田家镇一战，让湘军完全控制了长江上游，加上此时的太平军水师已接近覆没，曾国藩及湘军将领很是高兴，大有一气踏平太平天国的架势。在这种形势之下，湘军没有经过一番休整就浩浩****地出发了。

当田家镇失利的消息传到天京时，太平天国领袖心急如焚，马上派石达开、罗大纲连夜赶回西线指挥作战。

当太平军名将、文武兼备的石达开接到命令后，立即率领五千人马赶往西线作战，成为了西征军的主帅。而罗大纲也是太平天国的一员名将，先后率军攻入永安州、全州、岳州等城镇，立下了汗马功劳。当石达开和罗大纲所率部队在九江会合之后，得知前线太平军连连失守，便组织太平军不断地后撤。罗大纲所率领的万余大军与追兵在孔垅一带交火，湘军见敌方势力凶猛，便停止了前进的脚步。而此时太平军则全力驻守在九江及湖口两地。

此时曾国藩率领湘军陆师扎营在九江大东门外的四里坡处，而水师则停留在九江江面上等待命令。王国才率领的清军四千人驻扎在黄梅，按察使胡林翼率军两千人进攻九江之背，总共约两万六千人，由曾国藩指挥。

负责守卫九江的是李秀清亲点的主将之一林启荣，此人作战英勇顽强，勇冠三军。当石达开一行进入九江城内，便召集罗大纲和林启荣前来商量战计，共同对付湘军的攻击。林启荣满怀信心，他占领九江已两年，对九江的情况了如指掌。他说以太平军的五万余人对付湘军的两万人，可谓唾手可得。他提出采取以守为攻、以逸待劳的方法来对付湘军。石达开和罗大纲也同意这种战略，但强调要守中有攻，从而给来犯的湘军以狠狠的打击。在石达开的命令下，太平天国的三名将领各守一处，林启荣负责守护九江城，罗大纲负责守护梅花洲，石达开负责守护湖口城——三军配合作战，利于战事。

此时的湘军在连连取得胜利之后，思想上轻视了太平军的实力。特别在田家镇之役后，太平军的节节败退，更让他们认为太平军不过如此。但曾国藩提出不可小看太平军的实力，他提出了两点，一是石达开具有非常优秀的军事能力，即此种顶尖人物不可小视；二是林启荣占领九江两年，对这里的情况非常熟悉，绝非泛泛之辈可比。可对于他提出的这两点，塔齐布、罗泽南、彭玉麟、杨载福等人并不认可。他们一致认为之所以太平天国能在极短的时间内连占大清半壁江山，那是因为大清的绿营兵腐败无能，而不是因为太平军的厉害。这使得他们决定一鼓作气，一举拿下九江。于是湘军各将领分别率队，向九江的四个门进攻。也许在太平军未换将领时他们采取此法能取得胜利，但是这次率军的却是文武双全的石达开，并非其他人。

正当湘军的四路人马进攻九江时，九江城上却人影皆无。而正当湘军官兵纳闷之时，突然，太平军满怀怒火，向湘军发起了猛烈的轰击。此时的湘军全无防备，没有还击之力，枪林弹雨，杀得湘军是人仰马翻，尸体遍地。塔齐布、罗泽南看到城上的火力猛烈，再不后撤也是白白送死，于是他们只得下令撤退。

经过这次交战，罗泽南、彭玉麟彻底改变了对石达开、林启荣的看法。他们知道了这二人的厉害之后，提出不能硬拼，只能智取。于是，他们决定先在竹林店进行休息和整顿。一番休整之后，士兵的精力略有恢复。此时曾国藩作出如下决定：由塔齐布率军继续攻城，以此来分散九江兵力；罗泽南攻取湖口；彭玉麟与胡林翼一起向梅家洲进攻。这样一来，只要有一处被攻破，则为进攻九江打开了一个突破口。

石达开是何其聪明，他看湘军好多天也不见动静，便猜到湘军必有其他计策。于是下令各部队严加防范，提高警惕，同时他亲自率人先到湖口再到梅家洲一一察看情况。

在梅家洲石达开发现有疏漏，于是命人筑垒架炮，以防湘军水师的攻击。九江方面，他让林启荣坚守城垒，不可出城作战，只用枪炮攻击湘军即可；随后他又赶回湖口，进行了一系列的布置。各地严防以待，就等着湘军掉入太平军的包围圈内了。

湘军这边也开始了攻击计划。但他们无论如何也没想到石达开等人早已为他们设置好了一切，就等着他们主动送上门了。求胜心切的罗泽南率兵来到湖口，起初他见江面风平浪静，还沾沾自喜。等他率军行至城厢时，突然从城头上蹿出一个个人头，这些埋伏好的太平军立刻万枪齐发，湘军再次被这突如其来的猛烈火力轰倒在地，完全没有了攻击能力。罗泽南看到湘军勇士不断阵亡，而太平军却未死一个。这致使他一阵心焦，大有不杀死几个太平军不甘心收队的态势。石达开见此情景，便命令太平军打开城门，由两支人马出门迎战。湘军既要躲避城头上的攻击，又要对付迎面而来的攻击，战斗持续没多长时间，湘军就连连后退。这一次战斗，让罗泽南见识到了太平军的厉害，他自称这是湘军有史以来遭受到的最严重的一次打击，打得他是没有还手之力，只能带兵撤退。

