在中国文化由传统向近代的转型过程中，思想界一直充满各种激烈的争论。在推动中国新文化过程中，蔡元培虽然没有直接卷入有关文化问题的论战，但他对中国文化建设实际上有着许多独到的见解，并发挥了独到的作用，不愧为中国新文化运动的殿军。

作为中国近代教育救国论和科学救国论的倡导者，蔡元培大多数时候都倾向于通过思想文化的革新来推动中国社会的变革。1913年“二次革命”失败之后，蔡元培与吴稚晖、汪精卫等探讨今后的救国道路，就一致认为中国问题非政治所能解决，还是要从教育青年、转移风气入手，因此他在9月5日袁世凯的北洋军攻占南京后的第四天便携家眷前往法国游学，致力于介绍和传播西方学术文化。1916年6月袁世凯“洪宪”帝制失败后，蔡元培对国内政治问题也多从思想文化角度予以审视，认为振兴中国的根本出路在于“由日新又新之思想，普及于人人，而非恃一手一足之烈”①。他于10月2日携眷离法回国，目的就是要投身国内的文化教育活动，认为在国外经营文教事业“不及在国内之切实”②.

1917年回国出任北大校长之后，蔡元培不但自己宣传新文化，提倡白话文，提倡科学和民主，而且还以其声望和社会地位，排除反对势力的攻击，大力延聘陈独秀、胡适、李大钊、钱玄同、高一涵、刘半农、鲁迅、沈尹默等新派学人为北大教员，并支持陈独秀将《新青年》杂志迁到北大，使新文化运动的力量汇聚到北大，将从原来由陈独秀等少数人提倡的文化运动变成有大批青年学生拥护的全国性的思想解放运动。对于蔡元培在推动新文化运动中所起的这一关键作用，梁漱溟做过一个很中肯的评价，他说：“所有陈胡以及各位先生任何一人的工作，蔡先生皆未必能作，然他们诸位若没有蔡先生，却不得聚拢在北大，更不得机会发抒。聚拢起来，而且使其各得发抒，这毕竟是蔡先生独有的伟大。从而近二三十年中国新机运亦就不能不说蔡先生实开之了。”①

同时，为确保新文化运动的健康发展，蔡元培对当时一些新文化人士表现出来的浮躁、急功近利、空谈、言行不一等不利于文化建设的倾向提出尖锐的批评，警告“一般自号觉醒的人，还能不注意么?”②强调“文化是要实现的，不是空口提倡的。文化是要各方面平均发展的，不是畸形的。文化是活的，是要时时进行的，不是死的，可以一时停滞的。所以要大家在各方面实地进行，而且时时刻刻的努力，这才可以当得文化运动的一句话”③。

他还不赞同新文化人士在科学问题上表现出来的科学万能主义，坚持认为科学是有局限的，并不能解决人生的所有问题，关于存在、意识、绝对等“形上”的一部分问题是科学无能为力的，大力提倡以“以美育代宗教”,将“美”作为一种“形上”的追求对象，强调“知识与感情不好偏枯，就是科学与美术，不可偏废”④,指出：“大凡生物之行动，无不由于意志。意志不能离知识与情感而单独进行。凡道德之关系功利者，伴乎知识，恃科学之作用；而道德之超越功利者，伴乎感情，恃有美术之作用。”⑤“世之重道德者，无不有赖乎美术及科学，如车之有两轮，鸟之有两翼也。”⑥“以美育代宗教”的主张，充分体现了蔡元培在文化问题上对人类道德和情感的终极关怀。

在中西文化问题上，蔡元培的主张也与新文化运动的其他几位领袖如胡适和陈独秀不完全一致。他反对在文化问题上人为地划分中西、新旧的珍域，或用西学打倒中学，或用中学抵制西学，指出：“主张保存国粹的，说西洋科学破产；主张输入欧化的，说中国旧文明没有价值。这是两极端的主张。”①他相信人类既有共同的经验，就会有普遍的原理，中西文化仅仅是进步迟速的差异，宣称：“其实照懂得欧洲也懂得中国的人看来，中国和欧洲，只表面上有不同的地方，而文明的根本是差不多的。倘再加留意，并可以察出两方文明进步的程序，也是互相仿佛的。至于这方面的进步较速，那方较迟，是因为环境不同等等的缘故。”②因此在引进和学习西方文化过程中，蔡元培十分重视中国的固有文化，坚决反对生吞活剥，盲目照搬，反对历史虚无主义，指出：“一民族之文化，能常有所贡献于世界者，必具有两条件：第一，以固有之文化为基础；第二，能吸收他民族文化以为滋养料。”③他提出当代学者的一个重要使命便是“当为东西文化作媒介”,“以西方文化输入东方”,“以东方文化传布西方”,增进中西文化的沟通，断言：“综观历史，凡不同的文化互相接触，必能产出一种新文化”。④

20世纪30年代，在五四新文化运动狂飙退潮之后，蔡元培却以南京国民政府的“朝中人”身份继续做中国新文化运动的守护人，公开反对蒋介石南京国民党政权提倡尊孔读经，批评在中小学提倡读经的做法“无益而有损”。⑤对以陈果夫、陈立夫兄弟为首的国民党CC系发起的中国本位文化建设运动，蔡元培也持抵制态度，不予配合，坚持中国文化的真正出路在于吸收和消化古今中外一切优秀文化成果，指出：“现在最要紧的工作，就是择怎样是善，怎样是人类公认为善，没有中国与非中国的分别的。怎样是中国人认为善，而非中国人或认为不善的；怎样是非中国人认为善，而中国人却以为不善的。把这些对象分别列举出来，乃比较研究何者应取，何者应舍。把应取的成分，系统的编制起来，然后可以作一文化建设的方案，然后可以指出中国的特征尚剩几许。若并无此等方案，而凭空辩论，势必如张之洞‘中体西用’的标语，梁漱溟‘东西文化’的悬谈，赞成、反对，都是一些空话了”。①同时，蔡元培还发表一系列文章，纪念和肯定五四新文化在促进中国文化事业发展方面所起的巨大作用，宣传五四新文化运动的方向是“很对的”,“没有错”,“我们以后还是照这方向努力运动，也一定不是错误，我们可以自信了”。②