1913年6月，袁世凯先发制人，悍然下令将国民党人、江西都督李烈钧、广东都督胡汉民、安徽都督柏文蔚免职。同时集结重兵，直逼江西，南方各省国民党人仓促应战。7月12日，李烈钧根据孙中山的指令，在江西湖口组织“讨袁军”，宣布独立，“二次革命”（又称赣宁之役）爆发。15日，黄兴在南京迫使程德全宣布江苏独立，誓师讨袁。接着，安徽、上海、广东、福建、湖南、重庆等省市也先后加入讨袁行列。南方各省讨袁军同北洋军在江西和南京进行了战斗，一度给北洋军以打击。但由于力量相差悬殊，加上内部涣散，不能统一行动，又缺乏有力后援，起兵不足两个月，就被北洋军各个击破。

二次革命失败后，袁世凯势力扩充到长江流域，孙中山、黄兴、胡汉民、李烈钧、柏文蔚等大批国民党人被迫逃亡国外，孙中山再次被诬为“乱党孙文”。