人生戒傲，这一点是非常重要的。如果居功自傲，总想显示自己的霸气，迟早会泄气的。吴三桂拥兵自重，傲视群雄，傲气十足。这一点有碍于他的成功，因为他被人提防了。

明亡后，吴三桂坐镇云南，一意欲保持他的特殊地位。他知道，欲保其特殊的地位，必须掌握军队和握有兵权。但是，战事已结束，朝廷要裁撤军队，要收回兵权，是势在必行之事。他作为大清王朝的一个臣属，即便像他已是一个崇高的平西王，也是没有任何理由予以拒绝的，要么背叛朝廷，自行其事。显然，他还没有这个打算。他记得他的恩师洪承畴离开云南时，授予的锦囊妙计：不可使边疆一日无事。这就是说，要保持云贵边疆不安宁，不断用兵，可使朝廷长久地倚重他，除三桂他人莫属！活动在云贵地区的农民军已被肃清，惟一可以用兵的对象，就是苗、瑶、僮（壮）等少数民族地区。这些少数民族的酋长、头人固然叛服无常，但在清朝统治日益稳固的形势下，他们也得朝向新主，称臣纳贡。对他们的战争已无事可战，那就制造事端，向他们发起攻击！

还在康熙元年八月，吴三桂曾向朝廷报告，云南形势稳定，特别赞扬“云南土司，倾心向化，大则抒诚献土，小则效职急公，勤劳既著，劝励宜先。查（滇志）可据，忠悃有凭者，文职五十六员，武职十六员，请部给与号纸。”

朝廷得到这个报告，很感欣慰，以为南疆从此无事，天下无忧，可以长享太平之福。可是没过多久，情况又为之一变，云南土司纷纷叛变，吴三桂屡屡向朝廷发出警报，请兵、请战之奏，不断从遥远的云南驰送京师。在这种情况下，朝廷别无选择，惟依赖吴三桂主持全权，对叛变的土司展开征剿。

康熙三年（1664年）初，贵州水西（黔西）土司头领安坤举行反清起义。他本来在顾治十五年已经降清，向朝廷称臣。康熙元年，有一个叫常金印的，自称是“开平王”的后人，从广西来到水西，与安坤密谋反清。还有刘永宁、倪生龙、丁调鼎、李化龙等人来到阿堵牛场，宣布：“海上已立新君，国号平顺，晋王李定国尚在，谕令起兵。”安坤信以为真，聚众数万人，任命其叔父安如鼎为总统，联络贵州土司罗大顺等人，约定共取云南。

安坤的师傅张默之岳父皮熊，派蜀人陈进才等，向各路给散札付。事出不密，陈进才被吴三桂的总兵沈应时擒获，紧急向吴三桂报告。这一事件，给吴三桂造成了用兵的机会，他毫不迟疑地亲督云贵兵分两路进剿。他自率云南兵马至毕节（贵州毕节），取道米罗、归宗，直入果勇。令总兵沈应时、刘之复、都统吴国贵、副都统高得捷，参领李良栋等将驻兵大方（贵州大方），遏其要冲之路，令贵州提督李本深统贵州四镇兵由大方的六归河（黔西西南）会剿，屯粮三岔河，以期首尾夹攻。

吴三桂在向贵州提督李本深下达进军的命令中，误把六归写成“陆（大写的”六“字）广”（贵州息烽西），因此李本深即把部队驻扎于陆广，从贵州和四川调来的粮饷也存储在陆广镇西，造成两路军声援隔绝。吴三桂军驻于龙场（贵州织金东），眼看粮饷将尽、外援不至，出战不利，永顺总兵刘安邦力战而死，士气受挫，土司安坤部众则声势大振。吴三桂处于危险之中。

这时，安坤叔父安如鼎派人侦察贵州兵虚实，被活捉，李本深才知道云南兵被困，急引兵增援。大破土司兵，两路兵才得以会合。先在阿作峒击败土司兵，再败敌于初得峒。三桂向朝廷报捷：“自二月至五月，斩获无算”，“苗人胆落”。至六月，再败安坤于红岩峒。安坤携妻子逃奔弄箐，由乌撒至乌蒙，这里的土司不敢收留。他无处安身，被迫向吴三桂请降。吴三桂断然拒绝，分兵继续追击。

