可法只得接受既成事实，迎福王至南京。五月四日福王就监国位，十五日，即皇帝位，以明年为弘光元年。弘光帝名朱由崧，是万历帝之孙，福王常洵之子。

弘光帝即位之先，多尔衮已率清军在山海关大败李自成军，入关后占据北京，传檄远近，大有一统天下之势。在这种危急时刻，弘光朝君臣却以为“君父之仇”稍稍得报，幻想偏安一隅，把主要精力放在内部的勾心斗角和奢侈享乐上。马士英因拥戴有功入阁，但仍受命督师凤阳，于是大怒，向弘光帝揭发史可法等人曾有“七不可”之议，挤史可法督师于扬州，自己终于入阁掌握了朝廷大权。不久，马士英荐用崇祯初年被列入“逆案”的阮大铖为兵部尚书，军事、行政布置都以阮大铖的是非为是非。而阮大铖憾于积年党争成见，终日以党同伐异、翻逆案、排东林为第一要务，一些较有作为的大臣如姜曰广、刘宗周等相继罢去，朝中充满庸碌之辈。

弘光帝贪图享乐，是个毫无进取心的人。即位数月就下令大选淑女，太监们乘机肆扰街坊，苏、杭等处民间为逃避选宫，竟然嫁娶一空。顺治二年（1645年）三月，有一个自称是崇祯太子的人来到南京，当局经甄别认为是伪装的，把他关进监狱里。但民众和一般官员出于对弘光政权的极度不满，宁愿相信太子是真的，京中人情汹汹。驻守武昌的总兵官左良玉长期与马士英和江北四镇不睦，此时以太子事为口实，起兵东进，声称要除马士英等以清君侧，并保全太子。

左良玉军沿江而下的时候正是清军南下进攻南明的时候，但马士英等以全力抵御左军，而置江北防务于不顾。四月二十五日，清军攻破扬州，史可法就义。五月初十日，弘光帝正观戏酣饮，忽闻清军已经渡江，于是带数十内监仓皇逃出南京。第二天，马士英等人亦出逃，城中百姓拥自称“太子”者登武英殿，城中大乱。十五日，清军进入南京，弘光朝大批官员迎降。弘光帝逃至芜湖，不久即为清军俘获，当他被押解进南京时，百姓夹道唾骂，甚至投掷瓦砾。次年五月，弘光帝在北京被杀。

南京陷落时，明唐王正流亡杭州，福建巡抚张肯堂等议奉唐王监国。闰六月二十六日，唐王于福州即皇帝位，改福州为福京天兴府，建元隆武。与此同时，浙东张煌言等人拥立鲁王朱以海监国，不奉隆武正朔。而江西、湖广及两广的残明势力则都拥护隆武帝。

顺治三年（1646年）八月，隆武帝遇难的消息传到广东，两广总督丁魁楚、广东巡抚瞿式耜等商议，以正在肇庆的明桂王朱由榔监国。十日，实行监国，颁诏西南，十一月十八日，即皇帝位，改明年为永历元年。当时南明政权的势力范围，除广西、贵州、云南及广东一部外，尚有何腾蛟支撑于湖广，而郑芝龙之子郑成功起兵海上，也尊奉永历帝为正统。

永历帝庸碌无能，初年大政被身边的太监掌握着。顺治四年（1647年），清军攻占肇庆，进而占领广东全境，并进一步攻取广西的梧州、平乐、浔州等地。永历帝面对一连串的军事失败，对策只是不停地逃亡、转移，先由广东至广西，并企图逃入湖南，由于瞿式耜等力劝，才止于广西北境的全州。后来又被军阀刘承胤劫至湖广的武冈，任其跋扈。八月，清军在湖广方面攻克宝庆，永历帝再向南逃，经靖州、柳州，本来想到南宁，因道阻只得回桂林。顺治五年（1648年）以后，永历帝又长年奔走于广西、广东、云南以至境外的缅甸，军情的险恶和他自身的无能使永历帝成为中国历史上最为行踪不定的一个皇帝。

东林书院大门

顺治五年，在江西的降清将领金声桓和广东的降清将领李成栋先后叛清归明，南明军在湖广战线也收复一些失地，形势一度有所好转。但永历君臣没能控制局势，顺治六年、七年，清军再克江西、广东及湖南、广西大部分重要城市，何腾蛟、瞿式耜先后牺牲。永历帝再次开始大逃亡，于顺治八年（1651年）被张献忠大西军余部孙可望挟持，第二年安顿于广西贵州交界处的安隆所，改称安龙府。

此后数年间，永历帝完全在孙可望的掌握之中。孙可望及大西军将领李定国、刘文秀等都封为王爵。孙可望甚至要逼永历帝禅让，拟自建国号为“后明”。其间由于大西军余部的参与，南明军在广西、湖广、四川等地都有所进取，形势稍安，但永历帝及其文臣却备受孙可望的侮辱逼凌。在上报孙可望的银米开销册上，甚至直书“皇帝一员月支若干，皇后一口月支若干”，永历君臣只能隐忍以苟延残喘。

顺治十三年（1656年），孙可望与李定国决裂，相互攻击。李定国至安龙，护送永历帝入云南，以昆明为滇都。明年七月，孙可望反，兵败，奔长沙降清。此后永历朝内部较稳定，稍具国体，但其势力范围仅余滇、黔两省而已。

清朝仪仗

顺治十五年（1658年），清朝命贝子洛托及洪承畴、吴三桂等率军分三路进攻南明。十月，清三路大军会师于贵州平越府，李定国组织力量抵抗，但终于战败。十二月，清兵抵曲靖，李定国等保护永历帝撤离滇都。顺治十六年（1659年）正月，清军入昆明，永历帝在崇山中仓皇奔逃，从人所剩无几，最后逃入缅甸。在缅甸的永历流亡政府的境况非常悲惨，居草庐，短衣跣足，大臣家甚至三天不能生火做饭。永历帝则仍然迷蒙混日。

云南既平，清廷命吴三桂镇守之。顺治十八年即南明永历十五年（1661年），吴三桂发兵至缅甸边境，威胁缅甸交出永历帝。十二月，缅方向吴三桂献上永历帝及太后、太子。次年四月十五日，吴三桂在昆明将永历帝及太子绞死于市。不久后，率余部在滇南坚持抗清的李定国亦病逝，其子以所部降清。