徕巴胆《佛祖通载》为乞噪徕巴胆王，乞双提赞王之孙也；亦极力倡兴佛教；此时经典之译者颇夥，龙树、提婆、世亲等之书，多被译出；其译著之最有名者，以湿连怛罗菩提为始；此外则有基那米特罗，及湿连陀罗菩提、般若华尔曼、达那西拉、菩提米特罗诸人；湿达怛罗菩提、基那米特罗，俱安慧论师之弟子也。
纪元八百九十九年，此年代尚有异说，未能明确。朗达玛弑其兄徕巴胆王，《蒙古源流》栽有达尔玛特松王死年三十六岁，其兄朗达尔玛即位，不书弑前王事。又述朗达尔玛破佛之事：言多里隆赞（即陀朵里思颜赞）时，佛教始来西藏；故至达尔玛特松之死，凡四百九十五年云。自立，大破佛教；此为西藏佛教之一大灾厄，佛塔寺院，为之破坏；僧侣还俗，至有被屠杀者。王即位三年后，为巴尔多儿姐喇嘛所弑，佛教厄灾遂息。至朗达尔玛孙巴勒科尔赞时，佛教复兴；重建八大寺院，前代逃遁印度之僧侣，渐还旧居；十一世纪顷，迦湿弥罗及印度僧侣，接踵而至；司木立替、达磨帕拉、希达帕拉、库那帕拉、般若帕拉诸人，亦继续而来；大圣阿通沙，那烂陀寺那罗之弟子也；以纪元一千三十八年入藏；实可目为喇嘛教之再造者及改革者也。阿通沙本名抵斑喀拉输利迦那，即定光吉祥智之义；本印度倍搿儿州王族喀儿耶那输利之子，年六十，来西藏；在摩迦陀地方，为维克拉马希拉寺之教授师。《蒙古源流》以阿通沙之来，在西藏陇吉王时；陇吉为巴勒科尔赞之孙，乃札实则克巴之子也；札实则克巴致力回复佛教，派遣子弟大臣二十五人，前往印度招致高僧。因阿通沙之来，遂使西藏佛教，达于光怪陆离之状态；所谓甘丹派教律合一之义者，实以阿通沙为鼻祖；自是甲论乙驳，渐呈宗派分裂之盛况。阿通沙之弟子，称为甘丹派最初教主者，为德母顿；或曰：当推布埒司顿为最初教主。
西藏佛教之宗派，自教义上观之，可分毗婆娑、经部、瑜伽、中论四宗；但此为学者之佛教；通俗概行秘密佛教，即念密咒行密轨者是也；此为有名西藏文典学者勖玛所言。但密教之外，通俗佛教一方面，尚有念佛教，即依阿弥陀如来之誓愿，以期往生西方者甚多也。
西藏古时，大小乘教义，业已并行，而以瑜伽（法相）、中论（三论）二宗为盛；二宗亦以浅深高下，互相争执；瑜伽一方，遂有凌驾中论之势。及莲华生来，龙树教义再兴；八九世纪之交，有庆陀罗克尔其者，就此宗经论，详加解释；纪元十世纪以来所谓佛教再兴时代。此派学者，重来自印度；西藏遂以此为佛教正宗矣。此莲华生以后之中论宗，谓之布拉三格中论宗。
以上仅就教义上言之；兹更举现存宗派之区别：则修拉搿以特氏谓西藏佛教有九派：即尼玛派、乌尔更派、甘丹派、萨克耶派、搿尔端派此出自宗喀巴之甘丹寺，与改鲁格派同、喀尔修派、喀尔玛派、布利库革派以东西两藏之布利库革为本山，乃宗喀巴黄帽派之一支流、布尔古派是；挖台尔氏以为自根本四派，衍出多数支流派；更区别为旧派、革新派、半革新派三种。
挖台尔谓西藏佛教之生派别也，以阿通沙及其弟子布埒司顿所开之甘丹派（革新派）为滥觞。有以阿通沙及布埒司顿之改革为趋于极端者，乃唱稍折衷的半革新派。今据挖台尔之说，示西藏所传旧派以外之三大新派之系统图于下：
点线示中略数代者，孔孔确格耶儿颇为萨克耶派之祖；此派以世亲为龙树之继承者，以用龙树所传之《华严经》与世亲之《真谛论》为主；且折衷新旧两派。喀尔修派开祖玛儿帕，本阿通沙之弟子，后往印度从那罗那烂陀寺高僧受学而还。但此图仅示继承之大体；详言之，尚有错杂之处；即相传阿通沙为文殊化身，故与文殊系统所属之萨克耶派有关系；那罗为阿通沙之师，故亦与喀尔修派有关系；玛儿帕亦阿通沙弟子，故亦与甘丹派有关系；又与萨克耶派，亦有系统上之关系。阿抵佛陀，即最胜佛陀之意；金刚持，即大日如来。
此三大新派，更加旧派即尼玛派，则成根本四部；此根本四部，更分裂多派，其大体如下：
（以上诸派中：尼玛派为旧派；甘丹派及改鲁革派为革新派；喀尔修诸派属于半革新派。）
表中最堪注目之人，乃西藏佛教革新家宗喀巴，称为西藏之路德者是也；宗喀巴本名罗卜藏札克巴；纪元千四百十七年明永乐十五年，生于孔奔。为后甘丹派布埒司顿七十八世之雀司克亚白赞喇嘛弟子；博学而持律严肃，且颇活动之高僧也。自其学说上言，此人盖立于中论与密教之间而调和之，以防止其冲突者也。所著如《菩提母儿》（Bodhi-mur）、《塔儿尼母儿》（Tārnim-mur）、《阿尔塔捏利开》（Altanerike）、《拉玛利玛》（Iām-rim）等，皆为密乘中论二义调和之书。且此时喇嘛教益盛，僧侣之行益堕落；欲匡正之，是非严肃之戒律派不可；世称宗喀巴为持律者，其主义可想见也。
兹就宗喀巴派之祖，自十一世纪之阿通沙，迄布埒司顿以后，喇嘛教全体之形势略述之；西藏自朗达尔玛死后，佛教渐有重兴之势；十三世纪元世祖忽必烈；奉宪宗命来西藏之时，萨克耶派之势力殊盛；忽必烈为收揽西藏人心计，挈发思巴还；即位之后，尊为帝师；终至定喇嘛教为元国教；命发思巴统管天下佛教，且左右西藏政权。《元史》曰：“元起朔方，固已崇尚释教；及得西域，世祖以其地广而险远，民犷而好斗，思有以因其俗而柔其人；乃郡县土番之地，设官分职，而领之于帝师；乃立宣政院，其为使位居第二者，必以僧为之；出帝师所辟举；而总其政于内外者，帅臣以下，亦必僧俗并用，而军民通摄；于是帝师之命，与诏敕并行于西土；百年之间，朝廷所以敬礼而尊信之者，无所不用。”元之尊信喇嘛，即此一端，已可见矣。
