1754年，42岁的卢梭身心俱疲，决定返回日内瓦。在日内瓦，他的境遇很好，和在巴黎形成鲜明的对比。官员、牧师和公民们对他处处表示出诚挚的态度，使他内心十分感激，这促使他决定要回到日内瓦安度余生。但就在这时，卢梭《论人类不平等的起源和基础》一书的献词，在国民议会和日内瓦市民中招来敌意和嫉妒，再加上此时和他反目的伏尔泰已去日内瓦附近定居，所以，经埃皮奈夫人和其他亲友的再三挽留，卢梭终于改变了初衷，放弃返回日内瓦的计划，决定住进埃皮奈夫人专门为他准备的“退隐庐”。

按照当时的情况，卢梭完全可以变得更富有，只要他稍微愿意把作家的手腕和出好书的努力结合起来，他的作品就可以为他谋取丰厚的利益，甚至可以生活得很奢侈。但是，他觉得为面包而写作，不久就会窒息他的天才，毁灭他的才华。他认为，“当一个人只为维持生计而运思的时候，他的思想就难以高尚”①。为了能够和敢于说出伟大的在“退隐庐”,卢梭的主要工作就是抄乐谱和写作。其中有他构思时间最长、最感兴趣的《政治制度论》。十几年前在威尼斯的时候他就想写这部书了。当时他看到被人夸耀的政府也有那么多毛病，通过对伦理学历史的研究，发现一切都从根本上与政治相联系；不管你怎么做，任何一国的人民都只是他的政府的性质将他们塑造成的那样。因此他想，什么是最好的政府?什么样的政府性质能造就出最有道德、最开明、最聪慧，总之是最好的人民?由此又产生出另一个问题：哪种政府在性质上最接近于法?进而什么是法及一连串同样重要的问题，都出现在他脑子里。卢梭感到，探讨这样一些问题，正在把他引导到伟大的真理上去，而这样的真理有利于自己的祖国和全人类的幸福。卢梭在这一时期完成的《社会契约论》,就是他计划写作的《政治制度论》的一部分。他写这部作品已经好几年了，一直在悄悄地进行。他不想把这个计划告诉任何人，连当时和他关系很好的狄德罗也不知道。他认为这个计划就他写书的时代和国度来说是极其大胆的，別人知道了会惊慌，而这惊慌无疑会影响他的写作，所以只能悄悄地进行。他觉得，他以日内瓦公民的资格生活在法兰西，是十分有利于放胆说出真理的，而在他业已完成的《社会契约论》里，他就是这样做的。他的另一项工作，就是摘选圣皮埃尔神父的遗著,将其编纂成书。这期间，他还思考着一部作品，叫做《感情伦理学或智者的唯物主义》,想探讨人们在生活中为什么会变成几乎完全不同的人。他通过观察研究发现，人们的生活方式大部分是由外界事物的先入印象决定的。人们不断地被自己感观和器官改變着，并不知不觉地在自己的意识、感情乃至行为上受这些改变的影响。因此，他感到有必要根据自然科学的原理，提供一种外在的生活准则，这种准则随环境而加以变通，就能把我们的心灵置于或维持于最有利于道德的状态。尽管这部作品最终没有完成，但其中的一些基本思想在后来的《爱弥儿》中得到了反映。

除了写作《社会契约论》,卢梭在这一时期还写出了另一部书信体小说——《新爱洛伊丝》。在隐居生活中，卢梭和戴莱斯相处的时间增多了，他终于下定决心，和戴莱斯正式结婚。但是，由于戴莱斯只是一个女仆，她虽然在生活上能给卢梭很好的照顾，但始终无法做到心灵的沟通和交流，因为他们之间缺乏共同的话题和兴趣。于是，卢梭内心的孤独促使他不断回忆起自己年轻时的旧相识。就在这时，他认识了一位女性，两人之间的关系非常密切，经常一起谈心。幻想和现实交织在一起，促使卢梭写出了《新爱洛伊丝》。写这部作品，是卢梭对少年时代感受到的一切进行回忆，更是他给过去未能满足而现在仍然侵蚀着他心灵的那种爱的欲望以出路，书中涉及社会、艺术、人的情绪、乡野生活、宗教、天然景物等，体现着他思想中热爱自然，回归自然的倾向，也体现了他的爱情观和伦理道德观。

《新爱洛伊丝》的成功，改善了卢梭的经济状况，他在生活上摆脱了财源枯竭的窘境，他可以安心地投入《爱弥儿》的写作，《社会契约论》也正是在此之后不到两年的工夫整理出来的。完成这两部著作之后，卢梭一边整理其他几部次要的作品，一边筹划着它们的出版。尽管《社会契约论》稍晚于《爱弥儿》写成，但还是先出版了，而《爱弥儿》的出版则碰到了麻烦，他的生活因此发生了重大逆转。