1141年（绍兴十一年）12月，赵构、秦桧以“莫须有”的罪名，杀害了岳飞。

赵构收回韩世史、张浚、岳飞等兵权后，张浚转而依附秦桧主和。韩、岳成为秦桧的大敌。金朝又秘说秦桧：“必杀岳飞，才可议和。”金朝明确提出杀岳飞为议和条件。赵构、秦桧密谋实现这个条件求和。7月间，秦桧党羽、右谏议大夫万俟俟罗织岳飞罪名，上奏弹劾岳飞。岳飞被罢官出朝。9月，秦桧一伙又伙同张浚收买岳飞部将王贵部下的副统制王俊，指使王俊诬告张宪与岳云谋反，把张宪、岳云逮捕下狱。10月，岳飞也被秦桧诱骗人狱。秦桧命御史中丞何铸、大理卿周三思审讯，岳飞裂衣示背所刺“精忠报国”四字，以明心迹。何铸知其冤，力辩岳飞无辜。秦桧改命万俟俟审讯岳飞，诬陷岳飞。岳飞见无理可喻，长叹道：“我方知已落秦桧奸贼之手，使我为国忠心，一旦都休。”

秦桧之流又百般拷打，诬陷岳飞，岳飞始终不服，最后只在供状上写下“天日昭昭！天日昭昭”八个大字。

朝中正直大臣都为岳飞力辩。被罢免了的枢密使韩世忠质问秦桧，但秦桧回答说：“飞子云与张宪书虽不明，其事体莫须有（或许有）。”韩世忠愤慨地说：…莫须有，三字何以服天下！”12月，赵构与秦桧终于以“莫须有”的罪名，毒杀了岳飞。岳云、张宪被斩首。岳飞军中一些官员被罢免。

岳飞惨遭杀害之后，“天下闻者无不垂涕，下至三尺之童，皆怨秦桧。”事后又有很多人提议为之昭雪。1162年，赵脊（孝宗）下令追复岳飞原官。1178年，谥武穆。1204年，赵扩（宁宗）又追封为鄂王。