《佛祖通载》谓自国师禅怛啰乞答为累叶国王之师，十七代而至萨思加哇，相传为莲华生弟子，乃帕思巴之伯父，亦其师也。《元史》称萨斯加哇，萨斯嘉人也；自其祖多尔济，世世以其法佐国主，霸西海者十余世。帕思巴年十六，谒元世祖忽必烈汗，以世祖即位之元年为国师；受命造蒙古新字，为大宝法王；赐玉印；至元十一年还西藏；十六年入寂《佛祖通载》为至元十七年，《元史》以为至元十六年。赐号皇天之下一人之上宣文辅治大圣至德普觉真智佑国如意大宝法王西天佛子大元帝师。其《彰所知论》，盖为世祖太子真金而说。与帕思巴同时受尊敬者，国师胆巴也：亦名功嘉葛剌思，号金刚上师；乃帕思巴之弟子；亦赴印度求法；来中国后，受命住大护国仁王寺；成宗大德六年入寂。此外有必噜匝纳实哩者，亦帕思巴弟子也；有汉译《楞严》，又有西藏译经典多卷；赐号普觉圆明广照弘辩三藏国师；后坐与安西王子伊噌特穆尔等图谋不轨被诛。又有沙罗巴观照，所谓佛智法师者，亦帕思巴弟子，所译多未传之显密诸经。
自后元累代有帝师来自西藏，帕思巴西还，其弟琳沁代之。达尔玛巴拉实哩、伊特札实琳沁，策喇实巴鄂尔嘉勒、札克嘉勒灿、多尔济巴勒、桑节札实、衮巴勒藏布、班珠尔戬藏等以上据《元史》，相嗣为帝师；最后之帝师，为顺帝时受其任命之伽璘真。顺帝极暗愚，《元史》称平章政事哈麻，使其妹婿秃鲁帖木儿，劝西藏僧在帝前行运气之术，号之曰演揲儿大欢喜，或大喜乐；以伽璘真达此秘法，封为帝师，日事**乐；任僧侣为司徒；帝师、司徒，各取良家女三四，名曰供养；且伽璘真欺帝曰：陛下尊富，仅此一代；人生岁有几时，当受此秘密大喜乐禅定，广聚女子为**戏；帝之诸弟宠臣，皆在前相狎，男女裸处；呼其处所曰吐即兀该事事无碍；佛教之弊，至是达于其极。盖西藏佛教，是时似颇受印度檀陀罗即女神崇拜派派之影响；故一种**靡之风，遂浸染于西藏，而尤加甚焉。此教风之流传，乃由西藏南境尼波罗之秘密佛教。尼波罗之密教，即变自檀陀罗者也。檀陀罗为专崇拜女神之一派；有所谓荼克拉会合者，凡在会合之男女，悉以平等为主义；此种集合，为反对印度严重阶级制度而设。且其时行五摩字法之仪式，所谓五摩字法者，一摩假，即酒；二摩恩萨，即肉；三摩特司耶，即鱼；四摩乌陀罗，即穀；五摩花肚拿，即两**媾。元之事事无碍，恐由此恶风而来。
更据《元史》喇嘛隆盛之弊害述之：世祖之时，宋天子皇族诸陵及大臣坟墓，在钱塘绍兴者；悉被江南释教总统嘉木扬喇勒智发掘；或杀人，或受美女宝物之贿赂，其所攘夺盗取之财物，凡金一千七百两，银六千八百两，玉带九，玉器大小百二十一，杂宝具百五十二，大珠五十两，钞十一万六千二百锭，田二万三千亩；此外私庇人民不输公赋者，凡二万三千户；其藏匿不露者，尚不可胜举。总之元代保护佛教之余，其流弊之大，为史所载者，不得不谓为实录也。
明太祖之时，以元之帝师喃迦巴藏为炽盛佛宝国师；由是受封者，有灌顶国师、赞善王、阐化王、正觉大乘法王、如来大宝法王等；各领其本国人民，以臣服于明。成祖时，亦以公哥监藏己藏卜为圆智妙觉弘教大国师；又闻异僧哈立麻召之；封为万行具足十分最胜圆觉妙智慧善普应祐国演教如来大宝法王西天大善自在佛；使领天下之释教；其徒孛罗以下三人皆为国师；次封法王；尊崇甚笃。自是西藏僧来者日众，而以阐化王、阐教王、辅教王、护教王、赞善王，五王为始；封西天佛子者二人；封灌顶大国师者九人；封灌顶国师者十八人。于是臣服于明，历年朝贡不缺，以致藩属之礼。
当是时，往来中国者，皆宗喀巴以前之红教喇嘛；宗喀巴生于明成祖永乐十五年（1417），卒于宪宗成化十四年（1478），故宗喀巴之黄教派，压迫红教旧喇嘛，而得势力时代，当在明中叶以后。盖宗喀巴所立之格鲁革派僧侣，遵宗喀巴制，着黄衣，戴黄帽，与从来红帽派喇嘛区别；遂至谓旧喇嘛教为萨马儿，即红帽也；新喇嘛教为萨色儿，即黄帽也；巴恩教为萨拿克，即黑帽也。宗喀巴所建有名之甘丹寺，在西藏国都拉萨东方三十英里。
宗喀巴既建甘丹寺后，势力增大，自是有所谓达赖、班禅二喇嘛者；渐开宗教政治之端绪。又此二喇嘛，虽谓始自宗喀巴之二弟子；实则所谓达赖喇嘛者，起于敦根珠巴；敦根珠巴建一寺于拉萨，与宗喀巴同时，且年或稍长西历纪元一千三百九十一年—一千四百七十五年，其所建寺，即布达拉寺布达拉在拉萨近旁，布达拉即补陀落，观音之净土；达赖喇嘛，古来信为观音化身；盖西藏人自信其国土与观音有缘，且为观音之所守护者。敦根珠巴，后又建寺于札什伦布居之；受班禅林薄溪之尊称，此即班禅喇嘛系统之始。布达拉寺，凡历根敦嘉穆错、琐南嘉穆错、云丹嘉穆错，至第五世喇嘛罗卜藏嘉穆错，清初人也。西历一千六百十七年——一千六百八十二年，其与清交通，在太宗崇德年间，喇嘛遣使盛京；太宗亦遣使西藏，以达赖、班禅二喇嘛为金刚大士，即其发端也。盖西藏分前藏喀木，或察木多、中藏即卫拉萨、后藏单称藏曰札什伦布，即此。青海四大部：蒙古和硕部之固始汗，自明末以来，领有中东二部即前藏、青海。然布达拉五世喇嘛之时，以后藏地为藏巴汗所统治为口实，诱固始汗之兵取后藏，悉逐红帽派喇嘛，以札什伦布之班禅喇嘛掌后藏；固始汗又使其子鄂齐尔汗留守后藏。当此之时，罗卜藏从固始汗受达赖尊号；达赖，蒙古语谓之海，譬其德广大之尊称也。此达赖喇嘛与班禅喇嘛管治西藏，为完全僧侣政治之历史；由是宗喀巴派黄教喇嘛，遂全为西藏之统治者。
