出于对武将军权的忌惮，洪武年间对文职官员颇多重用，但朱元璋也从来没有对文臣为政放过心。虽然没有了武力的威胁，但文臣中的贪污腐败之事仍旧时有发生。在处置贪官污吏时，朱元璋一直以来都奉行重用刑典的原则。他不想看到有任何贪吏威胁朱姓王朝的统治。不论涉案人员的身份如何，也不论人数的多寡，凡是有贪污嫌疑的官员，朱元璋均命人对其彻底追查。整个洪武年间，发生的牵涉朝廷官员最多的一桩案件，便是著名的“空印案”。
所谓“空印”，便是先在一张白纸上盖上官府的大印，然后再根据需要去书写文件内容和银钱数目。明朝有规定，州府县各级布政使司衙门每年都要派遣管理钱粮的官吏前来户部呈报本地的财政收支账目。在这项账目中，需要对本地钱粮、军需等各项用度一一核算准确后，再禀报本地布政使司审批，然后再呈报户部核查。唯有数字完全正确，户部才会准予报销。如果在钱粮上出现些微核对有误的情况，呈报上来的报销账目就会被驳回重新填造。这本来是办事认真负责的表现，但在人工核对账目的过程中，总免不了会出现一些误差，于是就会造成地方官员千里迢迢奔波到京城却办不成事的结果。如果回到本地重新对账目进行核算，来回既耽误了时间，又增加了经济成本。如何应对户部官员的挑剔核查，地方官员便想出了盖空印的对策。
在每次进京呈报账目时，地方官员都会事先准备好一些早已经盖好官印的空白文书。如此一来，若遇到户部审校出现了差池，他们就可以回到住所根据具体情况重新填写账目。这一办法早已经成为了诸多地方官吏之间公开的秘密，甚至还成为了户部和地方官之间互相理解的一种常见现象。客观上说，此举确实免除了许多不必要的程序，却也造成了欺上瞒下的结果。户部官员之所以默许这样一种违规现象存在，是因为此种方法虽然能够解决问题，但其可行性上并不大，多数官员其实早已经对账目进行过详细核对，他们带空印文书也只不过是为了以防万一。按照常理，既然此方法已经是户部默认的，当不会造成太明显的弊端。
但最终，这一秘密还是被朱元璋发觉了。朱元璋随即下令，凡是携带空印文书的衙门，主印者处死，其他从犯先杖刑一百，充军戍边。在实际执行的过程中，因为一直遵从严刑法、重用典的法则，不论是掌印者还是受到牵连的官员，多数都被处以死刑。当时，正值胡惟庸的案件闹得沸沸扬扬之时，人人都害怕自己会成为下一个被株连的对象，所以朝堂之上谁也不敢出面为空印案所涉及的人员说情，更没有人敢指出户部对财政的审核方法中存在的明显弊端。在所有人都惶惶但求自保的时候，有一位名叫郑士利的官员却站了出来。
郑士利乃是郑士元的弟弟。正在河南为官的郑士元，因为空印之事而被牵连入狱。郑士利认为当朝皇帝对整件事情的真相并没有完全了解而妄加处罚，这样做是不公平的，并且他还坚持认为不应该把空印之事当成重罪去刑罚。言外之意，是责备朱元璋定刑不准、量刑不公。在上谏之前，郑士利也曾担心朱元璋会认为自己是假公济私，借着为空印案翻案的机会，实际上是想要救自己的兄长。如果朱元璋真有此想法，他不但上谏不成，相反还会因此而获罪。但在经过一番激烈的思想斗争后，郑士利最终还是决定上书陈述整个案件的利弊，以明圣听。
郑士利所呈之书，洋洋洒洒写了数千言。他在有条有据地说明了空印之事的来龙去脉后，又在文中写道，陛下之所以要严查空印之事，本是害怕有奸吏用早已经盖好官印的文书去欺瞒老百姓。但是朝廷之中往返的正式文书上盖的都是骑缝印，只有两份账簿相合之后才能形成一个完整的官印。如果对方没有另半边的官印文书，那么即便是得到了空印账簿，也根本无法用于他处。况且，各地省府与京城之间距离甚远，如果仅仅只是为了账目上的一个小数目而来回奔波大费周折，这恐怕也是劳民伤财的举措。因此，以最经济便宜的方式来看，提前盖好空印而再去核对账目，也不过是一个权宜之计罢了。而且，如果从立法角度来看，从来都是先有明确的法律条款，然后才能认定罪责的轻重。但我大明王朝并没有任何一款规定空印之事的律令，各级官府利用空印之法来节省开支，他们其实也不知道这是有罪的。而现在陛下却要对所有涉及人员问罪，天下之人岂能没有怨言？他们并不是认同陛下的做法，而是因为怕连累己身不敢有所言语呀！况且，贤士难得，人才难觅，如今杀人如同割草，这是用不足之罪去败坏可用之才，臣私下真为陛下感到惋惜。
郑士利这一则奏章写得情真意切且说理透彻，但他的直言进谏并没有得到朱元璋的欣赏。相反，当看到这份满纸都是在对自己进行指责的奏章后，朱元璋怒火中烧，他不仅没有采纳郑士利的建议，更是把他与其兄郑士元一起贬到江浦去做终身劳役了。
不论是郑氏兄弟还是与空印案有关联的其他官吏，在朱元璋看来，他们都是影响到江山统治的障碍，是必须要清除的。朱元璋所施用的严刑峻法，并不会因为对方身份的高低贵贱而有所差别，哪怕是贵为当朝驸马，只要犯了法，也一样是要受到处罚的。朱元璋的至亲，驸马爷欧阳伦，因走私茶叶而破坏了茶马之法，最后被朱元璋断然处死。
茶叶本是中原地区产出的重要经济作物，在西番等长期以牛羊肉为食的地区，茶叶的需求量颇大本地却又不能生产。朱元璋为了达到控制西番的目的，曾制定法律要求有关茶叶的贸易必须由官府管控，在与西番交易的时候必须用当地盛产的良驹进行交换。这样一来，原本只是一种普通消耗品的茶叶，却上升成为战略物资。面对巨大的需求量，便也促使茶叶成为了获取暴利的走私品。当朝驸马欧阳伦正是看到了茶叶贸易中的巨大利益，并且仗着自己皇亲国戚的身份，开始了明目张胆的茶叶走私。
尽管早有明文规定禁止走私茶叶，欧阳伦非但没有把这一律令放在眼中，他更是直接征用地方官府的车辆运输茶叶，在遇到关卡查验的时候还非法闯关。如果当地官员对所运货物有所怀疑，欧阳伦就会命人直接对官员进行打骂。对驸马爷目无法纪的行为，早有人把情况报给了朱元璋。朱元璋得知此事后十分震怒，他当时便说道：“针对茶马交易，朕只推行了一条法则，难道欧阳伦就要带头破坏吗？”朱元璋直接命人将欧阳伦拿到了大狱之内。
欧阳伦的妻子是安庆公主，安庆公主是朱元璋与马皇后生的女儿。此时，他要杀欧阳伦，即便自己的女儿也不能来求情。如此大义灭亲之举，令人不禁啧啧赞叹。
朱元璋当时重典治国的手段，实际上也给当朝官员带来不小的压力。据传，当时有官员在早晨上朝时与家人告别，曾说今日上朝晚上却不见得能够全身而归。若当日能够安身回府，则又要担心明日是否还有命活着。朱元璋的强权手段，已经使百官人人自危了。使所有人都对皇权有所忌惮，这大概也是朱元璋的最初用心。