对非义务教育阶段的学生征收学费，可以说是高等教育投资体制改革中最突出的一点。收费制度既是解决高等教育经费投入不足的措施之一，也是高等教育经费来源多元化的途径之一。我国从1989年开始对高校计划内新生收取学杂费和住宿费，20世纪90年代中期实行招生与收费并轨，90年代后期，大学学费已经成为学校经费的重要组成部分。1996年12月，国家教委、国家计委、财政部下发《高等学校收费管理暂行办法》，学费标准根据年生均教育培养成本的一定比例确定，但在实际执行过程中，存在着收费管理不规范及乱收费的现象。为规范高校收费行为，坚决治理乱收费，维护高校和学生的正当权益，保障学校、学生正常的教学及学习生活，2006年5月，《教育部国家发展改革委财政部关于进一步规范高校教育收费管理若干问题的通知》出台，高校收费管理工作不断加强[21]，但仍然存在着一些新的教育教学形式的收费政策尚不明确，以及高校为学生提供服务的收费和代收费等收费项目缺乏必要的规范的问题，而且部分高校仍存在擅立收费项目和提高收费标准等违规收费行为。同时，与收费改革措施配套的学生的资助制度也不够健全，主要表现在资助的覆盖面不大，资助金额过小，并不能从根本上解决来自困难家庭的学生的学习和生活费用，造成很多优秀的贫困生无法享受到接受高等教育的权利。政府高度重视家庭经济困难学生的资助工作。为了保障家庭经济困难学生顺利入学、完成学业，2007年5月，《国务院关于建立健全普通本科高校高等职业学校和中等职业学校家庭经济困难学生资助政策体系的意见》出台。文件首次对我国学生资助制度做出了全面、系统的规划设计。经过十多年的发展，我国学生资助工作取得了重大进展，促进教育公平实现了质的飞跃。[22]但在资助政策的执行过程中，有的地方存在着附加额外受助条件、降低资助标准、改变资助用途、伤害受助学生心理等缩水、变形的制度规定，存在着资助监管责任不到位的问题，在资助程序上还存在着认定标准和资助档次不明确，以及“轮流坐庄”、平均资助等现象，学生资助制度在精准资助、资助育人和依法资助等方面有待进一步健全。