初罗卜藏大喇嘛，借固始汗之兵力，灭后藏之藏巴汗，乃桑结第巴第巴为喇嘛厅之僧职，掌理兵备财政事项之策。桑结颇奸侫，于五世喇嘛死后，秘之，伪称大喇嘛入定，不见人；矫命行事，悉由己决，凡十五年；后事败露，为清帝所诘责；不得已，乃立六世达赖。由是与属于蒙古和硕部血统之藏巴汗，发生争端；时准噶尔部之噶尔丹，势力甚盛；本为喇嘛，居西藏时，因与桑结交讙，故助桑结攻击固始汗子达颜汗。未几，噶尔丹北侵喀尔喀，喀尔喀部求援于清，噶尔丹遂败。桑结为达颜汗之子拉藏汗所杀；其所立之六世达赖被废；拉藏别拥立六世达赖；清朝虽曲加保护，而六世达赖，甚无人望；蒙古诸部，在甘肃西宁之红山寺，别立新六世达赖。噶尔丹之后，领准噶尔部之策妄那布坦，乘此纷扰之机，遂入西藏，杀拉藏汗；西藏喇嘛，多不喜拉藏汗，皆助之。但清朝初即助拉藏，故清圣祖闻变，即遣兵入西藏，废拉藏所立六世喇嘛，更迎西宁之达赖，为第六代大喇嘛；此即噶儿藏嘉穆错也。世宗即位之初，西藏又有内乱；清遣兵平之；送置驻屯兵二千人于西藏，保护喇嘛；置驻藏大臣于拉萨；时世宗雍正二年事也西历纪元千七百二十三年。
此时之蒙古，其东方成为漠南蒙古、漠北蒙古；漠北蒙古，又有喀尔喀部；此二部之东，与满洲接境者，为科尔沁部；以上为鞑靼三大部。又西方有漠西蒙古之厄鲁特部，亦分四部：天山北路之大部，为准噶尔部；其北为土尔扈特部；更北为都尔伯部；准噶尔部之东，乌尔木齐附近，为和硕部；自青海至西藏，皆属于其势力之下。当准噶尔之噶尔丹盛时，为其所侵，于是厄鲁特三部皆屈服于噶尔丹，终与北方喀尔喀部冲突，与清交锋。
红黄二教最显著之区别，除衣帽之色相异外，为红教派带妻，黄教派不带妻之一点。但红教派，非悉皆带妻也；如喀尔修派之始祖玛儿帕带妻，由此派所产出之喀尔玛派僧侣，亦多带妻；又萨克耶派帕思巴后之札萨呼土克图亦带妻；因以子为嗣法者；故红教喇嘛，似以带妻生子而使嗣法为理由也。黄教则反之；禁止带妻；故其嗣法者，称为呼毕勒罕喇嘛学道，能不迷本性，转世再来者，称呼毕勒罕；例如达赖、班禅等大喇嘛死时；遗言死后往生某地，因探得其地之生儿，依之以定嗣续者也。然其后亦发生种种弊害，称为呼毕勒罕者，多至数人；清高宗乾隆时，在中藏之大招寺，备置金奔巴瓶，将所指示方向土地同名者之名单，入此瓶中；驻藏大臣、达赖，或班禅等重要喇嘛，集于宗喀巴之像前，抽签以定之。
以此呼毕勒罕转生而使传法弘教，其事发生于宗喀巴之遗嘱；黄教派始行之；其后红教派亦仿效之。盖转生弘法之举，非唯达赖、班禅二大喇嘛有之；而属于其下，举凡各领一方，以教化为事之呼土克图，亦深信此事呼土克图，再来人意。喇嘛能明心见性，由达赖、班禅证明，方得称呼土克图；故每遇呼毕勒罕出，则以其名呈报理藩院；由理藩院抽签；乾隆时向理藩院报名者，总数多至百六十云。西藏称呼土克图十八人，称沙布隆者十二人，漠北蒙古十有九人，漠南蒙古五十七人，青海番地三十五人，四川察木多番地五人，驻京呼土克图十四人，此等皆呼毕勒罕所出也。
蒙古喇嘛教，分漠北、漠南二大部；清世宗雍正元年，漠北喀尔喀部哲卜尊丹巴呼土克图死于京师；诏如达赖、班禅死时之例，护其丧还库伦，于是立漠北库伦喇嘛教之一支。当是时，第五达赖之弟子章嘉呼土克图蒙古呼毕勒罕将出世时，其名在北京雍和宫所备之金奔巴瓶内，由驻京章嘉呼土克图监视抽签；雍和宫者，中国第一喇嘛庙也。又来，大蒙优待，置于漠南蒙古多伦泊，此即所谓多伦泊之一支也。于是喇嘛教第一支为布达拉；第二支为札什伦布；第三支为库伦；第四支为多伦泊。
（四）禅宗
禅宗五家，发端于唐末五代之时，皆起于南方。当是时，南汉、南唐、吴越，在南方建国，各据其地；禅宗亦受其保护。五家之中：沩仰派似早衰，法脉仅存，兹举可知者于下：
以上所列，不过四五世耳。伪山生于唐武宗会昌年间，入寂于宣宗大中七年；仰山卒于昭宗大顺元年，由此推之：沩仰宗之法脉，盛于南唐之初，其后遂绝。
法眼宗始自大法眼禅师，即清凉文益也；此宗起于雪峰，经玄沙师备而至罗汉桂琛；清凉出其门下。雪峰义存居福州闽川之雪峰；唐僖宗时，赐号真觉禅师；法席常有众一千五百人。当时天下骚然，群雄割据，各自称王，当王审知称号闽王时，雪峰垂化此地，四十余年，于后梁开平二年三月入寂。是年十一月，玄沙师备亦卒，闽主赐号宗一禅师。桂琛、文益，俱五代时人，桂琛居漳州城西之石山地藏院十余年，后迁罗汉院；卒于后唐庄宗天成三年。文益，即清凉法眼，为南唐王李昇所迎，自金陵报恩院，迁居清凉寺；赐号净慧禅师；卒后谥大法眼禅师；再谥大智藏大导师；入室弟子四十三人。
法眼宗历二三代而衰，法统不明；天台德韶，俗姓陈氏，与天台宗智者大师同姓，故人称智者再来。德韶寻智者之遗迹，终住天台；受吴越忠懿王尊信，且劝王遣使新罗，缮写天台教籍，使中国本土已经衰灭之天台教宗，得以再兴者，韶与有力焉。入寂于宋太祖开宝五年。其弟子永明延寿颇知名；延寿初居明州之雪窦山，后应忠懿王之请，住灵隐山新寺，为第一世；更转永明大道场。著《宗镜录》一百卷，为学者所佩仰。入寂于开宝八年。当是时，高丽王慕其学德，遣僧三十六人承其法；自是法眼宗弘布于高丽，而中国反衰矣。今示法眼宗略系于下：
