裴炎谋反证据不足，武则天心里肯定也清楚，那她会怎么处理这个人呢？最终，她还是以谋反罪把裴炎杀了。光宅元年（684年）九月，就在扬州还是烽火连天的时候，裴炎被押赴都亭驿问斩，家财籍没，亲戚流放岭外。抄家的结果很是出人意料，堂堂首席宰相裴炎家里竟然一贫如洗，储存的粮食还不足一石。临终之前，裴炎对兄弟们叹息道：“各位兄弟做官都是靠自己奋斗，我没有尽一分力，如今却要因我而被流放边荒，实在是对不起你们呀！”我想，不管裴炎一生功过如何，就清正廉洁这一点来说，也应该算是一个不错的宰相了。有那么多人愿意力保裴炎，道理想必也就在这儿。
既然裴炎是一个合格的宰相，又没有真的谋反，我们就不免产生两个疑问。第一，武则天为什么一定要杀裴炎呢？第二，武则天为什么一定要在扬州叛乱正紧张的时候就杀掉裴炎呢？
先看第一个问题，武则天为什么一定要杀死裴炎呢？分析一下裴炎的地位以及裴炎和武则天的关系就明白了。裴炎是什么地位呢？他是唐高宗任命的顾命大臣，在朝廷里德高望重，如果说当时还有谁能够跟武则天抗衡一下的话，那就非他莫属。所以日后武则天无论向哪个方向发展，裴炎的态度都相当重要。那么裴炎跟武则天的关系如何呢？一言以蔽之，正在从合作转向决裂之中。
前面说过，裴炎跟武则天通力合作过好几次了，先是帮她废黜了太子李贤，后来又帮她废掉了皇帝李哲，改立李旦为帝。这一阶段可算是二人关系的蜜月期。可是在新皇帝李旦又被武则天软禁起来后，裴炎和武则天的关系就发生了改变，变得矛盾重重了。什么矛盾呢？
武则天当上太后之后，想要追尊自己的祖先，建武氏七庙，大臣们都不敢表态，但是裴炎说话了。裴炎说太后给娘家建七庙不合古礼。他还问武则天，说你知道吕后吗？你看吕后最后下场何其悲惨啊，如果你再这样搞下去的话，恐怕结局也跟她一样。这番话让武则天非常不悦。另外，扬州叛乱爆发以后，有人就给武则天出主意：扬州叛乱打的是匡扶李唐的旗号，那李家宗室肯定求之不得啊，他们万一勾结反贼怎么办？是不是把他们先杀了？武则天觉得主意不错，可是裴炎又出面反对了。裴炎说人家没有任何谋反的证据，太后怎么可以无罪杀人？武则天又是很不高兴。两个人的矛盾就这样逐步深化，到最后量变积累，引起质变，终于走向了决裂。决裂的表现就是裴炎趁着战争的非常时期，要求武则天还政于皇帝李旦。
那么裴炎和武则天为什么会从合作走到决裂呢？简而言之，裴炎的理想和武则天的终极目标发生了冲突。裴炎的理想是当一个权臣，他帮助武则天把不听话的李哲废掉，拥立李旦，是希望借助拥立之功做到大权独揽。他的意图是由软弱的李旦当皇帝，而由他自己掌握实权。在这个理想之中，并没有武则天的位置。换句话说，他从没想过改朝换代，更没有想过要对一个女皇帝俯首帖耳。那么武则天的终极目标是什么呢？她的目标就是当皇帝，而且不容许任何人和自己分享权力。这样一来，在权力的归属问题上，两个人就出现了根本分歧，这种分歧是不可调和的。对于这一点，武则天看得很清楚，裴炎也看得很清楚。所以裴炎刚刚入狱的时候，有人劝他给武则天赔个不是，大事化小，裴炎只是说：宰相下狱，安有全理！坚决不肯妥协。因为他知道，双方没有妥协的余地。裴炎地位显赫，却又不跟武则天合作，武则天怎么会继续把他留在朝廷里呢？所以诛杀裴炎就成为必然的选择了，谋反只不过是借口而已。
第二个问题，武则天为什么要在扬州叛乱还没有平定的时候就杀掉裴炎呢？首先，扬州叛乱对于武则天来说是肢体之患，而裴炎逼宫是心腹之患。如果中央出现了反对派，它的危害远远大于一场地方的叛乱。其次，只有中央统一了思想，才能投入全部精力去平定反叛。裴炎没有入狱之前，为了逼武则天还政，故意消极怠工，不肯积极组织讨伐。只有把裴炎治罪处决，整个朝廷才能上下一心，全力组织平叛。所以，武则天在叛乱还没有平定时就杀掉裴炎，临阵换将，看起来是触犯了兵家大忌，其实恰恰是最大程度上保证了政局的稳定和战争的胜利。
裴炎被杀了，可是，事情还没有就此结束。俗话说，拔出萝卜带出泥。裴炎逼宫，有那么多人为他鸣冤，这些人都是武则天权力进一步发展的隐患，她绝不能让他们继续留在朝廷里。很快，上表给裴炎鸣冤的胡元范、刘景先和另一名宰相郭侍举都被贬出朝廷。朝堂上一下子少了三个宰相，文官马上都噤若寒蝉了。
