当前我国创新型国家建设的体制和制度问题主要有国家科教体制分离的制度安排、高校科研在国家创新体系的战略地位尚未确立，以及大学产学研一体化政策还不完善等。
（一）国家科教体制分离的制度安排，严重制约国家创新体系建设
长期以来，我国的科教体制是以科研院所为主体的科研机构和兼具科研与人才培养功能的高等学校并行发展。这种政策安排，适应了当时社会经济建设的需要，短时期内迅速积聚了大批科研人才与科研成果，为我国科教事业的发展奠定了坚实的基础。改革开放近四十年来，我国逐步对科研和教育体制进行改革，越来越重视科研与教育的结合，但尚未从根本上改变科研和教育相对分离的体制，即科研、教育发展的“二元化”轨道。从实践层面来说，我国科教分离政策严重阻碍了国家创新体系的建设，具体表现为以下两点。
第一，这种科教分离政策造成了科研与教育资源的巨大浪费，直接导致高校科研资源的严重不足，严重制约了创新型人才的培养。从美国的历史经验看，高校是承担基础研究的主要部门，构成了其人才培养尤其是研究生教育的坚实基础。我国大部分的科研经费都投入到科研院所，高校研发经费投入严重不足。2006年，经合组织成员国的高校获得的研发经费占其研发经费的比例达到我国高校的2～5倍。[12]2013年，我国政府投入研发经费2500.6亿元，高校研发经费投入仅为856.7亿元，占全国研发经费的7.2%。[13]科研资源投入的不足，导致高校在知识与技术创新中无法充分地支撑创新型人才的培养，使得科技创新缺乏后劲和可持续发展的能力。
第二，科研院所科研资源丰富，但没有全面地参与到人才培养中去。与高校相比，科研院所获得更多的研究资源支持，但是其科研资源却无法有效地转化为教育资源。科研院所招生规模较小，无法充分地利用科研资源，进行大批量创新型人才的培养，这就造成了有些科研资源的闲置和浪费。2010年全国研究生招生计划中，科研院所计划招收硕士研究生6341人，博士研究生1768人，仅占全国计划招生总规模的1.2%和2.5%。[14]另外，科研院所培养的研究生往往专业性很强，但欠缺宽厚的通识教育基础，缺乏科学创新所必需的人文社会科学素养和文化艺术修养，缺乏高校的学科基础、文化氛围，原始创新能力受到限制。这样的研究生就很难成为拔尖创新人才和科技领军人物。
可见，科研、教育发展的“二元化”轨道，造成了双方在人、财、物等方面的重复投入，导致科研与教育资源的浪费，这在某种程度上成为我国创新型人才培养的瓶颈。
（二）教育创新体系在国家创新体系的缺失
我国目前已建立了包括五个子系统在内的国家创新体系（见图4-1），包括知识创新体系、技术创新体系、国防科技创新体系、区域创新体系和科技中介服务创新体系。但是，大学通过创新文化培育、创新人才培养、高水平的基础研究和应用研究以及科技成果转化，能够直接促进知识创新和技术创新，同时也间接促进了国防、区域及中介服务体系的创新。目前我国却未将教育创新体系纳入国家创新体系中。我国的国家创新系统出现了结构性缺失，使国家创新缺乏持久的动力源和竞争优势。
图4-1 现行的国家创新系统模型图及其结构性缺失
在现行的国家创新体系下，高校科研在国家创新体系中缺乏应有的地位。在我国科学研究事业中，高校的独特优势和战略地位还没有受到应有的重视。高校在知识创新中的主体地位还没有得到应有的重视，至今尚未进入国家知识创新工程。我国的研发投入相对不足，基础性研究的研发投入比例偏低。对于处于中间试验和工程化试验阶段的科研项目，特别是一次性投入大，具有公益事业性质的基础研究项目，科研资金短缺常常是制约科研创新的重要因素。
（三）高校科研体制不合理，制约创新型人才的培养和基础研究工作的开展
我国高校科研体制的不合理性主要表现为以下几个方面。
1.科研评价体制僵化，无法对人才培养和基础研究的开展起到良好的导向和激励作用
我国高校科研评价体制目前存在制度不健全、体系不完善、方法不规范等诸多问题：第一，评价分类单一，许多高校未区分研究类型而采用同一套量化标准；第二，评价过于强调表观的量化指标，重表观形式轻研究的质量和内在价值；第三，专家制度评议制和信誉制度不完善，影响评价工作的客观性与公正性；第四，对于“非共识”项目缺乏科学合理的评价机制，不利于一些创新项目的发展；第五，评价过于频繁，给科研人员造成沉重负担；第六，重视科研成果轻视教学成果，使教师将更多的精力花在研究工作而非教学工作上。
这些现象和问题的存在严重制约了高校科研能力和社会服务水平的进一步提升，严重滞缓了科研管理创新特别是科研组织方式的改进，严重污染了学术风气，使得学术界催生急躁情绪和急功近利的短视行为，削弱了基础研究的战略性地位。课题组对“科研创新能力及评价”调查的问卷显示，来自50所高校的2238份问卷中，“改进评价机制”以54.2%的被选择率高居“进一步推进哲学社会科学创新最需着力的地方”各选项之首。科研评价已经成为高校学术界乃至社会关注的热点和难点。
