进入20世纪90年代，中国近代史学科虽然继续保留革命叙事模式，但在学术研究领域，受改革开放进一步扩大和西方学术思潮的影响，国内的晚清史研究开始明显突破中国近代史学科的革命叙事体系。

首先，就近代史学界来说，受20世纪80年代以来中国改革开放及西方现代化理论的影响，现代化范式重新受到重视，90年代以后国内出版了多本研究中国现代化史的著作，如章开源、罗福惠主编的《比较中的审视：中国早期现代化研究》,胡福明主编的《中国现代化的历史进程》,许纪霖、陈达凯主编的《中国现代化史》,虞和平主编的《中国现代化历程》第一卷等。笔者也曾撰文指出，中国近代史研究应以近代化为主题，以工业化、民主化、国家独立化和人的近代化为四条基本发展线索。①与此同时，主张革命范式的学者，也部分修正自己的观点和主张，如胡绳、刘大年等学者认同近代化和民族独立也是中国近代历史的主题，认为这些历史主题与他们构建的革命叙事模式及他们所使用的阶级分析观点和方法并不矛盾，对晚清历史上有利于近代化和民族独立的历史和人物，不再单一用革命的标准，一概否定。②

其次，受西方新社会史、新文化史、后现代主义史学和中国中心观等影响，国内学界还明显加强了对晚清社会史、经济史、文化史和地方史的研究，开拓了许多新的研究领域，诸如妇女史研究、贱民和戏子研究、日常社会生活史研究、家族史研究、宗族社会研究、秘密社会研究、宗教与民间信仰研究、灾荒史研究、医疗卫生史研究、城市史研究、报刊史研究、出版史研究、广告史研究，等等。即使在晚清政治史研究领域，革命史也不再是学界的主要研究对象，进入90年代之后，研究革命对立面论著的数量远远超出研究革命史论著的数量，学界明显加强了对晚清制度史、晚清边政史、晚清中外关系史、晚清改革史、晚清满汉关系史、晚清军事史、晚清人物与政局和“后事件史”等的研究。总之，近代史学界对晚清史的研究不再局限于“八大事件”,而是进行全方位研究，晚清史的研究趋于多元化。

再次，伴随国家清史编纂工程的启动和推进，从事近代史研究的学者积极参与其中，加强对清史的学习与研究。如为配合国家清史编纂工程，作为国内近代史研究重镇的中国社会科学院近代史研究所，于2003年将晚清史研究列入中国社会科学院“重点学科建设工程”,具体由政治史研究室负责落实，实现由近代史研究向晚清史研究的转向。为推动晚清史研究，政治史研究室除每年举行小型学术会议外，还于2006、2007、2009、2010、2012、2014、2016年先后组织举办七届“晚清史研究国际学术研讨会”。会议主题依次为“晚清国家与社会”“晚清改革与社会变迁”“湘淮人物与晚清社会""清代满汉关系研究""政治精英与近代中国”“清末新政、边疆新政及清末民族关系研究”"晚清制度、思想与人物研究”,并在国际学术研讨会的基础上，出版系列会议论文集《晚清史论丛》。可以说，近代史所政治史室的研究转型，只是近年国内近代史学界的一个缩影。事实上，近年近代史学界积极参与清史学界有关“新清史”问题的讨论，也从侧面反映了两个学科之间的交汇。

最后，在清史学界，进入20世纪90年代之后，也开始改变以往不谈晚清史的消极态度，主动将晚清史纳入清史研究领域，强调晚清史是清史研究的一个有机组成部分，不可割裂，“要研究清代的全史”。如由王戎笙先生主持的10卷本《清代全史》的最后四卷讲的就是晚清历史，内容涉及晚清政治、经济、思想和文化。著名清史研究专家李文海先生则在1999年撰文，批评清史学界将鸦片战争之后的晚清史排除在清史研究之外的做法，“极大地阻碍了清史学科的建设”,大力疾呼清史研究“应该全面地、完整地对从清朝开国到王朝覆亡的历史做出系统的认识和说明”,指出“研究近代社会，如果不了解清前期历史，就会对很多间题弄不清来龙去脉。研究清史，如果不把后期清史包括在内，就犹如鲁迅所说的‘断尾巴蜻蜓’,说不清事物的发展变化。所以，使清史从清前期历史的狭隘领域内走出来，成为真正意义上的贯通前后的清代通史，应该是一件刻不容缓的任务”。①

2002年国家清史编纂工程启动之后，由著名清史专家戴逸教授领衔的国家清史编委会，从一开始就打破清史学界与中国近代史学界存在多年的学科壁垒，吸纳大量研究近代史的专家和学者参与其中，将晚清史列为清史编纂工程的一个重要组成部分。同时，国内学界出版的无论是中国通史著作还是断代史的清史著作，都将1840年鸦片战争之后的晚清历史纳入其中。中国通史著作如蔡美彪主编的《中国通史》第11～12册，白寿彝主编的《中国通史》第11卷；断代史清史著作如李文海主编的《清史编年》第8～12卷，戴逸、李文海主编的《清通鉴》第14～20卷，朱诚如主编的《清朝通史》第11～14分卷，郑天挺主编的《清史》下编等，无不如此。

总之，进入20世纪90年代之后，中国近代史与清史两个学科之间的隔阂虽然依然存在，但开始逐渐消解，并呈现出互相融合的趋势。当然，在晚清史研究中要彻底消除清史和中国近代史两个学科数十年间形成的隔阂，并非一日之功，仍然任重道远。