与法眼宗同出于雪峰下之云门宗，其末造不如临济宗之盛；然宋初则颇振，但非鸿仰、法眼、曹洞之比耳。云门禅师，居韶州云门山光奉院，其地为南汉刘龚所辖，故受南汉主之归依；赐号匡真禅师，入寂后谥曰大慈云匡真弘明禅师于后汉隐帝乾祐二年入寂。自云门经香林澄远、智门光祚、而至雪窦重显，其法大振。雪窦即选《碧岩录》百则而著颂古之人，其书称《雪窦颂古》。初住翠峰，转迁明州雪窦，来会者号称极盛，故世称云门中兴入寂于仁宗皇祐四年六月。其法嗣以天衣义怀为最著名入寂于仁宗嘉祐五年。圆通法秀、慧林宗本，出其门下；在圆通之下者，有佛国惟白，在慧林之下者，有法云善本。法秀为汴京法云寺第一世，圆通禅师，其敕赐号也入寂于哲宗元祐五年。其法子佛国惟白，以著《禅门续传灯录》（三十卷）得名入寂于徽宗建中靖国元年。
慧林宗本始居苏州之承天、兴教二寺；后因杭州净慈寺之坚请，往居净慈寺。尔时四方互请，故说帖中有“借师三年，为此邦植福，不敢久占”之语。元丰五年，应神宗皇帝之召，住慧林寺，圆照禅师，其号也入寂于哲宗元符二年。法云善本承其法，圆通法秀入寂时，即受敕嗣其法席，入法云寺，大通禅师其号也。与圆照并称，故世呼大小圆照云入寂于徽宗大观三年。
智门光祚之门下，与雪窦同门者有延庆子荣；其法嗣名圆通居讷，居庐山圆通寺；与欧阳修交，颇为所重；内侍李允甯舍汴京第宅为禅寺，敕赐额，名十方净因寺；欧阳修奉天子（仁宗）命，推选居讷居之；居讷以病辞，举大觉怀琏代之。当是时，汴京两街诸寺，悉属法相宗、南山律宗；至于禅宗、天台，但行于各地方；自有此净因寺，禅宗始行于京都；大觉者，怀琏之敕赐号也居讷入寂于神宗熙宁四年。怀琏入寂于哲宗元祐五年。
云门之法流，当以明教契嵩为最知名；嵩字仲灵，藤州镡津人；居杭州灵隐寺；著《传法正宗记》（十卷）、《定祖图》（一面），定禅宗法脉之异论；此外述《辅教编》（三卷），上之仁宗；敕加入《大藏》之中；赐号明教大师。辑其文曰《镡津文集》（十九卷）入寂于熙宁五年。
宋以后，云门之法，当与临济并盛。徽宗皇帝序《续灯录》曰：“自南岳青原而下，分为五宗；各擅家风，应机酬对；虽建立不同，而会归则一；莫不箭锋相拄，鞭影齐施；接物利生，启悟多矣；源派演迤，枝叶扶疏，而云门临济二宗，遂独盛于天下。”由此观之：其盛可知矣。及宋都南迁，蒙古北入，云门宗逐致衰微；入元，其法系遂全不可考矣。《五灯会元续略》曰：“云门宗，自宋迄元，代不乏人；如圆通、善王、山济，俱明眼宗哲，法席甚盛；但嗣法莫可考，岂深藏其德而不求著耶？抑末流闻见之不广也。”又载宋末云门禅僧数名，但其系统未明。兹示云门宗主要人物略系于下：
曹洞宗之微弱，不如沩仰、法眼，其盛亦不如云门、临济；虽特称为曹洞宗，而洞山、曹山以来之正系，法脉后绝；唯赖云居道膺之一脉，曹洞之泉，得以不涸；降至元代，其末叶繁盛，乃出于意外。瑞州洞山良价敕谥号悟本禅师，唐末人；入寂于懿宗咸通十年；曹山本寂敕谥号元证禅师，居抚州曹山；入寂于昭宗天复元年。五家之中：曹洞、沩仰、临济三宗，起于唐末；其云门、法眼二宗，则起于五代。
洪州云居山道膺入寂于昭宗天复元年。敕谥号弘觉大师，六传而至芙蓉道楷；道楷初受诏，居东京十方净因寺，更移住天宁寺；且赐紫衣，并赐号定照禅师；道楷上表固辞，谓常发誓愿，不受利名；若自违素愿，何以教人；频谕不从。天子徽宗大怒，置之狱。时有司知楷忠诚，乃问曰：“有疾则可免罪，长老有疾乎？”楷毅然答云：“生平未尝妄语，岂敢诈疾以求侥倖：平日有疾，今实无。”遂迫令还俗，流于缁州；时大观元年事也。翌年免罪，结庵于芙蓉湖上；《续传灯录》载“数百人环绕坐卧；楷虑祸，乃日各食粥一杯；不堪者稍稍去，在者犹百许人”云。后所居之寺，敕赐华严禅寺之额入寂于徽宗重和元年。其法资有丹霞子淳入寂于宣和元年，即芙蓉卒之翌年；丹霞之下出清了真歇，谥悟空禅师、正觉，俱名匠也。正觉名声最振，居明州天童山；寂后谥宏智禅师入寂于南宋高宗绍兴二十七年。其《从容录》（三卷）与《碧岩录》，俱为禅学者所称；盖即天童宏智之《颂古百则》，万松行秀评唱之以示众者也；万松退隐之所，榜曰容庵，故命名《从容录》云。
万松老人行秀，构万松庵于顺天府报恩寺，其后转住万寿寺、栖霞寺，晚年造从容庵，为退居之所。《从容录》因湛然居士从源之请而成。此外尚著《祖灯录》（六十二卷）、《辨宗说》（不详卷数）等书入寂于蒙古定宗二年，当南宋理宗之淳和六年。
宋季以后，曹洞大势，《五灯会元续略》载之綦详；曰：“曹洞宗至宋季尤盛于河北；所以元世祖大集沙门，惟少室裕祖，高贤鳞附，如黄钟为八十四调之首，如车毂为三十六幅所归，洵至盛矣，谁与京焉。独惜明兴以前，金辽以后，河北为战争之所；名刹兵秽，格言燹加；如洛之白马、天庆，嵩之少室、龙潭，熊耳之空相，磁之大明，泰之灵岩，燕之报恩、万寿，灯灯不绝，班班可纪，而人罕被其光。至今仅存云门、寿昌、少室三叶，颇称繁衍；但清凉已上，间有一二宗支，无从考核。”由此文观之；少室雪庭之福裕，云门之圆澄，寿昌之慧经，三派法脉后存，其所弘布，以在北方者为主。适金、辽、蒙古交侵，北方成为战场，大寺多蒙灾祸；其间有行秀等盛行法化，得法者一百二十人；此宗之行，亦云盛矣。
兹示曹洞宗略系于下：字下附黑点者，示来自日本之人。
禅之五派中，其末最盛者，临济宗也。至宋时分杨岐、黄龙二派：而杨岐宗之法孙，最为繁荣。世以此二宗加于五家，呼为五家七宗云。