文官搞定了，还有武将。当时扬州叛乱还没有见分晓，为谨慎起见，武则天对军方的清洗要稍迟一点儿。光宅元年（684年）十二月，扬州叛乱刚刚平定，武则天就对武将动手了。其时，裴炎的好友大将程务挺，正统领军队在前线与突厥交战，武则天一道敕旨，立刻就地处斩。程务挺大家并不陌生。就在这一年年初，他率领羽林军入宫，为武则天顺利废黜李哲立下了汗马功劳。另外，他抗击突厥战功卓著，已经成为唐朝镇守北方的擎天大柱。在程务挺的成长过程中，裴炎帮了大忙，所以裴炎下狱之后，程务挺写了封密信给武则天，为裴炎求情。这封信马上就让武则天在心里给程务挺判了死刑。任何统治者都会对手握军权的武将怀有戒心，何况是处境微妙的武则天。兵强马壮的程务挺如果心存异志，阵前倒戈，后果将不堪设想！所以扬州叛乱刚刚平定，武则天就以勾结裴炎谋反的罪名把程务挺给结果了。
裴炎和程务挺两个人一政一军，本来是朝廷中最有势力的人，这两条大鱼都已落网，其余的人就更不在话下了。凡是对武则天构成威胁的人都一个个过筛子过箩，经过一番清洗，整个朝堂几乎半空。武则天大笔一挥，马上任命了几个五品官当宰相，这可是又创造了历史新低。但武则天早就知道了，只有小人物才会顺从自己，由这些虾兵蟹将组成的朝廷，再也不会对武则天构成威胁了。
在这些被杀的所谓裴炎同党中，有一个人的经历最富有戏剧性。谁呢？此人名叫姜嗣宗，是武则天派往长安的使臣。派他去长安的目的，是为了听听老臣刘仁轨对裴炎一案的意见。刘仁轨当时已经八十三岁了，是经历过唐太宗和唐高宗两朝的老臣，高宗末年政府班子东迁洛阳之后，刘仁轨留守长安，被挂起来了。虽然如此，刘仁轨毕竟德高望重，现在裴炎谋反这么一个大案出来，武则天还是要向他通报的。姜嗣宗是一个小人，见到刘仁轨，马上添油加醋地把事情经过说了一遍，说完了仍觉意犹未尽，又补充了一句：“嗣宗早就看出此人心存异志，果不其然！”这句话让刘仁轨听得直反胃。刘仁轨也不支持武则天当皇帝，但是他知道，自己已经无力阻止武则天前进的脚步了，那么就给朝廷除去一个小人吧。他决定逗一逗姜嗣宗，就问：“原来你早就知道裴炎有意谋反？”姜嗣宗哪里猜得透刘仁轨的意思，马上回答道：“那当然，我早就看出他图谋不轨了！”刘仁轨笑着夸他：“真是后生可畏呀！裴炎的事情我已经知道了，我还有一封信想交给太后，你替我带过去吧。”姜嗣宗兴冲冲地回洛阳复命去了。武则天展开信一看，只有一句话：“嗣宗知裴炎反，不言。”这句话把武则天逗笑了，她马上把姜嗣宗叫到跟前，说：“刘仆射还专门提到你了呢。”姜嗣宗那叫一个兴奋啊，都不知道说什么好了，可是武则天一下子沉下脸来，说：“他说你早知道裴炎谋反，却知情不报！”可怜的姜嗣宗还没回过神来，已经被拉下朝堂，推出去斩首了。这就是武则天对小人的态度，用他们，但是并不欣赏他们，一旦用完，毫不留情。
处理完裴炎一案，光宅元年（684年）也随之结束了。这一年给武则天的印象太深了，李敬业叛乱，裴炎逼宫，一个个考验接踵而至。回想起自己参政以来走过的历程，再想想刚刚经历的惊涛骇浪，武则天真的愤怒了，难道天下人就这么容不得自己上升吗？她登上紫宸殿，向群臣训话：“我跟着高宗二十多年，殚精竭虑，为天下操心，你们这些人的富贵，不都是我给的吗？老百姓能够安居乐业，不都是拜我所赐吗？可是现在握兵造反的这些人，恰恰就出在你们这些公卿之中，你们对我怎么会如此负心呢？”
她质问群臣：“你们拍拍脑袋想一想，你们这里有谁也是顾命大臣，比裴炎还牛？或者说你们有谁是将门贵种，比李敬业还牛？还有你们有谁特别能打仗，比程务挺还牛？这三个人也算是人中龙凤，一旦对我不利，我碾死他们就像碾死一只蚂蚁一般。所以你们都扪心自问，如果觉得自己比他们还厉害，好，接着跟我斗，如果自己掂量掂量觉得还不如他们的话，那就洗心革面好好伺候我，不要最后落得被天下人耻笑的下场！”
面对着武则天这样一番凛凛的教训，大臣是什么表现？大臣乌泱泱全跪下了，给武则天磕头，说：“唯太后所使。”太后，我们坚定地跟你走。确实，面对着武则天的超强能力与高压手段，群臣已经没有还手之力了。那么，武则天称帝是否就一帆风顺了呢？她的下一个阻力又将来自何方？