1．政府主导模式的困境

在大部分地区，政府主导的大规模的拆迁往往因为补偿不足，暴力拆迁、群体性事件，乃至恶性事件发生频率大大提高；而在少部分经济发达地区，村民要价过高，很难谈拢条件，导致城中村改造项目难以推进。以深圳操作的福田区岗厦村为例，改造前的岗厦村约有数百栋各种产权形式的自建楼房，2007年岗厦河园片区启动了改造工程，但由于赔偿标准谈判一直僵持不下，改造方案到2009年底才尘埃落定。结果是政府不得不大幅度提高补偿标准，特别是住房按照一比一补偿，补偿后岗厦原住民中家庭资产过亿元的达到十户，全村每户资产都超过千万元。即使如此，还是有村民不满意，相当长一段时间里仍有5%的村民没有签约。

2．集体自行改造模式的困境

在第二种集体自行改造模式中，往往是村委会自行筹资开发，完成拆迁安置、回迁建设和商品房建设全部工作。改造完成后，村集体将剩余住房上市销售，形成滚动开发。但这种模式存在开发者在建设过程中无法获取贷款、住宅开发质量不高、基础设施难以到位、开发住宅为“小产权房”无法上市等诸多问题。因此，这种模式只有极少数集体经济实力雄厚的村庄才能推行。

3．开发商主导改造模式的困境

目前一些地方开始探索开发商与村集体合作改造的模式。比如深圳2009年发布的《深圳市城市更新办法》，鼓励开发商与村集体合作改造，并制定了一套方法和措施。但开发商介入或主导的改造可能带来一些问题：首先，开发商以利润最大化为根本驱动，很可能以不利于社会和谐的运作方式进行改造。其次，开发商的资本结构基本以少量自有资金加大额银行贷款构成，可能导致开发商因信贷政策调整陷入困难，不能按期完成甚至中途退出改造。最后，由于一个城市的城中村数量众多、大小不一，小村不但占地少，还有可能被道路切分成零碎地块，对开发商缺乏吸引力。

这三种模式都存在着一些共同问题，城中村改造后虽然基础设施和城市面貌大大改善，但基本上变成了中高档商品房小区和商业开发区，丧失了对流动人口的容纳功能。当前一个非常值得深思的问题是，城中村拆了，那些原来靠房租收入维系的失地农民怎么办？那些居住在城中村的大量流动人口又往何处去？城中村的村落的终结和农民的终结不是完全同一的过程，不是非农化、工业化和户籍改革就能解决的，村落的终结更加艰难，更加漫长，一蹴而就的结果往往会造成社会的断裂；而农民的文化身份的转变更为艰难。