1806年（嘉庆十一年）2月，清军与蔡牵率领的海上义师在鹿耳门发生激烈战斗。

1805年11月，蔡牵率海上义师进攻台湾，攻入凤山，占领鹿耳门，并用沉舟将鹿耳门填塞，阻隔清军增援，进而围攻台湾府城。

1806年初，提督李长庚率浙水师3000人渡海，至鹿耳门。因海口为沉船堵塞，不得入，旋进汕大港。总兵许松年也乘船进攻，于1月26日，火烧蔡牵船30余艘，夺占洲仔尾。蔡牵将大船驶进口门迎击清军。李长庚出北汕，许松年出南汕，合击蔡牵，蔡损船24艘，退至鹿耳门。2月，李等遂分船包围鹿耳门，蔡以鹿耳门沉舟塞路不能出。过了两天，海潮骤涨，沉舟泛起，蔡便率全部经鹿耳门退出台湾。