自古皇帝对佛教内部事务的经管，历来多寡不一。雍正的干预之多，在许多方面超过了其他帝王。主要表现在任命寺院住持，扩建，修缮梵宫，赐予佛徒封号，反对僧衲中的“邪说”等方面。

雍正认为要扶持禅宗， “仍择宗门法侣具正知正见者，为之表率倡导”,也就是说要使用他认为是正道僧侣持掌寺院事务。如允祥、弘晓父子重修香山卧佛寺成功，因禅师超盛在当时“宗徒内无有出其右者”,特命其去掌法席。又如北京护国寺修缮竣工，雍正选择玉林琇的徒孙超善去充任方丈。

雍正在晚年大量修缮古刹名寺。江南荆溪(今宜兴县)崇恩寺，系玉林琇国师，溪森禅师传法之所，雍正以该寺规模较小，容纳桑门有阻，于雍正十一年(1733)加以扩充，增建殿宇。浙江绍兴报恩寺是玉林琇开堂之所，为传其法，予以维修。浙江舟山普陀山是所谓观音大士示现的圣地，该处普济寺，建于后梁，历代维修，雍正特发库帑，派专官董理修饰，同时修缮了普陀山的法雨寺。南岳衡山是雍正的主寿山，湖南巡抚赵弘恩奏请动用库银修葺，以为皇上祝寿。雍正说为朕延寿不必进行，但为崇祀江河山之神则可以，批准了他的建议。华山佛宇遭火灾，雍正命江南督抚供给钱财，不计数量，务必恢复原状，因此佛寺及道观均修葺一新。他所维修的兰若，一类是佛教圣地的名寺，再则是他所表彰的玉林琇一派的修行之处，表现了他提倡佛教宗派。

雍正十一年(1733),雍正表彰他认为的圣僧，赐予封号。授鸠摩罗什高足僧肇为大智圆正圣僧禅师，沩仰宗的创始人灵祜及其弟子慧寂分别封为灵觉大圆禅师、真证智通禅师。雍正说这些名僧阐扬佛旨， “救拔群迷”,千百年后帝王旌奖他们，希望时下释徒力求奉信正宗正论。

雍正在赐号、修庙中已表明其尊崇的是玉林琇一派，但又觉不够，又亲自著述《拣魔辨异录》,发布有关上谕，直接参加佛教宗派学术斗争。明崇祯年间，汉月藏(法藏)著《五宗原》,密云悟与之论辩，产生宗旨之争。汉月藏法嗣弘吉忍(弘忍)作《五宗救》阐述师说，深受学者欢迎，密云悟又作《辟妄救》驳难。雍正把汉月藏、弘吉忍之说当作邪魔外道，说自己明于“禅宗之旨，洞知魔外之情，灼见现在魔业之大，预识将来魔患之深”,为了拯救佛徒， “不得不言，不忍不言”,乃摘抄藏、忍语录八十余条，一一指斥，成《拣魔辨异录》一书。同时命令销毁藏、忍语录及《五宗原》《五宗救》等书，若有僧徒私自收藏的，以大不敬律论罪。又命地方官查明汉月藏派下徒众，尽除出禅宗临济宗，永远不许复入祖庭。与此同时，为了不许“邪说横行”,雍正又在僧侣的语录中，选择“提持向上，直指真宗”的，编辑了《御选语录》一书，入选的有僧肇、永嘉觉、寒山、拾得、沩山祜、仰山寂、赵州谂、云门偃、永明寿、紫阳真人、雪窦显、园悟勤、玉林琇、溪森等僧侣，道士的语录，还编入他自己的《圆明语录》《圆明百问》,附录《当今法会》。于雍正十一年作序，刊刻问世。雍正十二年，雍正令沛天上人组织四十多名僧侣校勘藏经。他还刻印释典《宗镜录》《宗镜大纲》《经海一滴》诸书。由此可见，雍正采取行政手段的方法解决宗教内部的派别斗争、宗旨之争，以其皇帝的权威干涉宗教内部事务。