汉献帝辗转流亡到河东等地时，沮授曾建议袁绍迎献帝，迁都至邺城，挟天子以令诸侯；袁绍听后打算听从沮授的建议，但淳于琼等人认为要复兴汉室太难，而且迎立汉帝会削弱自己的权力，劝袁绍不要用此计策，袁绍于是放弃。而这个计谋被曹操用了一辈子，而且用得相当成功，次年曹操就在荀彧的建议下迎献帝迁都许昌，成功地挟天子以令诸侯。

袁绍命长子袁谭为青州都督，沮授反对，认为是祸胎，但袁绍坚持要令三子各据一州，以观察其能力。袁绍死后，三子因争位而大战，自相残杀，曹操没费多大力气就消灭了他们。

官渡之战前夕，沮授集合宗族，大散其财，并说：“袁公在官渡胜利的话，我们就会有威无不加，但战败的话连自身也不能保住，真是悲哀啊！”沮授的弟弟沮宗不认同，说：“曹操的军士马匹没我们多，兄长你何必惧怕呢？”但沮授看得出曹操的雄才，他说：“以曹兖州的大略，又有挟天子的资本，我们虽然攻灭公孙瓒，但军士疲倦，将军骄横，军队的破败正在这一举。”

官渡之战时，袁绍进军黎阳，遣颜良攻刘延，沮授劝说：“颜良性格狭窄，虽然勇猛但不可独自任用。”反对以颜良独自领军，袁绍不听。曹操救刘延，斩杀颜良。

袁绍将渡河之前，沮授又认为袁军应该留守延津，分兵进攻官渡，如果战胜，再增兵官渡也不迟；否则，兵众也可以安全撤离，但袁绍不听。沮授叹息，称病不见，袁绍因此对他怀恨在心，将沮授所率部队交由郭图统领。

袁绍领军行至阳武，刚刚下定寨栅，沮授出谋划策，他认为袁军虽然人多势众，但不如曹兵英勇；曹军虽然精锐，但粮草储备不如袁军。曹军因为粮少，只求速战；袁军粮食充足，应该坚守不战，跟曹军相持，早晚拖垮曹军，取得战争胜利。袁绍大为光火：“田丰慢我军心，我正想得胜回来拿他是问。怎么你也这样去做？”他命令人将沮授监押起来，等打败曹军后跟田丰一起治罪。从整个三国历史来看，沮授的这一策略与后来司马懿熬死诸葛亮的方法不谋而合。但当时的袁绍正踌躇满志，怎么能听得进去逆耳良言。

沮授被软禁，仍心忧袁氏。他担心粮草基地乌巢有失，连夜求见袁绍，说道：“适才我看天象，太白逆于柳、鬼之间，流光射入斗、牛之分，恐有贼兵劫掠的危险。乌巢是我军储备粮草的重地，应该提高戒备级别。主公速遣精兵猛将，在山路不间断巡逻，防止被曹操算计。”袁绍怒斥沮授：“你是有罪之人，不思悔改，还一味妄言惑众。”他一怒之下，杀了放出沮授的监押人员，重新安排人员看押沮授。沮授叹道：“我军亡在旦夕，只怕我的尸骸都将不知落到何处了！”