雍正元年(1723),雍正说六科的掌印给事中责任紧要，人选交都察院公同拣选保奏。并具体规定各科掌印给事中员缺，该科知会吏部，开列各种不掌印的给事中名单，送都察院拣选二人，出具考语，转回吏科，缮本具题。题本用都察院的印信。这是把六科给事中的考核交由都察院掌管，使他们成为该院的属吏，都御史的属员。都察院的监察御史，向例有巡视京师五城、京仓、通仓、巡盐、巡漕等差，给事中归都察院考核后，都御史把他们与御史一体对待，巡视城、漕、盐、仓等差。于是，给事中与御史没有什么区别了。
六科，原是一个衙署，职责是所谓“传达纶音，稽考庶政”。它把皇帝批过的臣工题本，从内阁领出，誉抄清楚，发给有关部门执行。它不仅转发文件，还具有封驳权，已经皇帝批准的奏章，六科认为有不妥的地方，可以封还执奏，若内阁票签批本错误，原奏章的失当之处，就应当接受它的驳正。它还稽察六部，察核奉旨事件完结情况，如有迁延迟误情事，即行参奏。六科给事中所理之事，在唐朝属于门下省，是宰执机关的事情，清初虽沿元、明之旧，没有门下省，但给事中有封还奏章之权，职位虽然不高，但地位极为重要。
给事中自归都察院管辖，被按照御史来分派差遣，原来分外的事多了，以致“奔走内外，朝夕不遑”,原属分内的事，没有时间和精力去管。有时大量被派遣出去，本科只留一人，忙不过来，把领到的本章匆匆发出，来不及详细审读，至于封驳就更无从谈起了。这样就削弱了给事中的职权，使他们等同于御史了。都察院在唐代为御史台，雍正使六科实质上隶属于都察院，按当时的说法，是“台省合一”。
六科由都察院管辖的御旨刚一下达，编引起一些人的不满，给事中崔致远“晓晓陈奏”,反对这一措施，雍正拒不理睬。乾隆初有人说这个做法是“轻重倒置”,是不尊重纶音。雍正恰是要重者轻之，使给事中不能违抗皇帝之命，使纶音得到绝对尊崇。
雍正这样做，还是接受明末党争的历史教训。明朝六科，比较能够实现“制敕宣行，大事复奏，小事署而颁之，有失，封还执奏”的权力，明朝统治后期，以言官的身份，较多地干预了朝政。这种情况，清初已经有所改变，但康熙后期储位斗争，也就是雍正说的朋党之弊严重，明末遗风不息，而六科官员又参与其间，给事中秦道然为允糖管理家政即是一例。雍正为打击朋党，就对六科的官制进行了相应的改革。
雍正贬低给事中职能，却加重了监察御史的职责，向地方派遣了各种类型的巡察御史。雍正元年(1723),以黑龙江船厂等处人口增殖，贸易事繁，原设将军料理不开，命派出御史、给事中二员，巡视吉林和黑龙江。雍正三年(1725),向各省派遣巡察御史，其中山东、河南各一人，两湖一人，江宁、安徽两布政司共一人，官员由小京堂、科道及各部郎中内拣选，他们到各省，处理一些政事，监察地方官吏，有钦差的味道。雍正四年(1726),因直隶旗下人多，不法者众，派御史和给事中数人往八府巡视，凡旗下告退官员、庄头、内监的亲戚、雍正帝行乐图(二)在籍绅衿，犯法的，即会同地方官惩处。雍正七年(1729),又因直隶兴建了营田，特派巡农御史，巡历州县，考察农民生产情形，以定州县考成，以示重视农业。在京城，于雍正四年(1726)添稽察内务府的御史四员，雍正五年(1727)又增设稽察宗人府的御史二员。
台省合一，削弱六科谏议权，加强都察院对臣工的监察，两者相辅相成，是强化皇权的两个侧面。雍正这一改制，使皇权得以加强了。
向地方委派观风整俗使，也是雍正的一个创造。浙江文化发达，人才较多，浙籍士人与江南士人一起垄断科闱，宫员散布朝内外，幕客布满各衙门。雍正三年(1725)十月发案的汪景祺、雍正四年九月判决的查嗣庭都是浙江人，这两个案子引起雍正的警觉，加之他联想到欧秀臣为允褪造舆论，杭州发生反对摊丁入粮的运动，因此雍正对浙江的印象极坏。雍正四年(1726)八月，浙江巡抚李卫奏称，该省“民刁俗悍，动则钱粮挂误，命案参黜”,以致“大吏屡易某人，守令席不暇暖”。这就更使雍正认为“浙江风俗浇漓，甚于他省”,绅衿“好尚议论”,浙江人是“恩德所不能感化者，狼子野心聚于一方”,决心对其大加整顿。是年十月，决定派遣专职官员到浙江“查问风俗，稽察奸伪，应劝导者劝导之，应惩治者惩治之，应交于地方官审结者即交地方官审结，应参奏提问者即参奏提问，务使绅衿士庶有所警戒，尽除浮薄嚣陵之习”。赴浙官员的任务确定后，至于用什么官名，吏部以为唐太宗贞观年间派遣萧瑀、李靖等人巡行天下，号“观风使”,可仿之取名“观风整俗使”。雍正接受这个建议，任命光禄寺卿、河南学政王国栋为右佥都御史衔浙江观风整俗使。