在《民办教育促进法》的制定过程中，有关民办学校分类管理的问题一直分歧很大。支持者认为分类管理有利于非营利性学校的发展，也符合国际趋势。反对者则认为将民办学校分为营利性和非营利性学校违反了1995年颁布的《教育法》第二十五条“不得以营利为目的举办学校及其他教育机构”的规定。为了缓解教育公益性与资本寻利性的矛盾和冲突，立法最终在保证民办教育公益性的前提下，允许办学者取得“合理回报”。同时，为了照顾分类管理的意见，附则中规定“在工商部门登记注册的经营性民办培训机构的管理办法由国务院另行规定”。这是在参与立法各主体意见分歧，加上立法过程中权力的相互制约，人大面临换届即政策之窗即将关闭的情况下，在最高领导人的协调下，妥协折中的结果。[17]然而，立法的折中不仅未能解决现实中的民办学校分类问题，而且因合理回报的性质问题而备受质疑和诟病，因此，在《教育规划纲要》明确提出“探索营利性和非营利性民办学校分类管理”的改革方向以后，2016年的《民办教育促进法》修正案正式删除了有关“合理回报”的内容，并将民办学校区分为营利性和非营利性两类分别管理。

（一）过渡期分类登记如何推进

根据要求，2016年11月7日之后设立的民办学校应到相关部门分类登记。《民办教育促进法》修改前设立的民办学校选择登记为非营利性民办学校的，依照修改后的学校章程继续办学，履行新的登记手续。选择登记为营利性民办学校的，应当进行财务清算，依法明确财产权属，缴纳相关税费，办理新的办学许可证，重新登记后继续办学。相应具体办法由各省、自治区、直辖市人民政府制定。而鉴于分类管理问题的复杂性，在具体实施方式上采取的是“一省一规，一校一策”的指导思想。[18]

分类管理首先面临的就是如何在过渡期内稳妥推进现有民办学校的分类登记。《国务院关于鼓励社会力量兴办教育促进民办教育健康发展的若干意见》指出：“举办者自主选择举办非营利性民办学校或者营利性民办学校，依法依规办理登记。对现有民办学校按照举办者自愿的原则，通过政策引导，实现分类管理。”对于办学者而言，选择非营利性，可以获得更多的财政扶持和更优惠的税收政策，但是可能会失去获得合理回报的机会，失去很多融资机会，而且国家的财务监管将大大加强，再通过关联交易等方式获得合理回报的法律成本将大大增加；选择营利性，所享受的优惠政策则要少些，但是可以进行更灵活的资金运作，获得更多的融资机会。这是一种艰难的抉择，在短时间内做出选择确实有困难。[19]因此，在《民办教育促进法》修正案（草案）二审稿中，民办学校选择“营利”或“非营利”存在三年过渡期，即“对在三年内作出调整的，经出资人申请，可以从学校财务清算后的结余或者剩余财产中对出资人给予一次性合理补偿”，具体规定由地方制定。但修正案最终删除了上述规定，并对不同选择分别做出规定。这是因为各地民办教育发展差异太大，立法者担心设定统一的过渡期，会对民办学校造成政策性恐慌，所以最终决定将过渡期的设置权交予地方政府。

目前，各省份已公布的有关新修改的《民办教育促进法》的实施细则或征求意见稿给出了2—10年的过渡期，在过渡期，根据各地方规定，倾向于存量学校进行过渡期处理，新建学校实行分类管理。

而存量民办学校分类登记时，各地还将面临一系列难题。比如：非营利性民办学校的章程修改与规范问题，登记为事业单位的条件及政策待遇问题，现有民办学校登记为营利性的改制程序、土地等资产过户转移中的税费缴纳办法和有望降低转制成本的政策优惠问题，一贯制民办学校的分立转制问题，分类登记后的再选择问题，等等。[20]总的来说，新法的实施情况落后于预期，对于新法何时能够真正落地，各地仍然没有一个清晰的时间表。这一方面是因为不知道分类管理制度具体怎么操作，担心会在民办教育领域产生大的波动；另一方面也是为了形成政策洼地，所以各省份都在相互观望[21]，这使得此次制度调整对未来民办教育发展影响的不确定性大大增加了。

（二）营利性民办学校的财产清算问题

推进分类管理还面临着民办学校的财产清算问题。[22]这是当前地方政府和民办学校举办者最为关注的问题之一。按照相关规定，选择非营利性的民办学校在终止办学时才进行清算，选择营利性的民办学校应当进行财务清算，依法明确土地、校舍和办学积累等财产的权属并缴纳相关税费，办理新的办学许可证，重新登记后继续办学。这就会产生以下问题：第一，财产清算涉及民办学校产权不明晰这一先天性问题。从某种意义上讲，分类管理表面上是非营利性与营利性之选，实际上是要解决长期以来民办学校产权悬置的问题，落实民办学校法人财产权，明晰产权和产权结构，使民办学校在非营利性与营利性两个不同的轨道上健康运行。然而，对于前期滚动发展型的民办学校而言，办学者的初始出资额通常不高，很多是在国家相对宽松的民办教育政策环境下逐步发展起来的，其清算工作将十分艰巨。而且办学的同时如何进行财务清算？财产权属处置法律缺失情况下，如何明确财产权属？第二，民办学校资产额度变化问题。比如，对于需要补缴土地出让金的学校，其补缴的相关税费将会是一笔巨额支出，学校很可能无法承受。这不仅会影响民办学校转化为营利性的热情，而且这类直接影响存量学校资产利益的政策实施起来难度可能较大。目前各省份正式出台的实施细则中基本未提及营利性学校补缴土地出让金的问题，仅湖北省提及营利性学校原来以划拨方式供地需要变更出让方式的，要对土地价值进行评估，补缴土地出让价款。[23]可见，地方立法者对这一问题是予以审慎思考的。

总的来说，民办学校分类管理如果没有具体的实施细则和相关法律法规的配套支撑，只会给实践运作带来障碍。事实上，民办教育出资人对缺乏具体制度支撑的分类管理，一直怀有十分警惕的心理，甚至认为分类管理将会造成民办教育的新一轮寒冬。[24]虽然现有民办学校举办者大多存在投资动机，但是从修正案来看，民办教育今后发展的总体格局将是抑制营利性民办学校，政策资源倾向非营利性民办学校。因此，民办学校在被迫选择为非营利性后，国家法律规范与举办者的办学动机之间仍将长期处于紧张状态。[25]