事实证明，当大哥鲁迅对这位小老弟的评价十分到位。1937年卢沟桥事变后，北京大学撤离北平，周作人没有同行。与孟森、马裕藻、冯祖荀等“留平教授”一道受校长委托看守校产。周作人大概连自己也不晓得，这次留平竟然彻底改变了他的后半生，让他的后半生从此风雨飘摇。

现在分析下来，这大概和羽太信子也不无关系。当时，从鲁迅和鲁迅母亲及朱安搬出八道湾以后，八道湾的实际主人就已经是羽太了，鲁迅后来也说过，八道湾就剩下一个中国人了。虽然鲁迅搬走以后，周建人又在那里住了一段时间，但不久也去了上海。这样，周作人实际上已经处于日本人（羽太信子和她的娘家人）的包围之中。本来性格上就有点懦弱的周作人，不听老婆的才怪。

在北平期间，其中最受影响的就是周作人遭遇神秘枪击案。

1939年元旦上午，周作人的学生沈启无到八道湾来拜年，其间，自称是他的学生李姓客人求见周作人，突然开枪向他射击。周作人后来也回忆说：

只见一个人进来，没有看清他的面貌，只说一声‘你是周先生吗？’便是一枪。我觉得左腹有点疼痛，却并没跌倒。那时客人（指沈启无）站了起来说道，‘我是客’，这人却不理他，对他也是一枪，客人应声倒地。那人从容出门，我也赶紧从北门退归内室。沈启无已经起立，也跟了进来……

幸运的是，子弹射中周作人衣服上的铜扣，他毫发未损，沈启无也仅仅受轻伤，一天后即出院。倒是后来帮忙抓凶手的车夫被凶手的另外一个协助伙伴给打死。凶手逃逸后未被捉获。

对于这场神秘的枪杀案，后来的研究者大部分认为是日本特务所为。理由有三：

其一，当时，周作人当了燕大的客座教授，拒绝了其他文化单位的一切聘请，激怒了当时的敌伪。

其二，刺客是大模大样的乘坐汽车来行刺的，这样好的行刺条件，大概只有日本特务了。

其三，行刺完全可以在周作人去燕大的路上，却偏偏选择了周作人的家里，大概就是避免联想，不过正是因为这种此地无银三百两的精密策划，更加深了日本特务的嫌疑。

其四，周作人被行刺后，日军就派侦缉队员呆在周作人家里，不允许其再去燕大上课，实际上就是软禁他，逼其就范。

经过枪击案的身心冲击，周作人在1939年1月接下汪精卫南京政府国立北京大学图书馆馆长的聘书，3月应聘兼任北京大学“文学院筹办员”，开学后兼任文学院院长。1940年11月8日，汪精卫政权华北政务委员会教育总署督办汤尔和因肺癌病逝，1940年12月19日，汪精卫政权中央政治委员会31次会议通过“特派周作人为华北政务委员会委员，并指定为常务委员兼教育总署督办”，1941年元旦正式上任。1941年10月起兼任东亚文化协议会会长，1943年6月起兼任华北综合调查研究所副理事长，1944年5月起兼任《华北新报》经理和报道协会理事、中日文化协会理事。

尽管他在日记中写道：“下午收北大聘书，仍是关于图书馆事，而事实上不能不当。”一方面说明他确实是一个不太明白是非的“昏”人，另外也说明他也是被逼无奈。

不过，政治只问结果，不问过程。

抗战结束后，1945年12月在北平以汉奸罪名被蒋介石主政的国民政府逮捕，并押解南京受审，监禁于老虎桥监狱。糊涂的周作人一开始被判死刑。当庭就吓得拼命解释，说“我之所以变节忤逆，当初也是身不由己啊！是被日本人一枪吓的呀!我对不起列祖列宗，但我周作人终究没杀过一个中国人，我没血债，为何一定要判我极刑呢！”

后来，在周的朋友、学生纷纷为他开脱求情，俞平伯还给在美国办外交的胡适写了封长信，请求胡适为周说情。

1946年11月6日，高等法院判处他14年有期徒刑，1947年12月9日改判10年有期徒刑。

1949年10月1日，中华人民共和国成立。周作人搬回北京八道湾的老房子，专心翻译和写作，以稿费维持生计。