关于蔡元培在五四新文化运动中的政治立场，学术界一般都将他看作一位民主革命家，或进而将他看成是南方国民党人的代表，其理由是，蔡元培是老同盟会会员，他出任北大校长系孙中山授意。②然而，笔者以为，将五四新文化运动时期的蔡元培看作民主革命家，固无大错，但不准确，不足以揭示蔡元培与其他民主革命家之间的区别；而将蔡元培看成是南方国民党人的代表，并以此来肯定以孙中山为首的民主革命派在新文化运动中所起的积极作用，则与蔡元培当时的政治立场不相符合。事实上，蔡元培在五四新文化运动时期的言行纯然是从一位超党派的自由主义知识分子的立场出发的，其立场在政治上与南方的国民党保持很大的距离。
首先，蔡元培出任北大校长并非人们所说，系孙中山授意，而是蔡元培本人的夙愿。固然，蔡元培是一位老同盟会会员，但同时必须指出的是，与孙中山、黄兴等人不同，蔡元培并不是一个职业革命家和职业政治家，在他身上，学者的气质远胜于革命家和政治家的气质，在实现国家由传统向现代的转变过程中，他大多数时候更倾向于以思想文化的革命来推动中国社会的变革，尤其是通过教育来实现他的救国目标。因此，尽管他在1905年就加入了同盟会，但他的活动主要还是限于教育界和文化界。从教育救国的思想出发，蔡元培早在1913年“二次革命”期间即有意出任北大校长，只是由于袁世凯的反对，未能如愿①,于是他便前往法国推动国内的留法教育，在海外从事新文化运动，坚信“国事决非青年手足之力所能助，正不若力学之足以转移风气也。……唯一之救国方法，只当致意青年有志力者，从事于最高深之学问，历二、三十年，沈〔沉〕浸于一学专门名家之学者，出其一言一动，皆足以起社会之尊信，而后学风始以丕变。即使不幸而国家遭瓜分之祸，苟此一种族，尚有学界之闻人，异族虐待之条件，必因有执持公理之名人为之删减”①。1916年袁世凯暴毙后，蔡元培坚持认为，振兴中国的根本出路在于“由日新又新之思想，普及于人，而非恃一手一足之烈”②。因此，在接到邀请他出任北大校长的电报后，蔡元培便毅然决然地接受邀请，于10月2日离法回国，明确表示之所以要回国任北大校长，这是因为在国外经营教育“不及在国内之切实”③。回到国内后，蔡元培出任北大校长的决定虽然获得了孙中山的支持，但这一决定并非出于孙中山的授意，而主要是由蔡元培本人做出的。
其次，五四新文化运动期间，蔡元培在许多重大的政治问题上也并没有与孙中山为首的南方国民党人保持一致，而多以一位学者的身份发言，表现出明显的自由派知识分子的倾向。在他归国的第一年，国内政治首先遇到关于对德政策问题的争论。当时，以孙中山为首的南方国民党人担心段祺瑞政府借口参战，乘机发展个人势力，打击异己，坚决反对中国加入协约国一方，对德绝交、宣战。然而，在这个问题上，蔡元培并不为党派之见所囿，与孙中山持不同主张。1917年3月3日，他与国民党的反对派梁启超、张君劢等人和其他一些社会文化精英一道，发起成立国民外交后援会，声援北京政府加入协约国一方，对德绝交、宣战。蔡元培在演讲中认为，英、美、法与德国之间的战争是“强权与扶助”“非道德与道德”之战，中国应站在正义的协约国一方，对德宣战，不能因党派之见而意气用事，指出：“以国内党派意见纷歧，恐乘此机以图破坏，则尤属非是。大凡一国之内，无论内部如何不稳，一至国外发生问题，内反可一致以对外。”④呼吁南方的国民党在对外政策上与段祺瑞政府采取一致立场。
在以孙中山为首的广州护法军政府与北京北洋政府的对峙中，蔡元培虽然在反对军阀统治、争取民主共和的政治观点上与孙中山并无分歧，但他并不赞成孙中山为护法而诉诸武力，主张南北双方通过和平谈判，实现国家的统一。1918年10月23日，他与熊希龄、张謇、王宠惠等社会名流，发起成立和平期成会，以超党派姿态，通电全国，呼吁结束南北分裂局面，减轻人民战乱之苦，痛陈“慨自国内构衅，忽已年余，强为珍域之分，酿成南北之局，驯至百政不修，土匪遍地，三军暴露，万姓流离，长此相持，何以立国”①。稍后，蔡元培在致孙中山的个人信函中也婉转地表达了同样的意思。他在11月18日介绍老同盟会会员伊仲材拜见孙中山的信中说：“欧战既毕，国内和平之声浪洋溢南北，大势所趋，决非少数人所能障挽。”他建议孙中山放弃政治斗争，不要再拘于国会、约法之争，应致力于实业和教育建设，提出“倘于实业、教育两方面确著成效，必足以博社会之信用，而立民治之基础，较之于议院占若干席、于国务院占若干员者，其成效当远胜也”②。