十二月，雍正说浙江风俗既如此败坏，士人“挟其笔墨之微长，遂忘纲常之大义，则开科取士又复何用”,因命停止浙江人的乡会试。同月，浙江人，吏部左侍郎沈近思奏请整顿其故乡风俗十事，说该省逆种迭生， “越水增羞，吴山蒙耻”。雍正认为，这十议切中浙江情弊，敕令浙抚和观风整俗使贯彻施行，又夸奖沈近思不为恶俗所染，足“洗越水吴山之羞耻”。王国栋赴任前进京觐见，雍正给他关于浙江棚民的两份奏折，又要他清查钱粮积欠。王国栋到任，遍巡浙江府县，到处召集绅衿在孔庙明伦堂训话，宣布雍正整饬浙江士俗民风的宗旨。那时查嗣庭的家乡海宁县发生“屠城”的谣传，有的居民迁出县城，人心惶惶，王国栋前往宣讲，使绅士“战战栗栗叩头谢恩，切齿查(嗣庭)贼”。他在一般的宣讲之外，做了三件事，一是清查钱粮，行文各府州县依限催征，及时将征收情况报告给他，凡未按期完纳的，如系绅衿黎庶顽抗，不待州县详报，即分别轻重处分，应参究的参究，应革职的革职，以使钱粮清楚。他为清积欠，严惩包揽绅衿，还预备在仙居县清丈土地。一是清查各府州县命盗讼狱案件。再一项是清查保甲，编审棚民。此外，他对整理营伍，兴修水利，买粮备荒等事亦行参与。雍正对王国栋的举措很是满意，在他的奏折上批示： “尔到浙与李卫协衷任事，能推诚布公，宣明朕旨，风俗人心颇觉转移，朕闻知嘉悦之至”。“所奏办理数事，均属公当明白”。他到任半年多，雍正就将他升为湖南巡抚，把他同鄂尔泰、田文镜相提并论，说“朕又庆得一好抚臣矣”。王国栋调任后，由浙江粮道许容接任，雍正六年(1728)其升至甘肃巡抚，遗缺由粮道蔡仕舢补进，雍正七年(1729)蔡仕舢署巡抚。雍正八年(1730),雍正以浙江风俗已渐改移，又有总督李卫善于训导，因而不再派遣观风整俗使。从雍正的历次上谕和王国栋在浙江的实际做法可知，这个官职，是针对某省的特殊情况设置的，其使命主要是惩治不法绅衿，改变当地风俗，强化对绅衿和人民的统治。观风整俗使所办理的事务，有的与巡抚职责相冲突，因此雍正要王国栋与李卫和衷共济，又命他将征收钱粮等具体业务交李卫办理，避免双方矛盾的发展，并在观风整俗使任务完成之后，即行撤销。
曾静案发后，湖南被官方认为“风俗不端，人情刁恶”,雍正即向这里派遣观风整俗使。雍正七年(1729),雍正以广东“盗案繁多，民俗犷悍”,设置观风整俗使加以整训。广东矿徒问题严重，雍正对此很是担忧，这是他向广东派出观风整俗使的主要原因。福建地处沿海，民穷事繁，雍正也派了观风整俗使。湘、粤，闽等省的观风整俗使，在职权上都不如王国栋。雍正八年(1730)六月，粤藩王士俊折奏观风整俗使焦祈年行为虚浮，与地方官发生了冲突。雍正为支持观风整俗使，并不责备焦祈年，却说： “其责任不过为稽查耳目之寄，非有专阃重权，纵使仪制少逾，庸何伤乎?”说明这个职务已不能管理多少政事了。
与观风整俗使性质相近似的，是雍正向陕甘派出的宣谕化导使。雍正统治后期，陕甘人民因西北用兵负担加重，不满情绪大增，雍正派尚书史贻直、侍郎杭奕禄、署理内务府总管郑禅宝率领翰林院庶吉士，进士分赴六部学习人员、国子监肄业的贡生，到陕甘宣抚，希望民人“笃尊君亲上之义，消亢戾怨怼之情”。
雍正统治间，或用人唯贤，或因事权授，往往不拘定制。督抚的设置亦时有变化。直隶原设巡抚，为李维钧改作总督，后成为定制，原无布、按二司，亦行增设。河南巡抚田文镜为雍正宠信，特为他授予河南总督，又置河南、山东总督，辖这两个省。闽浙总督先为一人，雍正用李卫为浙江总督，兼理江南五府二州的盗案，于是福建也单独为一总督。两广总督辖下的广西割归云贵总督，广东仍保留总督。巡抚，历来各省只有一个，雍正在有的省派人协理。当王国栋任山东巡抚时，雍正又用吏部左侍郎刘於义协办山东巡抚事务。伊都立为晋抚，布政使高成龄协办巡抚事。马尔泰署陕抚，宣谕化导使史贻直亦为协理巡抚，待史任署抚，雍正又用内阁学士德龄协办巡抚事，后又命甘肃布政使鄂昌协办。直隶总督宜兆雄任上，礼部侍郎刘师恕被任命为协办总督，后来何世堪接替宜兆雄，刘师恕协办如故。齐苏勒任河道总督多年，雍正又命署理广东巡抚尹继善为总河协办。大学士也增添协办。
雍正二年(1724),雍正命田从典为协理大学士；雍正六年(1728),命尹泰、陈元龙为额外大学士；雍正十年(1732),用福敏为协理大学士。到乾隆时，协办大学士就成了定制。
雍正对这些官制的变动，有的成为定制，反映了客观事物发展的需要；有的因特殊情况所必需，事毕即行裁撤；有的是他观察客观事物不准确，故亦不能长久；有的是他为酬劳宠臣，特为立制，他说的很明确，人去事变，不为保持。