十一月，吴三桂部将总兵官林世耀等自乌蒙进兵。安坤率众抵御，在波罗箐大战，又被击败，清兵追至法地垄，将安坤擒获；接着，又把安如鼎及皮熊等人擒获，将他们一并处死。吴三桂继续进兵，攻击乌撒，俘获土司安重圣、安重乾，就地斩首。吴三桂报捷：“蛮方大定”。水西少数民族的反清斗争被吴三桂镇压下去了。

吴三桂以优势兵力，一举扫**了贵州水西地区的反清活动，立即向朝廷提出在这里设郡的建议。

吴三桂的上疏，首叙水西地区的历史沿革，次叙苗、瑶等少数民族难于治理，尤其明天启年间“构乱”不已，明以巨大的人力物力财力，前后用兵二十年，仍没有解决问题，究其原因，是“边臣失策”，剿抚不得其法。而他却以一年的时间，彻底平定了水西的广大地区。虽然他强调这一成功“实蒙皇上”“天讨之灵”，但实质是向朝廷表个人之功。奏文的核心内容是，改革水西沿袭已久的土司酋长世袭一统制，置府州县，设“流官”，把行政与财政等管辖权收归朝廷，由朝廷任命官员，具体行使管辖权。

不管吴三桂出于何种动机，他首次提出在水西设流官的建议，具有重要意义。历代统治边疆少数民族地区，向以当地头人、酋长为官，朝廷不过给个名义，实际统治权仍控制在他们手里，而中央对他们的统治大体属“羁糜”，不是直接地、而是间接地进行统治。所以，置府州县、设流官，是对几千年一统天下的土司制度的一个政治突破，比起土司制度，是一大进步，它发展和巩固了中央王朝对边疆地区的直接管辖权，对促进边疆少数民族与内地汉民族的文化与经济交流将起到积极作用。

朝廷认识到，吴三桂的建议有利于巩固它的统治，很快就批准了他的奏疏，并责成他就新设的三府拟定新名。康熙五年（1666年）二月，朝廷正式命名土司安坤故地比喇为平远府、大方为大定府、水西为黔西府；改比喇镇为平远镇，调云南曲寻、武器总兵官刘文进任平远总兵官。

当吴三桂远征水西未返时，康熙四年（1665年）三月，云南省城以东诸土酋乘机联合起兵反清。此次起兵，以王耀祖为首，建年号“大庆”元年，谋取昆明，分遣王义、齐正攻陷易门（今仍名），转攻昆阳（今普宁）、河西（帽峨西）；禄昌贤攻陷宁州，再攻江川（新兴东，星云湖北）、通海（今仍名）、宜良（今仍名），取洼江府（澄江）；禄益夺取了帽峨县城、“开国公”赵印选攻弥勒（今仍名）、龙韬等攻石屏（今仍名），然后进袭广西，还有王朔、李世等攻陷临安府城（今建水）。

王耀祖分遣将士攻城夺地，当地州县官不是被活捉，就是逃之夭夭。顿时，“滇南大震”。

云贵总督卞三元、云南巡抚袁懋功、提督张国柱等急忙调兵，分路反击。吴三桂在水西得到告急的消息后，即遣总兵赵得胜援石屏、王辅臣援弥勒，自己率所部返回昆明。四月七日，在新兴一战，将王耀祖擒获，击破大营城，进援易门，阵斩马麟甲、李明阳，将易门包围，十七日，击破易门城，活捉齐正、王义等人。接着，分遣左都督何进忠、副都统高洪震、总兵赵得胜等进兵至宜良县的竹子山，恢复宁州，禄昌贤在城破前先逃。王辅臣等击破木城九座，在弥勒城下俘获赵印选。形势急转直下，峨、石屏、临安诸城都重新被吴军夺回。其余州县城池，也都“获保全”。这次规模颇大的抗清行动，在吴三桂的指挥下，他们反给镇压下去了。

康熙五年（1666年）初，吴三桂就云南的形势报告说：“云南省诸土酋禄昌贤等作乱，臣同总督卞三元、提督张国柱等，分兵进剿，平贼寨数十处，远近蛮猓，闻风潜伏，滇南大定。”而云南以东“逆首，悉已擒戮。”还剩有王伯、王龙、李六九、李伯牛等人。事败后或藏于深沟密林，或逃奔交趾。吴三桂派遣右都统吴国贵、总兵官马宁等“分路搜剿”，并分别把他们俘获处死。各路清兵都已撤回到自己的驻防地。吴三桂乘大获全胜之机，又派都督吴应期、总兵官马宁等进攻乌撒，阵斩“助逆”的郎岱、土酋陇安藩及水西土目阿豆等人。康熙六年正月，朝廷又接到吴三桂的奏报：吴应期同马宁，在乌撒又擒获女酋陇氏及部众万余人，“蛮方复定”。吴三桂镇压昆明东部和南部以苗、瑶等少数民族为主的反清斗争，是他留镇云南四年后规模最大的一次军事活动，历时半年多而告结束。苗族等少数民族的抗清斗争经此次洗劫，遭到惨重损失，元气大伤，从此，便无法再组织起新的反抗活动，吴三桂也进一步巩固了他在云南的统治。