2.高校科研投入偏低，组织管理方式落后，制约了高校科研作用的发挥
近些年来，我国研发经费投入迅速增加。2013年，我国研发总投入为11846.6亿元，为世界第二研发大国，但是对高校科研投入偏低。2013年，对高校的科研投入为8567140万元，占全国科研总投入的7.2%。[15]高校科研经费投入的不足，严重制约了高校科研设施的改善、研究队伍的优化和原创性成果的产出，直接影响了高校的创新能力和学术竞争力。加之目前高校科研经费基本上都是任务导向的竞争性经费，缺乏长期稳定的自主科学研究事业费，这是高校研究方向趋同、原始创新不足的重要原因之一。
3.高校科研管理体制不够科学，影响了科研质量的提高
第一，目前我国高校科研项目由科技部、教育部、自然科学基金委、中科院等部门多头管理，造成了相关责任主体不清、科研资源分散使用和项目重复设置的情况，不利于高校和科研院所的科学技术原始创新能力的提高，更成为建设科学研究与高等教育有机结合的国家知识创新体系的主要障碍。第二，高校科研经费缺乏科学合理的统筹规划。我国高校科研经费的来源渠道及经费管理主要有三类：第一类，教育、科技主管部门及行业主管部门设立的科技计划或项目下拨的纵向科研经费，以及国家各级政府出资的基金、项目的科研经费等；第二类，学校与社会其他部门及企业进行科研合作、提供咨询或科研成果转让等获得的横向科研经费；第三类，国内外社会机构或个人捐赠的科研经费、从国际合作项目中获得的经费以及高校自筹的科研经费。高校科研经费来源渠道广、数量大、专业面宽，涉及部门多，缺乏科学合理的统筹管理规划，加大了管理的复杂程度。经费来源部门管理规定的差异，使得财务管理部门对日常开支的监管难度增大。第三，科研经费的拨款方式有待改进，使用规定不够合理。高校教学、科研工作相互交叉、重叠，而现行财政拨款模式为“生均定额拨款+专项补助”，至今没有专门的科研预算。其中生均定额拨款以学生人数为计算基础，根据学生培养成本进行核定；专项补助主要包括“211工程”“985工程”等专项，此类经费为专款专用。各级财政通过教育主管部门预算下拨给高校的经费中基本上没有独立的科研经费，高校大多数教师的工资、津贴等人工成本均未计入科研成本；研究工作与教学活动没有合理的分摊机制，也没有明确划分教学成本和科研成本，致使科研工作发生的各类费用不能准确核算，客观上造成了科研经费管理与使用上的某些不良现象。第四，竞争性和非竞争性科研经费结构失衡，制约了高校创新作用的发挥。受科研评价制度的影响，我国高校的基础研究投入严重不足，制约了高校在基础研究与创新型人才培养方面潜力的发挥。高校从事基础研究的人员占全国基础研究人员的60%以上，但其研究经费却只占全国基础研究经费的50%左右。[16]竞争性和非竞争性科研经费结构失衡，竞争性科研经费投入比重偏大，难以形成较长时期（中期）的科研规划和布局，没有充分发挥高校基础研究的自由探索优势。而且，非竞争性科研经费的项目管理和财务管理办法还未建立，无法促使学校的科研方向及项目设置围绕整体学科、专业发展的需要，持续不断地进行高水平研究、培养创新型人才。许多基础研究成果本身并不能产生直接的经济效益，以短平快、急功近利等非科学的标准评价相关研究人员，制约了重大原创性成果的产生。
4.科研队伍整体水平偏低，高校教师组成结构不合理
目前我国高校科技队伍建设的问题体现在五个方面：第一，国际化程度低。高校科研人员参与国际交流学习与合作的机会普遍较少，全国重点高校科研队伍不能按照国际化人才需求的标准来培养、管理科研人员，还不能充分运用国际化人才资源。第二，高层次科研领军人物和拔尖人才匮乏。虽然我国高校科研队伍在总量上居世界前列，但具有创新精神与国际视野的学科领军人才不多，高校更是缺少勇于创新和能解决重大问题的研究团队。第三，高校跨学科研究能力较弱。现实中一切重大课题非通过跨学科的研究不能完成，然而我国高校科研人员欠缺对跨学科研究的严格训练，缺乏跨学科的意识、视野、情怀和对必要学术规范的了解。这与长期以来我国实行分科教学的模式有关。在这种模式下，科研人员对非本专业领域的知识和技能的了解和运用能力都很难满足跨学科研究的需要。第四，科研团队建设落后。我国高校科研团队建设主要存在如下问题：首先，科研团队凝聚力缺失。当前我国高校科研团队大多是围绕项目组成的临时项目组，“个人主义”倾向比较明显，团队整体科研能力、创新能力、凝聚力差。其次，学缘结构单一，本土化。当前我国人才多归属于某一部门或者单位，形成了终身制关系，形成了以“近亲繁殖”为特点的学院体制，呈现出了学术气氛比较沉闷、研究方法刻板、知识老化、思想僵化等特点。