1922年4月底5月初，直系军阀吴佩孚、曹锟打败奉系军阀张作霖，成为北洋军阀的首要人物后，蔡元培又站在自由派知识分子的立场上，希望在吴佩孚的统治下，实现南北统一，建立一个好人政府。是年5月间，他与王宠惠、罗文干、汤化龙、陶行知、李大钊等16人，联名发表由胡适起草的《我们的政治主张》,认为“中国所以败坏到这步田地，虽然有种种原因，但好人自命清高是一个重要原因”③。
与此同时，蔡元培反对孙中山的北伐主张，支持吴佩孚提出的恢复旧国会，请黎元洪复职的倡议。5月22日，他与梁启超、熊希龄、汪大燮、孙宝琦、王宠惠、林长民、梁善济、张耀曾等人联名发表解决时局意见的通电，称吴佩孚“伟略硕望，举国所仰，倘荷合力促成，民国前途，实利赖之”④。6月3日，在出席北京教育界举行的“六三”纪念会上，蔡元培又领衔与200余名代表致电孙中山和广东非常国会，一面赞扬孙中山领导的南方护法运动“使全国同胞永有一正式民意机关之印象”,“公等护法之功，永久不朽”。但同时认为非法总统徐世昌已去职，旧国会即将恢复，护法目的已达，“南北一致，无再用武力解决之必要”,要求孙中山“停止北伐，实行与非法总统同时下野之宣言”。①6月8日，又与王家驹、李建勋、毛邦伟等10人代表教育界发表通电，欢迎黎元洪复职，称“中央政府负责无人，考量事实，非公莫属。务恳俯顺舆情，维持大局，事关国脉，万乞即日莅京，免任艰钜，毋任企祷之至”②。甚至在胡适建议他不要发电催促黎元洪莅京情况下，蔡元培仍坚持己见，表示“西南方反对旧国会，揭一黎以与孙对待而开议和，似亦未为不可”③。
由于蔡元培的这些言行严重地违背了他的党派立场，他在当时就受到南方国民党人的严厉批评。上海《民国日报》于6月6、7、10日连续发表《主张“好人奋斗”者底失言》《问蔡老先生》《被坏人利用的好人》,要求蔡元培认清形势，不要被军阀所利用，指出吴佩孚拥黎元洪无非“借他作个傀儡，来行他什么‘巩固北洋正统’底大计划，预备作袁世凯
第二罢了”④。6月6日，章太炎、张继也同时致电指责蔡元培的行为有违党派的立场。章电称：“此次北伐，乃南方争自存，原动不在一人，举事不限护法。公本南人，而愿北军永据南省，是否欲作南方之李完用耶?或者自食其禄，有箭在弦上之势，则非愚者所敢知也。”⑤张电则云：“阅公劝中山总统停止北伐一电，不胜骇然。北军宰割江流，行同强寇。仆北人也，尚不愿乡人有此行动。公以南人，乃欲为北军游说，是何肺肠?前者知公热心教育，含垢忍辱，身事伪廷，同人或尚相谅。今乃为人傀儡，阻挠义兵，轶出教育范围以外，损失名誉，殊不值也。”①
面对南方国民党人的批评，蔡元培依然坚持自己的立场。6月10日，他复电再次公开表示南方举兵护法，理由“均已消灭”,南北双方完全可以根据他们发表的《我们的政治主张的建议》,召开代表民意的南北和会，实行联省自治，“初无武力解决之必要”。他认为南人与北人同为中华民国国民，非韩国与日本的关系，因此他的主张并没有背叛国家，不能用李完用为喻；请孙中山下野，不过是本敬仰中山先生及非常国会议员之诚意，为爱人以德之劝告，并非为人“傀儡”;至于他本人出任北大校长，蔡元培表示北大是国立的，非私人所有，尽力于国家，得相当之报酬，乃天经地义，无垢无辱。②1923年年初，当他辞去北大校长，孙中山派人与他联络，希望他南下协助革命工作时，蔡元培也没有像在辛亥革命和二次革命期间那样积极响应，而是按计划偕子女赴欧洲游学，表示“现在军务腔您，麾下所需要者，自是治军筹款之材，培于此两者，实无能为役。俟由欧返国，再图效力，当不为迟”③。
综上所述，五四新文化运动期间的蔡元培显然并不像有些学者所说的那样，是孙中山领导的南方国民党人在北方的代表。事实上，自新文化运动开始以后，随着蔡元培将教育文化视为最重要的工作，他的政治态度也发生了明显的变化。在追求国家独立和民主政治中，他不再主张任何激烈的阶级斗争和社会革命，而只赞成和平渐进方式的改良。对于国内的政治问题，他也不再以党派的身份介入，而多以一位学者的身份发言，表现出明显的自由派知识分子的倾向。申而论之，蔡元培后来参加蒋介石的反共清党活动和民权保障同盟运动，其实也是其自由主义立场之故。可以说，蔡元培是国民党内一位真诚的自由主义知识分子。