临济义玄，嗣黄檗希运断际禅师之法；由南方北来，居镇州临济院，后移大名府兴化寺东堂。入寂于唐懿宗咸通八年；敕谥号慧照禅师。临济之后，经兴化存奖、南院慧颙、风穴延沼至首山省念，为汝州首山之第一世；更居汝州叶县之广教、宝应诸寺。首山嗣法中，有名者，为汝州叶县广教院之归省、潭州神鼎之洪諲、襄州谷隐山之蕴聪、汝州广慧院之元琏，及汾阳太子院之善昭等。善昭传之石霜楚圆：杨岐、黄龙，分于石霜之下。
黄龙慧南敕谥普觉禅师，入寂于神宗熙宁二年；生前法席之盛，评者以为可比马祖百丈，嗣法者颇多：《续灯录》载有八十三人；其中以宝峰克文、晦堂祖心、东林常总三人，为其法流之最广者。宝峰克文居洪州泐潭；前曾住庐山归宗寺；真净禅师，其敕赐号也入寂于徽宗崇宁元年。晦堂祖心，继慧南法席；敕赐号宝觉禅师入寂于哲宗元符三年；其法嗣有死心悟新、灵源惟清等四十余人。东林常总，居江州东林兴龙寺；嗣法达六十二人之多；开先行瑛、泐潭应乾，其显著者也。
兹就杨岐派略述之：此派在五祖山法演之下；出佛鉴（慧勤）、佛眼（清远）、佛果（克勤）三佛。三佛中，佛果克勤之法，尤为盛大；实为虎丘、径山二大系所自出。
杨岐方会入寂于仁宗庆历六年，嗣法者凡十二人；白云守端为其上首，为圆通居讷所推选，历住承天、圆通二寺；后迁法华、龙门、兴化、海会诸寺；所至归依者众，有如云集入寂于熙宁五年。蕲州五祖山之法演，嗣其法，法嗣二十余人；昭觉克勤，其一也；以原本《雪窦颂古》，加以垂示、着语、评唱，造《碧岩集》而得名。初在成都照觉寺，后会张商英无尽居士于荆南，应其请而留碧岩；复受诏移住金陵蒋山；更奉敕住元宁、万寿诸寺；建炎初，又转镇江金山；时值宋都南迁，南宋之初，高宗赐号圜悟禅师高宗绍兴五年。太平慧勤，与昭觉克勤齐名；人咸称之曰：五祖下之二勤；慧勤居舒州之大平寺；清远住舒州之龙门寺；其下有牧庵法忠；牧庵下有普庵印肃。
克勤法嗣，多至七十五人；其法流以虎丘、径山为最大；虎丘一派，分松源、破庵二流；径山一派，分灵隐、北涧二流；兹示之于下：
平江府虎丘之绍隆入寂于南宋高宗绍兴六年，其法嗣仅昙华一人；昙华有嗣法八人，卓越者，咸杰一人也。咸杰之下：自松源、破庵等出，此派渐盛；破庵之后，尤极繁荣。松源崇岳，曾住景德灵隐寺；宁宗庆元六年，上书乞退居东庵，许之。松源入寂于南宋宁宗嘉泰二年之法，当镰仓中晚之际，盛传于日本；即中国宋末元初时也。
破庵之法，传于径山师范；师范历住雪窦、育王、径山诸寺；理宗时，召至修政殿说法；赐号佛鉴禅师。著有《语录》五卷，行于世入寂于理宗淳和九年。据系谱所载，日本镰仓时代禅宗诸人，嗣径山之法者甚多。
径山宗杲，初参曹洞禅；因曹洞禅过重传授，以为禅乃佛自悟自证之法，岂别有传授者耶？于是去而之临济，承圜悟之法；在圜悟门下，最称卓越，名重一时；高宗命住育王；又受诏迁径山；孝宗时，赐号大慧禅师入寂于孝宗隆兴元年。嗣法者九十余人。《续灯录》曰：“鼎需、思岳、弥光、悟本、守净、道谦、遵璞、祖元、冲密等九人，皆契悟广大，先师而殁；其余皆道化一方，临济宗旨益振焉。”大慧之下，德光之门。分灵隐之善、北涧居简二派：出于径山智及门下之道衍，即助明成祖举兵之姚广孝也。
元以后，禅宗与喇嘛教俱盛；盖助元世祖成业之刘秉宗谥文贞，本属禅僧，故于临济宗之宏传称便焉。先是，秉忠居云中南堂寺时，适值海云印简，应世祖之召，乃随之而往；印简颇为世祖所尊信，故称为临济之中兴。武宗至大二年，敕赵孟烦撰《临济正宗碑》；其文曰：“海云大宗师简公，性与道台，心与法宜；细无不入，大无不包；住临济院，能系祖传，以正道统；佛法盖至此而中兴焉。”其推崇可谓至矣。刘秉忠乃出于印简弟子可庵朗公之门下者也。
元代破庵一派之高峰原妙，其弟子以中峰明本、正宗了义为最著；而明本尤杰出。仁宗延祐五年，礼聘之不至；赐号佛慈圆照广慧禅师；谓其院曰正宗；英宗亦敬信之；寂后七年，在文宗时，更赐谥为智觉禅师。顺宗之世，以其《语录》三十卷，加入《藏》中；更赠号普觉国师入寂于英宗至治三年；朝廷之尊崇，可谓至矣。中峰之法，在足利时代，盛传于日本。
明太祖本为禅僧，故明之佛教，大半属于禅宗；明末临济宗，据载在《会元续略》者观之，此大势可以窥知矣。《会元续略》曰：“临济宗自宋季稍盛于江南，阅元而明，人宗大匠，所在都有；而韬光敛瑞，民莫得传；惟是天童、磐山、车溪三派鼎峙，支那学者，依为出世梯航。”要之：明末清初之际，禅宗已无昔日之盛，其系统可寻者，仅天童圆悟、磬山圆修、车溪性冲等三派而已。三人俱明末人，车溪寂于神宗万历三十九年；天童寂于毅宗崇祯十四年；磬山与天童同门，寂于崇祯八年；其时代盖相同也。
圆悟，号密云；宜兴蒋氏子。耕樵为业；年三十，弃家事龙池传和尚。掩关千日；后过铜官山顶，忽觉情与无情，焕然顿现，觅纤毫过患不可得，遂大悟。凡六坐道场，法席最盛；临济之传，称为中兴。时天童古刹久废；悟慨然重兴之。所嘱付弟子十二人。悟有《语录》十二卷行世。
圆修，字天隐；荆溪闵氏子。依龙池剃染；参父母未生前本来面目；工候急切，至百余日；偶读《楞严》至佛叱阿难此非汝心处，默然有省。厥后掩关两载，终日蒲团；正在绝念忘境之际，忽闻驴鸣，豁然大悟。于万历庚申，结茅磐山，渐成大刹。门下人材之众，与圆悟相埒。
同时有憨山大师德清，受禅于云、谷法会；叹六祖大师旧址颓废，再兴之。其著述颇多；化度至盛入寂于熹宗天启三年。兹举其著述之重要者于下：
《法华经通义》七卷
《法华经击节》一卷
《圆觉经直解》二卷
《大乘起信论疏略纂要》一卷