（四）高校产学研政策不完善，高校科研成果难以转化
我国产学研尚存在相关政策及法律不完善、产学研衔接尚不通畅、利益分配机制不完善、缺少风险补偿机制等问题，导致大学与企业之间的产权之争时有发生，大学成果转化率低，合作研发资金非常短缺，产学研合作不长久等。高校目前产学研结合存在的主要问题：一是以项目为载体建立合作关系多，围绕多个企业共同的技术创新需求建立的持续性合作关系少。多数合作是以企业向大学、研究机构一对一地委托项目，大学、研究机构组建临时性项目组的形式进行。二是合作的组织形式松散。意向性的合作协议多，权责利界定模糊，合作关系缺乏法律约束力，合同文本可执行性差，缺乏保障持续性合作关系的组织。
目前高校科研成果转化率低下，产学研用合作效果不明显的根本原因还在于学校的科研激励机制和产学研用结合方式上存在着某些引导上的缺陷，没有达到预期的激励方向和作用，导致科研能力不高，科研成果本身的适用性、先进性、完整性、可行性、可靠性不够。
由于体制制度制约较大、产学研（尤其是企业）自身能力的限制、市场机制的不健全，我国产学研尚未形成稳定完善的合作机制，主要表现在以下几个方面。
第一，大学科研评价体系及科研人员的观念与企业的技术创新需求不符。由于体制原因，长期以来大学科研成果的价值大多单纯以获得国家经费多少、发表论文数量和所获奖励级别等来确定。这种评价体系仅体现科技成果的技术价值，而忽略了市场价值，结果导致科研单纯追求学术价值而与市场需求脱节，也使得高校巨大的创新潜力没有发挥出来。大学科研人员的研究课题选择往往倾向于以知识创新为重点，以科技成果水平的先进为目标，以学术性、科学性为衡量标准，其内容多为学科性、专业性成果；没有从目前企业急需开发的项目中寻找课题，忽视其最终研究成果产品化和工业化的可行性，忽视成果转化成产品的市场定位、市场需求等问题。这就使得高校很多科技成果鉴定之后就束之高阁，直接导致许多成果难以转化为现实的生产力。
第二，企业自主研发能力薄弱，对科技成果转化的“二次创新”不够。高新技术产业的发展，关键在于企业的“二次创新”。然而，目前在我国，企业还没有真正成为科技创新的主体，其自主创新能力薄弱。很多企业仅依赖于引进先进技术，对自主研发能力的开发重视不够。自主研发投入少、研发队伍薄弱是当前我国企业在自主创新方面普遍存在的问题。这就使得大学在科技成果转化中还必须参与“二次创新”，无形中大大增加了产学研合作的难度与大学科研人员的负担。要想使产学研合作真正取得良好效益，完全依靠高校的研发创新能力是不行的，企业也必须重视自主研发中心的建设，加大对研发创新的投入力度，增强企业研发队伍，加强和高校研发力量的交流、互动与合作。
第三，产学研合作中的融资渠道不畅。资金是促进科技成果转化的动脉系统。尽管各地政府都组建了创业投资公司、科技投资公司，并对产学研给予专项资金支持，但是政府创业资本的示范效应并没有发挥很大影响。融资渠道不畅，资金缺乏，依旧是我国大学参与产学研合作过程中遇到的一个突出问题。受特定社会地位的制约，我国高校面临着科研资金不足、缺乏中试基地的现实困境，而我国企业刚刚意识到与大学及研究院所合作创新的重要价值，现在还没有形成流畅稳定的资助支持关系。另外，由于高新技术成果转化风险较大，而我国尚没有建立完善的科技创新风险投资机制，这也影响到科技成果转化的效率。特别是对中小企业来说，大部分企业自身积累并不富裕，能够用于研究开发的经费很少，用于产学研合作的资金相对来说就更少。所以，拓宽产学研项目的资金来源是产学研合作发展过程中一个亟待解决的问题。
第四，大学产学研合作相关法律法规不完善。现行有关产学研合作的规定大多依附于其他方面的法规。截至目前，我国还没有一部专门针对产学研合作的法规。关于产学研合作中发生的利益与权益纠纷并没有具体的处理参照框架，这势必会影响产学研合作的顺利进行。
第五，中介服务结构服务不到位。近几年，我国的科技中介服务机构从无到有，从少到多，有了一定的发展，但我国的科技中介机构大多设置层次低、功能单一、机构不健全，很多中介机构服务体系不到位，甚至有些组织打着科技中介的幌子，钻国家政策的空子，谋取利益，或以推销技术成果为目的，给大学和企业造成损失。此外，全社会对中介服务的重要性认识不足，大多数中介组织制度不健全、设施不完善、服务内容和方式陈旧，从业人员素质有待提高。目前，我国大部分大学尚没有专门设置科技输出中介机构来加强产学研合作关系。中介服务信息传递不够及时和准确，导致大学的很多科技成果找不到需求而无法实现转化。另外，企业需要的技术成果找不到合适的提供者。