1856年9月，一个让曾国藩及湘军振奋的消息传来，太平天国起了内讧。之后，太平天国在用人方面作了一番大的调整，混乱的局面也得到了控制。太平天国和湘军的军事形势又处于相持阶段。在此期间，双方就像经过一番激烈搏斗的猛兽一样，一边养精蓄锐，一边寻求时机。

此时的曾国藩也改变了作战计划，不轻易出战，同时命令湘军营寨要固若金汤。他想和太平军拼实力，拼时间，拼消耗。因为他分析，太平军靠的是一时的锐气，只要坚守下去，太平军就会不战自乱。

就这样战争陷入了死一般的沉静。这种日子让曾国藩感到有些厌倦，他想逃离这里，远远地离开这里。正当他为此苦恼之际，传来了一个让他备感意外且痛心疾首的消息——他的父亲已于咸丰七年（1857年）二月四日离世。闻此噩耗的曾国藩一阵痛哭，之后，他感到对于自己这也是一种解脱。于是他向皇帝陈报丁忧，同时要求开缺守制。他向皇帝陈述了当时的战情，即使他不在江西也不影响整个战事，因为自从太平军内部发生矛盾之后，战局也有了一定的变化。太平军是屡屡战败，而湘军则收复了大部分失地：江西方面夺回了被太平军抢夺的大部分土地，胡林翼率领的湘军也夺回了武汉，长江上游沿江城镇也被湘军夺回，现在的九江、江西的吉安和瑞州等地也被湘军重重包围，曾国藩说此时把军队交给手下完全放心。曾国藩来不及等皇帝的批准，便在其弟曾国华的陪同下赶回了湖南老家。

曾国藩回家后多日才收到皇帝的批复，皇帝只批了他三个月的假，不允开缺。三个月未到，曾国藩又收到了皇帝的命令，让他返回江西大营，带兵消灭太平军。曾国藩经过一番思索之后便提笔向皇帝上奏，他要求皇帝再给假期三年，让他在家为父尽孝。同时他列出了不愿再回军营打仗的理由，表明了自己多年以来带兵打仗遇到的挫折。因为没有实权，所到之处备受冷嘲热讽，虽然自己身居兵部侍郎之位，却不如地方提镇。自古带兵打仗胜败难以预料，没有常胜将军，也没有常胜的军队，他和湘军勇士们打了胜仗还好说，如果打了败仗连吃饭都成问题，朝廷不拨饷，地方不支持，只有饿肚子的份。他的湘军身担救国灭敌之重任，却不算国家的正规军，没有编制。为打了胜仗的湘军将领申请个奖赏还必须征得地方官同意，由他们上报，自己对这点毫无权力。湘军在前方为国杀敌，经过生生死死，没有军饷如何鼓舞士气，地方官都把湘军当做累赘不愿出钱，他们恨不能让湘军饿着肚子为他们打仗。这些勇士不但在战场上遭受枪林弹雨，还要在背后遭受地方官们的攻击陷害。曾国藩向皇帝明确表示，如果此次让他回江西作战，必须给个实职，这样才能让湘军维持下去。如果依然是空头衔一个，他就不再回江西大营，让他在家为父尽孝，打仗的事让江西巡抚、提督等人去。

咸丰帝看到此奏折之后，明白了这是曾国藩在向自己要实权。他考虑了一番，并分析了当时的战况，认为此时的太平军已今非昔比，即使不靠曾国藩也会打败太平军。如果这个时候让曾国藩手握大权，实在太危险。于是他下旨，批准曾国藩在家为父守孝三年。自此以后曾国藩便过起了乡居生活，离开了他一手创建起来的湘军。