进入21世纪，随着国内外环境的深刻变革，我国民办教育的社会影响力和贡献率越来越大。以民办高等教育发展为例，从1982年成立改革开放以来第一所民办大学——中华社会大学起算，我国民办高等教育机构已经由1982年的30余所发展到2005年的1329所，24年间增长了43.3倍，年均增加50余所。[7]但是，在数量逐渐增长的同时，民办高校倒闭现象也不断增多。根据中国民办教育协会的不完全统计，2008年全国民办非学历高等教育机构有866所，比2003年减少了238所。由于生源紧张，民办高校2009年招生人数普遍下降了一半左右。[8]民办高校倒闭的背后，折射出民办高等教育领域存在的办学质量不高、办学行为不规范、管理制度不完善、师资队伍不稳定等诸多问题。
针对民办教育的成就和风险，这一阶段出台的主要法规政策有：《国务院办公厅关于加强民办高校规范管理 引导民办高等教育健康发展的通知》（以下简称《引导民办高等教育健康发展的通知》）（2006年）、《民办高等学校办学管理若干规定》、《国家中长期教育改革和发展规划纲要（2010—2020年）》、《关于鼓励和引导民间资金进入教育领域 促进民办教育健康发展的实施意见》（以下简称《促进民办教育健康发展的实施意见》）等。同时，来自国家多个部门出台的部门规章，如《教育类民办非企业单位登记办法》《民间非营利组织会计制度》《民办教育收费管理暂行办法》等成为规范和影响民办高校发展的重要法律法规政策。此外，地方政府也在规范民办高校发展、防范民办教育风险方面做出了重要探索。
（一）强化教育教学管理
鉴于2006年前后民办高校在招生、管理、教学等方面出现的一系列混乱现象乃至部分学校因学籍、学历、收费等问题相继发生的学生群体性事件。国家进一步强化了对民办高校的规范管理。从《引导民办高等教育健康发展的通知》的“规范管理”和《民办高等学校办学管理若干规定》的“办学管理”等称谓中可见一斑。具体体现在：一是强化教育教学管理。《引导民办高等教育健康发展的通知》要求要“严格按照国家规定标准充实和完善办学条件。健全教学管理机构”“加强教师队伍建设”。《民办高等学校办学管理若干规定》强调“民办高校的办学条件必须符合国家规定的设置标准和普通高等学校基本办学条件指标的要求”。民办高校“不得以任何形式将承担的教育教学任务转交给其他组织和个人”。同时规定“建立教师、学生校内申诉渠道，依法妥善处理教师、学生提出的申诉”。二是强化党团组织建设。《民办高等学校办学管理若干规定》在《引导民办高等教育健康发展的通知》提出建立健全党团组织的基础上，进一步明确要“按照不低于1∶200的师生比配备辅导员，每个班级配备1名班主任”。此外，在招生、收费等问题上都作了重点规定。《国家中长期教育改革和发展规划纲要（2010—2020年）》则从进一步完善政府治理责任的角度，对强化民办高校规范管理作了规定。主要包括加强民办高等教育的统筹、规划和管理，积极探索营利性与非营利性民办学校分类管理，规范民办高校的法人登记制度，完善督导专员制度，依法明确民办高等教育机构变更、退出机制，加强教育部门或第三方评估机构对民办高等教育的办学评估等。
（二）规范法人治理
在规范法人治理方面，《引导民办高等教育健康发展的通知》规定要严格民办高校内部管理体制。明确董（理）事会、校长的职权分工。依法建立政府对民办高校的督导制度，省级政府教育主管部门向民办高校委派督导专员。在此基础上，《民办高等学校办学管理若干规定》给予了细化和深化。比如，在加强民办高校监督管理方面，除了要建立对民办高校的督导制度外，明确省级教育行政部门应当建立健全民办高校办学过程监控机制，及时向社会发布民办高校的有关信息。省级教育行政部门按照国家规定对民办高校实行年度检查制度等。《国家中长期教育改革和发展规划纲要（2010—2020年）》则提出了一系列完善法人治理结构的措施。如明确理事会或董事会作为决策机构，民办学校的举办者和出资人通过这一决策机构参与对学校的治理；明确了校长的职权范围，健全党组织和教职工代表大会制度，完善监事制度。《促进民办教育健康发展的实施意见》则进一步细化了相关规定。比如，强调规范民办学校董事会（理事会）成员构成，限定学校举办者代表的比例，完善董事会议事规则和运行程序，健全校长和领导班子的遴选和培养机制等。
（三）加强财务管理
第一，加强法人财产权管理。《引导民办高等教育健康发展的通知》明确民办高校要落实法人财产权，出资人按时、足额履行出资义务，投入学校的资产要经注册会计师验资并过户到学校名下。《民办高等学校办学管理若干规定》的相关规定更为细致，第六条除规定民办高校的举办者应当按时、足额履行出资义务外，特别强调“民办高校的借款、向学生收取的学费、接受的捐赠财产和国家的资助，不属于举办者的出资。民办高校对举办者投入学校的资产、国有资产、受赠的财产、办学积累依法享有法人财产权，并分别登记建账”。同时规定了过户的时限，即“民办高校的资产必须于批准设立之日起1年内过户到学校名下。资产未过户到学校名下前，举办者对学校债务承担连带责任”。《促进民办教育健康发展的实施意见》更加强调分类登记建账和转款账户管理等制度。提出民办学校应将举办者投入的资产、办学积累的资产、政府资助形成的资产分类登记建账，将学费收入、政府资助等公共性资金存入学校银行专款账户，主管部门要对学校公共性资金的银行专款账户进行监管，确保办学经费不被挪作他用。
