313年（建兴元年），司马邺即位于长安，是为孝憨皇帝，改元建兴。

311年，晋怀帝被俘后，晋室无主，一些大臣将领纷纷组建行台。行台本是为军事需要而在京师以外设立的代表中央政权的临时机构。此时西晋各地行台有四：司徒傅祗在河阳（今河南洛阳东北）、大将军苟唏在仓垣（今开封东北）、大司马王浚在幽州（今北京附近）、司空苟藩在密县（今河南密县）所设的行台。

311年夏，刘粲、刘曜进攻长安，南阳王司马模兵败被杀，长安失陷。冯翊太守索琳与安定太守贾疋等，集中各路兵马5万人，进军长安。经过大小上百次的交战，刘曜放弃长安，掳掠长安青壮男女8万人返回平阳。索琳、贾疋等收复长安，拥立晋武帝之孙秦王司马邺为太子。

313年值农历春节，刘聪宴请群臣，令司马炽身着青衣为众人斟酒。晋旧臣庾珉、王桥见怀帝受此大辱，不禁号啕大哭。刘聪不悦，后将庾珉等多人斩杀，并毒死怀帝。

怀帝被杀的消息传人长安，14岁的司马邺正式即位，称愍帝，大赦，改元建兴。时长安虽为国都，初经浩劫，满目疮痍，残破不堪。城中百姓不足百户，蒿草丛生，荆棘成林。公私车乘不过百辆，朝廷百官既无朝服，也无绶印。

司马邺以索琳为尚书仆射，领太尉，掌握军国大政。后又下诏，以南阳王司马保为右丞相，都督陕西诸军事，琅琊王司马睿为左丞相、大都督，督陕东诸军事，并让幽并二州的地方官和左右丞相，率兵攻平阳、洛阳，入卫长安。但此时，皇帝诏令，如同废纸，各王拥兵自保，坚守自己的地盘，身在长安的司马邺，难以令行天下。