在平定了云南东部的反清活动后，康熙五年八月，吴三桂又有设流官之议。拟设开化府、永定州二个行政区，开化府应设知府、同知、经历、教授各一员；永定州则设知州、州判、吏目、学正各一员。九月，朝廷又做出决定：改乌撒土府为威宁府，划归贵州省管辖。康熙六年（1667年）二月，在威宁府设威宁镇，任命定广总兵官塔新策任威宁总兵官，所属标下三营，各设游击、守备等将官职。

经过几次征剿和严厉镇压，云贵的局势又归于平静。吴三桂却不能安闲无事，他要继续保持边疆不宁的态势，给人造成一个印象：他在云南的军事力量非但不能减弱，相反，应当大力加强！因此，他在康熙六年三月，又发出了蒙古入侵的警报！

据他陈奏：蒙古干都台吉聚兵丽江、北胜，“请移兵捍御”。五月，他又报：蒙古干都台吉遣人至北胜州，“乞赴滇通商”。至六月，蒙古已经占据丽江中甸地。这就是，蒙古先以兵压境，再求以通商，进而占地不走。九月间，吴三桂巡边，上疏请求亲征。

九月二十八日，吴三桂率部离昆明，缓而行。十一月，行至大理驻扎。他从这里给朝廷上了一道奏疏，称：蒙古已从夺地撤兵。现今隆冬，冰雪已深，料敌人不能再来，我已分布各营官兵固守明户，即暂回师。

其实，并无蒙古入侵之事，不过是与之通商。吴三桂却有意虚张声势，作出亲征的举动；以渲染事态的严重性。此后，这类事仍不断发生。如，康熙七年（1668年）七月，吴三桂又报称：蒙古占据中甸，丽江土知府木懿被捉。实际情况是，吴三桂“私割中甸界诸番屯牧，通商互市”，却假报蒙古人入侵。康熙十年（1671年），吴三桂巡兵北胜州，一位姓赵的将官向他报告：“西番人入寇。”这纯属无中生有，假报敌情。经多次体验，吴三桂的部将已猜度出他的本意，因此镇守边疆的将领为迎合吴三桂，不时地虚报军情，故意夸大事态，吴三桂不但不责怪，还很满意。这就鼓励了诸将继续假报军情，他往往以“江外野贼”入侵等假情报欺瞒地方属吏大员，进而欺瞒朝廷。

自从平定云南、贵州的土司反抗，“内地宁谧”无战事。惟诸土司或蒙古各部落互相械斗构怨，不过是“自相仇杀”，开始并无内侵之意，多属“边将生事挑衅”，逼使他们同边镇发生某些摩擦。如西藏人，或蒙古人的游散骑兵，偶尔进至边外个别地段，也“未尝大举深入也”。

这的确是实情。康熙四年七月，贵州总督杨茂勋就如何治理贵州，曾向朝廷发表自己的政见。他说，贵州“苗蛮”等族，“以仇杀为寻常”，治理之道，不能不与内地有别。凡是聚众劫杀，侵犯地方的，自应发兵剿除。但他们大多生活在山沟之中，互相仇杀，并未侵犯地方，只须照以往旧例，令当地头目，讲明是非曲直，让当事者或愿偿命，或愿赔偿牛羊人口，任取一种处罚。然后向上级申报存案就可以了。因为“苗蛮”重视财物而轻性命，依此断案，已足惩罚。时间一久，他们会从中明白理义，“必悔悟自新，不复争杀”。这才是“兵不劳而坐安边境之道也。”

杨茂勋强调的，只有聚众劫杀、侵犯地方的，才动以兵威，进行镇压；其余多属内部因争财货或私人有仇而互相攻杀的，不必兴兵，只按旧例判以一方处罚，即可消除冲突。为了巩固自己的“云南王”地位，尤其不放弃手握重兵之权，吴三桂依洪承畴之计而行，不断地张扬边事，让清廷放松对他的警惕，并挟封疆自重，自负是国家的“万里长城”。