第二，完善财务管理制度机制。《引导民办高等教育健康发展的通知》和《民办高等学校办学管理若干规定》均提出要依法设置会计机构和会计人员。建立健全内部控制制度，严格执行国家统一的会计制度。严格执行价格部门批准的收费标准和收、退费办法。收取的各项费用应按规定予以公示。《国家中长期教育改革和规划纲要（2010—2020年）》在规定依法建立民办学校财务、会计和资产管理制度之外，第一次在国家战略层面提出建立民办学校办学风险防范机制，明确提出要建立民办学校办学风险防范机制和信息公开制度，加强对民办教育的评估，这对深化民办教育风险防范、促进民办教育依法办学、健康可持续发展起到积极的推动作用。《促进民办教育健康发展的实施意见》则在加强民办学校办学管理信息系统建设，完善办学风险评估、预警机制，制订工作预案，加强监管以及建立民办学校退出机制等方面作出了诸多创新性规定。
此外，除加强对民办高校规范管理外，特别是《国家中长期教育改革和发展规划纲要（2010—2020年）》出台后，也体现了鼓励引导民办高校健康发展的政策倾向。如对拓宽民间资金参与教育事业发展的渠道、清理并纠正对民办学校的各类歧视政策、落实民办学校办学自主权、落实民办学校招生自主权、落实民办学校教师待遇以及完善民办学校税费政策等方面的政策与规定，释放了有利于民办学校发展的积极信号，客观上增强了其防范和抵御风险的能力。
（四）地方政府有关办学风险防范的规定
一是加强资产监管。上海市从2010年开始对全市所有民办学校统一了财务管理和会计核算方法，安装了财务网络监管平台，推行了资金专户监管。对于办学使用经费，民办学校的举办者只能对其中14个项目进行自主支配使用，其他所有项目均要通过监管单位批准后才能使用。《云南省人民政府关于加快民办教育发展的决定》《湖北省人民政府关于进一步促进民办普通高等教育发展的若干意见》分别对建立和完善民办学校财务管理制度、财务审计制度作出了规定。山东、辽宁等省通过严格审批条件加强对民办学校的资产监管。江苏省全面推进民办学校资产过户，将招生指标和民办学校资产过户挂钩，有力地推进了民办高校资产过户。二是规范办学行为。辽宁省先后出台《辽宁省教育厅关于民办高校校长变更（连任）核准有关规定的通知》《辽宁省民办学校退费管理办法》《辽宁省教育厅关于进一步规范民办学校审批与管理的意见》等一系列规章制度，全面规范办学行为。山东、安徽等省对民办学校收费、招生等问题进行了重点规范。三是加强办学质量监管。浙江省出台了《浙江省人民政府关于促进民办教育健康发展的意见》，提出要建立健全民办学校各项教学管理制度。江苏省定期组织或委托社会中介机构，对民办学校的教育教学质量、办学水平进行检查评估，以改进教学质量。辽宁、江西等省积极落实民办学校办学自主权，提升教育教学质量。北京、上海等地积极鼓励民办学校开展国际化办学和特色办学，与公办学校开展错位竞争。四是建立风险防范机制。天津市规定，民办学校要按照办学开办资金的5%和学校每年学费收入的3%的比例提取办学风险保证金。办学风险保证金由市、区、县教育主管部门统一确定专门金融机构进行专项管理，并以各教育机构的名义单独立项。湖北省规定，对列入重点监管的民办普通高校，每年按照学费收入的一定比例提取风险保证金，存入学校银行专款账户，由省级教育行政部门和银行共同监管。2015年《昆明市民办教育促进条例》规定民办学校要建立风险防范和应急处置机制，并购买校方责任险。民办学校应设立风险保证金，用于发生意外事故或者其他突发事件的处理。对未按规定设立风险保证金的，由相关行政部门责令限期改正，逾期不改的，责令停止招生。
这一阶段对民办学校办学风险防控关注重点，由早期强调以规范管理为重点逐渐转为以规范管理和引导发展并重，特别是《国家中长期教育改革和发展规划纲要（2010—2020年）》把民办教育地位提升到“教育事业发展的重要增长点和促进教育改革的重要力量”的地位；明确提出要“建立民办学校办学风险防范机制和信息公开制度”。民办学校办学风险问题首次被正式纳入国家教育战略视野，具有里程碑式的意义。由此开始，民办教育进入一个新的发展阶段，迎来新的发展机遇。一方面，诱发民办教育办学风险的各种因素与挑战日益凸显，对风险管理系统化、科学化、制度化的要求愈加迫切；另一方面，地方政府成为规范和引导各地民办学校办学行为的主力军，并由此推动了一系列的改革创新与制度创新。