《大乘起信论直解》二卷
《观楞迦经记》十八卷
《金刚决疑》一卷
《般若心经直说》一卷
《肇论略注》二卷
《八十八祖真影传赞》五卷
《中庸直指》一卷
《老子道德经注》二卷
《庄子内篇注》四卷
又憨山《梦游集》（五十五卷），乃其门人据憨山手记而编辑者，此外尚有《憨山语录》（二十卷）。
明末高僧，有云栖宏；或以为属华严宗；然其一生所宏扬者，多属净土；盖宋明以后，各宗殆无不兼崇念佛也。曾至京师参遍融、笑岩二师天奇本瑞之法孙；嗣至东昌，途闻鼓声，忽然大悟。因其居杭州云栖入寂于明熹宗万历四十三年，故世称云栖大师云。其著述如下：
《楞严经摸象记》一卷
《阿弥陀经疏钞》四卷
《阿弥陀经疏钞事义》一卷
《阿弥陀经疏钞问辨》一卷
《四十八问答》一卷
《净土疑辨》一卷
《西方发愿文》一卷
《遗教经论疏节要》一卷
《禅关策进》二卷
《梵网菩萨戒疏发隐》七卷
《沙弥律仪要略》一卷
《往生集》三卷
《缁门崇行录》一卷
《直道录》一卷
《自知录》一卷
《山房杂录》二卷
《云栖遗稿》三卷
《竹窗随笔》三卷
《正讹集》一卷
此外尚有《云栖规约》、《僧训日记》、《戒杀放生文》、《放生仪》等小篇。盖云栖本出于禅，又盛弘念佛，与天台蕅益，并称明末二大明星。闻谷大师广印，云栖弟子也；为作塔铭称之曰：“一度弟子，千有余人；得戒弟子，万有余人。”足证其化导之盛。
紫柏真可大师，亦当时英俊，尝至京师参遍融禅师；后游诸方，历参知识。念《大藏》经卷帙重多，外间不易得见；因改刻方册，俾易流通；命其弟子密藏、幻予，先后任刊刻之事；贮板于径山寂照庵；世所称《径山藏》是也。闻谷碑铭中，称闻谷慕紫柏事迹，兴寺于其旧址。憨山大师亦颇忻慕之。著有《般若心经说》（一卷）、《般若心经要论》（一卷）、《般若心经直谈》（一卷）、《紫柏老人集》（二十九卷）、《紫柏老人别集》（四卷）等书。其嗣法系统亦不明。
（五）诸宗融合之倾向
宋初佛教再兴，汴京中央诸寺，仅有法相宗、南山律宗；禅宗、天台宗，只盛行于江南；其北传也，为时颇后；前已述之。是知法相宗，自为天台宗荆溪大师论破以后，尚借玄奘余力，行于京都；已无学德兼备者，足传于后世；降及元代，历史所传者，惟镇江普照寺之普喜（吉祥禅师）、秦州景福寺之英辨（普觉）、及云岩之志德（佛光大师），称为元初学者而已；又明代有明昱者，唯识宗掉尾之大家也；著有《三十唯识约意》（一卷）、《百法明门论赘言》（一卷）、《观所缘缘论会释》（一卷）、《观所缘缘论释记》（一卷）、《唯识论俗诠》（十卷）、《因明入正理论直疏》（一卷）、《三支比量义钞》（一卷）等书；但自唐武宗会昌法难后，玄奘弟子窥基等所著之论疏，皆遭焚毁，中土失传；明昱殆未寓目；其传承既不详；所说亦多乖玄奘本旨；凡明代人之解释法相者，皆有此误，固不独明昱为然也。
明代禅、教、讲之区别，恐系宋末以来一般人之说；其教中似含有秘密佛教之仪式；故秘密佛教，在社会方面，颇占一部分势力；但在佛教史上，则无可记之事实。唐末宋初，秘密佛教人材间出，自后即不能窥知矣。
其仅可记者，为讲求学问之华严宗；与实际佛教之念佛宗。但此二者，亦不能谓为纯粹之华严宗，或纯粹之念佛宗；盖此等宗教状态，或受天台之影响；或与禅宗混合而成也。
华严宗，宋初有长水子璿，即世所称长水大师是也。自澄观大师传圭峰；圭峰传彻微；彻微传海印；海印传法灯；法灯传长水；华严宗至此，始复兴盛。相传长水初学华严于秀州洪敏，后闻琅玡慧觉汾阳善昭之下之名，随之学禅。将嗣其法，琅玡谓之曰：“汝宗不振久矣；宜励志扶持，以报佛恩。”乃奉师训，居长水说《华严》，其徒多及千人。以贤首教义著《首楞严经义疏》（二十卷）、《大乘起信论疏笔削记》等书，知名于世。
长水之后有净源其先出泉州晋水，故世称晋水净源，学《华严》于五台山承迁《宗脉记》则以为子璿亦承迁弟子，而以宗密而下，经传奥、从朗、现而至承迁，以承迁亦现之弟子，但承迁之传不详，承迁著有《注金师子章》一卷，今存。后亦受教于长水，最后居杭州之南山慧因寺。当是时，华严宗经典，多所散佚，适高丽之义天，来华学佛教，所携华严经典甚多；尝决疑于净源；因此华严宗之书，得复归于中国；义天还高丽后，以《华严经》一百八十卷赠净源；即《六十》、《四十》、《八十》三译，即世称《三大华严》也；净源得此，为别建华严阁以藏之；故世亦谓慧因寺为高丽寺；称净源为华严宗之中兴者。著有《妄尽还源观疏钞补解》（一卷）、《原人论发微录》（三卷）；与师会之《一乘教义分齐章复古记》（六卷）、《焚薪》（二卷）、希迪之《五教章集成记》（一卷）、道亭之《五教章义苑疏》（十卷），称宋四大家。元初有仲华文才直觉国师，《佛祖通载》谓其著有《慧灯集悬谈详略》、《肇论疏》等书。其弟子有大林了性弘教大师，幻堂宝严，京师之大宝积寺之妙文，亦为此宗之达者；明代有别峰大同，本学《华严》于春谷法师怀古肇公；后参中峰，中峰告之曰：“《贤首》之宗，日远而日微矣；子之器量，足以张大之；毋久淹乎此也。”遂专弘《华严》；弟子之嗣法者，分布列刹。著有《天柱稿》、《宝林类编》。同时有古庭善学，受《华严》于宝觉简公，融会甚深微妙之旨，学者宗之。降及明末，圆镜亦以学《华严》知名于世。云浪法师恩公，绍天界无极老人之统，承贤首二十三世之系，弘《华严》于金陵；三演大疏，七讲玄谈，尽得华严法界圆融无碍之旨；弟子分化四方者甚多。观元明之际，此宗学者，似尚不少；或者因其对于《华严》不能有所发挥，此宗遂渐就衰微乎？未可知也。
