普京出任俄罗斯联邦政府总理时，正处于车臣恐怖分子猖狂之际，对于普京而言这正是一次显露身手的好机会。当年，车臣恐怖分子在达吉斯坦和莫斯科、伏尔加顿斯克以及布伊纳克斯克等地制造了一系列骇人听闻的恐怖事件，普京闻听此消息，怒发冲冠，一向镇定的他从牙缝里挤出了一句话：“我们必须将打击恐怖分子的工作进行到底，即便是逃进了厕所，我们也要将他们溺死在马桶里！”

可以说，普京能够在俄罗斯政坛长期屹立不倒，与他在人们心目中所树立的“反恐坚强斗士”的形象有着很大关系。普京毫不犹豫地承担起剿灭车臣武装力量的重任，并决定再一次发动车臣战争，命令俄军一定要用重拳打击车臣的叛匪。这一招果然产生了效力，俄罗斯民众的某些舆论也发生了改变，普京的名望在他们的心目中迅速攀升。普京并没有辜负当年叶利钦的嘱托，他唯一能做的就是用政绩来证明自己的实力。

1999年8月中旬，俄罗斯国家杜马召开会议，会议讨论是否正式任命普京为俄罗斯联邦政府总理。会议上，普京就如何处理车臣问题再一次发表声明：“俄罗斯领土完整是一个不容讨论的问题，而且也不可能需要和每一个侵害领土完整者进行讨价还价。”在普京成为总理的第二天，他便发表讲话说：“政府将坚决地、彻底地打击车臣的匪帮。”接着，普京又亲自统领俄罗斯联邦军队，迅速展开了对车臣恐怖分子的大规模围剿行动。

根据普京的战略部署，俄罗斯军队出动飞机和大炮，对盘踞在达吉斯坦的车臣非法武装分子进行了极为猛烈的轰炸。8月18日，俄罗斯军队完全控制了哈拉米山口这一有着重要意义的军事要塞，从而切断了车臣恐怖分子进入达吉斯坦的咽喉要道。

9月16日，大规模围剿恐怖分子的军事行动拉开了帷幕，俄罗斯军队做好了一切应战准备。9月23日，俄罗斯总统叶利钦签署了最高命令，决定在北高加索山区进行反恐特别行动。第二次车臣战争打响了。

10月1日，俄军装甲部队在轰隆的炮火声中兵分三路，分别从达吉斯坦、印古什、斯塔夫罗波尔进入到车臣境内，以此构成三面夹击之势。这是俄军自1997年完全撤离车臣之后，首次前往北高加索共和国。

10月6日，俄罗斯内务部和国防部的机动部队，圆满完成了在车臣境内建立安全区的任务。这次战争总计投入10万兵力，包括宇航部队、空降部队，以及山地特种部队，诸兵种一起联合起来，并肩作战。此外，联邦大军还在车臣的周围建立起了隔离带，并动用了苏-24战斗机、米-24武装直升飞机以及激光制导炸弹等高科技武器，向车臣恐怖分子的据点进行大规模、远距离、非接触性的沉重打击，以求从根本上消灭非法武装的有生力量。

10月16日，反恐武装战斗到了第二个阶段。此阶段的主要任务是，全面、系统地封锁车臣非法武装的集散地，争取将战果扩展到最大。10天之后，将近10万名俄罗斯军人从东、西、北三个方向向格罗兹尼聚拢，很快就将整个城市层层围住，进一步加强了钳形攻势，直逼格罗兹尼。

12月7日，普京发表了声明，车臣除了交出好战领袖之外，其余别无选择，俄罗斯不会向车臣提供任何的政治解决之道。

俄军在战场的节节胜利，赢得了车臣全体民众的一致拥护。许多车臣居民向士兵们献出了自己珍藏的武器和弹药，并表示，十分愿意与俄罗斯军队一道，同车臣恐怖分子作斗争。在围攻格罗兹尼的战斗过程中，前市长甘塔米罗夫领导着车臣的民兵也发挥了非常重要的作用。由于当地民众熟悉那里的地形，他们总是第一个发现非法武装的藏身之处，在及时报告给攻城指挥部之后，俄罗斯空军会立即出动武装直升飞机对其进行打击。12月25日深夜，俄罗斯军队对格罗兹尼发动了总攻。在甘塔米罗夫的引导下，1500名车臣居民配合着俄罗斯特警、内务部部队、特种快速反应部队，从东、东北、西北3个方向进入了格罗兹尼。