1913年3月20日晚10时40分许,宋教仁在上海车站接待室出口检查处,遭暴徒枪击。宋教仁随即被来送行的于右任借汽车送入沪宁铁路医院急救,医生对宋施行手术取出枪弹,伤势十分严重。22日晨3时左右,宋教仁不治,年仅32岁。23日下午,宋教仁人殓出殡,送殓者数千人,莫不深切哀悼。
22日,陈其美、黄兴致函租界总巡捕房,悬赏万元捉拿刺宋凶犯。同时,闸北巡警局、上海知县公署、沪宁铁路局和上海地方检察厅分别张贴公告,悬重赏捉拿凶犯。
23日深夜,布置行凶者应夔丞被抓获。次日天明,在应宅搜捕杀人凶犯武士英。后经数次搜查,搜得刺杀用手枪一把,并获得刺宋公文凭证多件。由此宋案背景尽行暴露。幕后主使者袁世凯,直接指挥者国务院总理赵秉钧,上下联络者国务院秘书洪述祖。4月26日,刺杀宋教仁案的重要罪证在《民立报》上披露。