清凉宗密以后，华严颇近禅宗；长水既传琅玡之禅，别峰亦因中峰禅师之言，而弘《华严》；当时华严与禅之关系，略可推知。又自禅宗言之，法眼宗颇取华严教意，此可谓为取华严入禅者也。是则华严教义，纵存于元明之际，不过与禅相提携，以维持其余势耳《宗脉记》以为自净源、冲观、师会、心、竹坡、悟、介、琼、南山、华春、谷遇，累代相承，而至别峰大同。
念佛宗，宋初以后，流传颇广；但非独立一宗，凡抱天台、华严、乃至禅宗宗旨之人，以期念佛往生，或劝人念佛者；其人甚多，不遑枚举。天台宗之四明三派中，神照一家，颇劝念佛；神照慕古庐山之风，结白莲社而修念佛；其念佛修行之处，阅六七年而为大刹。仁宗时，赐以白莲寺寺号。神照之弟子曰处咸，曰有严，曰处谦，《佛祖统纪》均有传；《处谦传》曰：“熙宁乙卯（八年）四月丙寅，晨兴，沐浴更衣；集众讽《普贤行法》、《阿弥陀经》。乃曰：吾得无生日用久矣；今以无生而生净土，即入定寂然。”《有严传》曰：“畜一钵无长物，躬拾薪汲水，食惟三白；毗尼条章轻重等护二十年；专事净业；以安养为故乡；作怀净土诗八章，辞情凄切，人多乐诵；常时所修三昧，多获瑞应。”有严著有《阿弥陀礼文》。左伸，亦神照之弟子，刻西方三圣像，旦夜虔事；临终，请僧讽诵《阿弥陀经》未彻，即云：我已见佛光矣；遂沐浴更衣，戒左右勿哭，勿逼吾前，称佛结印而化。
处谦弟子曰净梵，曰择瑛，曰思照，曰行人宗利，俱念佛行者，其传载在《统纪》。《净梵传》载“十岁出家，常念阿弥陀佛”。《择瑛传》载有《净土修证仪》、《阿弥陀佛身金色之偈》；又辨西方此土二种观门之相，以劝专修净业者；殁时亦“西向讽《弥陀经》，卷终而逝”。《思照传》曰：“专修念佛三昧，筑小庵曰德云；后连小阁，为观落日之所；刻三圣像，每夜过午，即起念佛；月二十三日，率道俗系念，终其身三十年；一旦语其徒曰：夜梦佛金身丈六，此往生之兆也；请僧七日以助念佛；屈指作印，奄从坐化。”《宗利传》亦云：“于静定中神游净土，见宝池莲花宝林境界；寻诣新城碧沼，专修念佛三昧，经历十年。”在处咸弟子元慧之下者，有了然；其传亦载“集众说法；复大书曰：因念佛力，得归极乐；凡在吾徒，宜当力学；即沐浴更衣，与众同诵《阿弥陀经》，至西方极乐世界而逝”等语。以上所举，皆神照家也；其念佛修行之盛可知矣。
又念佛、天台二宗，关系最为密切；天台之行者，多修念佛，以期往生西方；故不能仅谓为神照家念佛；今不过示其特著之一家而已。此外天台诸家之念佛者，代有其人，不遑枚举；唯石芝宗晓出于广智家之末。即著《乐邦文类》、《乐邦遗稿》者。与净土教关系最深，故表而出之。
《释氏稽古略续集》载元明之际，天台学者绝宗善继、瞽庵显示、无碍普智，皆专修净业，或弘扬之。《诸嗣宗脉记》载竹庵可观之法，传于北峰宗印；北峰之下，有相洲怀坦、剡源觉先、佛光法照等；自佛光经子庭师训出东溟慧日；其下有无碍普智；又自剡源，出云梦泽、佛鉴铦；二人门下各有著名之大师，即虎溪怀则、湛堂性澄是也。瞽庵、绝宗二人，共出湛堂之门。此外明初之蘧庵大祐，为玉冈蒙润之弟子；兼天台、华严之学；著有《弥陀略解》、《净土指归》等书，行于世。
宋以后，诸宗学者，兼力弘念佛之高僧，当以唐末之永明延寺、宋初之灵芝元照、明末之云栖袜宏、蕅益智旭为最著。
永明延寿，法眼宗之大宗匠也；著《宗镜录》见前法眼宗下，应吴越忠懿王之请，住灵隐；后迁永明；禅与念佛兼修，夜则往别峰，修行道念佛之法。忠懿王为之建西方香严殿焉。石芝宗晓，在古来净土行者中，选出最著者七人，为莲社之七祖，呼延寿为其第六祖。（第一祖庐山慧远；第二祖光明善导；第三祖般舟承远；第四祖五会法照；第五祖新定少康；第六祖永明延寿；第七祖昭庆省常。）
灵芝元照律师，以天台教义释律；且当时禅宗甚盛，动逸纲纪；见持守坚固者，反嘲为执相，弊害甚大；遂唱导教、律、禅一致之论；同时以念佛之教，普劝道俗；其翻刻慈愍三藏文集也；宗旨有二：一为明慈愍之教、律、禅一致之说；一为供其弘通念佛教之用《慈愍集》今不存，故内容不明。
“长芦宗颐，与当时名胜，盛结莲华净土念佛社”，乃《释氏稽古略》引《苇江集》中之语，盖在宋哲宗时代与元照同时也；所谓莲华念佛，其慕庐山白莲社之遗风乎。灵芝律师之前，当真宗之世，有圆净法师省常者，慕庐山之风，隐遁西湖之滨，结白莲社修念佛，后改净行社；当是时，入社者甚多；谓与昔时慧远之社媲美而无惭德省常寂于真宗天禧四年。其后则有天台神照一如之念佛，慕庐山之风，建白莲寺，修念佛，已如前述。又元照之普劝念佛：同时有给事中冯楫，与贤士大夫，高僧逸士，思继庐山莲社遗风，月修系念净土会；又圆辨道琛法师，所至建每月二十三日之净土系念道场；与禅、律、讲诸宗学者道俗，同修念佛；不期而至者，常逾万人；宋代白莲社念佛之盛，可以知矣。
明有庐山遍融，后入汴京，盛弘其教；受上下流归向；云栖大师，曾参谒之；遍融告之曰：“不要贪名图利；勿扳缘贵要之门；唯一心办道，老实持戒念佛。”云栖虽亦参笑岩，迹其生平，似颇受遍融之感化。
云栖大师，于弘通念佛，有甚深之因缘，于前举之著述，可以知之。云栖本禅宗之人，其教理之解释，则用华严宗，此盖受其师遍融之影响，《续稽古略》称遍融“证华严三昧，得大解脱法门”；可知其系华严宗人。故云栖判念佛教，谓其在小始终顿圆五教中，正属顿教，而兼通终圆二教也。
蕅益大师智旭，俗姓钟氏；少好儒，颇斥佛教；十七岁，读云栖《竹窗随笔》，大悔悟；二十四岁，梦受教于憨山，欣然慕之；以道远未能往学；乃依雪岭出家，雪岭，憨山弟子也。盖蕅益本出自禅宗，后拟注《梵网经》，作《四阄问佛》？一曰宗华严、二曰宗天台、三曰宗法相、四曰自立宗，频拈得天台；遂潜心研究天台著述。晚年住灵峰，世称灵峰老人。但蕅益于律、法相、念佛种种方面，著述颇多；因近世天台学者，与禅宗、华严、法相，各持门户之见，不能和合；心勿谓然，故决不以一宗学者自居寂于永历元年。其著述现存者如下：
《楞严经玄义》二卷 《楞严经文句》十卷
《楞迦经玄义》二卷 《楞迦经义疏》九卷
《盂兰盆经新疏》一卷 《占察善恶业报经玄义》二卷
《占察善恶业报经义疏》四卷 《金刚般若经破空论》一卷
《金刚般若经观心释》一卷 《般若心经释要》一卷
《法华经会义》十六卷 《法华经纶贯》一卷
（（佛遗教经解》一卷 《四十二章经解》一卷
《八大人觉经略解》一卷 《阿弥陀经要解》一卷
《梵网经菩萨心地品合注》七卷《梵网戒本经笺要》一卷
《梵网经菩萨心地品玄义》一卷《四分律大小持戒犍度略释》一卷
《斋经科注》一卷 《优婆塞五戒相经笺要》一卷
《羯磨文释》一卷 《在家律要后集》三卷
《律要后集》一卷 《梵网经忏悔行法》一卷
《毗尼事义集要》十七卷 《沙弥十戒威仪录要》一卷
《大乘起信论裂网疏》六卷 《唯识心要》十卷
《三十唯识直解》一卷 《大乘百法明门论直解》一卷
《观所缘缘论直解》一卷 《观所缘缘论释直解》一卷
《因明入正理论直解》一卷 《大乘止观法门释要》六卷
《八识规矩颂直解》一卷 《唐奘师真唯识量略解》一卷
《六离合释法式略解》一卷 《教观纲宗》一卷
《法华玄义节要》二卷 《占察善恶业报经忏仪》一卷
《赞礼地藏菩萨忏仪》一卷 《大悲行法辩伪》一卷
《阅藏知津》四十八卷 《法海观澜》二卷
《绝余编》四卷 《见闻录》一卷
《辟邪集》一卷 《灵峰宗论》三十七卷
《选佛谱》二卷 《重订诸经日诵》二卷
《周易禅解》十卷 《四书解》卷数不详
蕅益之意以为佛教各宗，虽分派相争；然元来目的则一，不外乎明其自心而已。故唱诸宗融合一致论；谓佛教有教、禅、律三大区别：禅为佛心；教为佛语；律为佛行；此三者具备，始为完全佛教；执一以相争者，乃学者之误谬；此蕅益对于佛教思想之大体也。
总之，宋以后之佛教，唯禅独盛；以无所羁束为高，其弊在放浪；因惹起其他教律之抗争，不易一致；故眼光高大者，或谓禅、教一致，或唱三学一源，以企其融合；其教中则以天台、华严、法相、念佛四者为主要也。此教、禅、律三者一致论之结局，而蕅益大师于是出世矣。蕅益之地位，于其著述之广，可以知之。元代虎溪怀则著《佛心印记》，对抗禅宗、华严宗，以天台为佛祖正传之心印，乃最有名之学者也。
佛教内部既有融合论；而对于道、儒二教一致之论亦渐起；佛教徒注儒书及老、庄，以谋发挥其旨者亦渐多。但老子与佛教类似之处颇多，故其间争论亦烈；同时亦有相近之倾向。始于南北朝时代，前既言之矣。儒家与佛教之性质，相去较远；儒为世间法，可称政治学；佛为出世间法，属于宗教；范围不同，故其争较少。降及宋世，理学勃兴；形而上的宇宙论，近于佛老所谈；争端复烈，势所必然。盖宋儒之学问，大都受佛教影响；其后王阳明之良知说，亦决不能出佛教之范围；而与儒教以莫大影响者，自属当时最盛之禅宗。于是佛儒因性质类似而相争；未几，又产出融合论矣。
唐韩退之、宋欧阳修之毁佛也，概系攻击其表面上之事实；即附随于佛教而行之迷信，或其弊害；而未能达佛教之教理，触其深远之问题。至柳宗元颇反对韩退之，而为佛教辩护；苏东坡则笃信佛教，于教理研究颇深。是则儒者中之儒佛一致论，唐时已有之矣。
佛教徒中，攻击儒教最有名者，莫如宋之契嵩。其《镡津文集》中，载有《非韩》三篇，取韩退之之文，一一驳诘，殆无余蕴。然就其《辅教编》观之，契嵩受儒教影响亦颇甚；其孝论，即以佛教而融合儒的世间教；此契嵩所以为儒佛一致论者中之最古者也。当是时，欧阳修、李泰伯，盛为排佛论；契嵩往晤李泰伯，论儒释吻合，为之作《原教》、《孝论》。泰伯颇喜其文，异其说，致书欧阳修誉之。
其后明之愿证，著《观幻子》谓合儒释一贯之妙；沈士荣著《续原教论》，讨论三教异同；姚广孝出《道余录》，驳二程朱子之说；明太祖亦有《三教论》、《释道论》。此外禅僧中，有论道儒二教者；儒者中，亦多有论佛教者；今姑从略；惟就明末最后出之三教融合论者，憨山、蕅益二人述之：
憨山有《中庸直指》、《老子解》、《庄子内篇注》等书；蕅益有《四书解》、《周易禅解》等书；憨山之《老子解》，卷端有《观老庄影响论》一名《三教源流同异论》，其主张三教一致，最为明显；实欲以禅意使三教合一者也。其文曰：“余尝以三事自勖曰：不知《春秋》，不能涉世；不知老庄，不能忘世；不参禅，不能出世；知此，可与言学矣。”又曰：“孔子，人乘之圣也；故奉天以治人；老子，天乘之圣也；故清净无欲，离人而入天；声闻缘觉，超人天之圣也；故高超三界，远越四生，弃人天而不入；菩萨，超二乘之圣也；出人天而入人天，故往来三界，救度四生，出真而入俗；佛则超圣凡之圣也；故能圣能凡，在天而天，在人而人，乃至异类分形，无往而不入。”由此观之：憨山三教一致之要领，可以知矣。