湘军水师在彭玉麟的率领下，进攻梅花洲，此时他也身陷太平军的圈套之中。湘军被从天而降的不计其数的炮弹轰得是船翻人亡。前不能进，后不能退，经过几次突围之后才侥幸得以逃脱，同时也付出了惨重的代价，大批船只和武器白白地让太平军捡去了。

再说塔齐布率领的一军攻击九江，也是中了太平军的埋伏，身陷绝境，幸亏他福大命大，在险境中突围，但他所率领的军队也是死伤无数。

面对如此惨败，曾国藩及湘军众将领均不服气，于是休整了两日，再次向太平军发起了进攻。由于前一次的教训，这次湘军只远远地开枪开炮，不敢接近。但是太平军却无任何动静，这样折腾了两天，各路人马都疲惫不堪，正当他们回营休息时，突然枪炮轰鸣，还有火箭、火球不断地射向湘军的战船。一连几夜都如此，湘军士官们由于缺少睡眠，人人无精打采，再无斗志，极像霜打的茄子，没了生气。

石达开的目的就是要让湘军变得无精打采，失去战斗能力。此时他见时机成熟，便开始了他的行动计划。

咸丰四年（1854年）十二月十二日，江面上突然出现了太平军的船队，一连有四十多只。见状，曾国藩便和众将商量对策。曾国藩认为太平军此举一定有阴谋，便想听听众将的建议。当时湘军的将领们哪还有心思细想这些，憋了这么多天，终于见到了置他们于死地的“长毛”了，于是心浮气躁的湘军将领们认为应攻打他们，杀死一个是一个，以发泄这几天堆积在心里的气愤。而曾国藩见无良策，也只好顺从了。水师都司萧捷三等得令后率湘军水师直攻太平军的船队。

萧捷三眼下只想多杀几个太平军以除心中的躁气。于是，他带队快速追击，而太平军见状便拼命前进。敌我双方一个快追一个快进。在萧捷三命令开炮轰击时，太平军的船一转弯，驶向了鄱阳湖。此时的萧捷三想也没想便命令船队紧跟其后。在进了鄱阳湖后他才知道中了敌人的诡计。太平军倚仗鄱阳湖的地理优势把萧捷三和他的船队死死地封在了湖内，并在周围安装了大炮。显然，里面的湘军水师只有等死的份了。

石达开这一计可谓高招——他这一来，把湘军水师分为两部分，萧捷三率领的快船留在了鄱阳湖内，而曾国藩所率领的长龙和快蟹大船则留在了外江，这些长龙和快蟹大船失去了快船的护卫，就等于陷入了绝境。

天黑下来的时候，曾国藩正焦急地等待着萧捷三的消息，但却等来了太平军船队攻击湘军水师的消息。曾国藩大惊，湘军的大船离开了舢板，就像雄鹰失去了翅膀，再也不能飞翔。此时太平军的小船自由地穿梭在大船之间，不时投出火把、火球，致使湘军的战船四十多只被烧毁。幸亏曾国藩的大船上有大炮，不时地开火轰击，这才使他幸免于难。

当太平军高唱凯歌胜利而归之后，曾国藩则气急败坏，他召集了湘军所有的将领，再一次向九江发起进攻。而在当天夜里，太平军趁着夜黑，又向湘军水师发起了更大规模的进攻。这一次，让曾国藩差点丧命。湘军的战船被太平军放火烧毁，湘兵们纷纷逃跑。曾国藩亲眼看着自己的兵被太平军杀死，他想这一下全完了。而正在这时，一名太平军士兵向他冲了过来，曾国藩还算是眼疾手快，他马上跳入江中，之后被一随从发现，将他救出了水面。

幸亏救得及时，曾国藩才捡回了一条命。当他看到自己精心建立起来的水师就要完了的时候，他的心就像碎了一般疼痛。

湘军水师已不成形，留在鄱阳湖内的快船也出不了湖，而湘军陆师也备受打击。太平军则大喜，在他们取得长江上游的胜利之后便进行了一系列的反攻。太平军水陆两军强强联手，攻下了黄梅、广济、蕲州、黄州，于咸丰五年（1855年）正月初七再次占领汉阳。咸丰帝慌忙下令曾国藩回武汉进行援助。曾国藩不敢违旨，只好派胡林翼、王国才两部及彭玉麟、李孟群水师援救武汉。但因太平军实力雄厚，且湘军伤痕累累，没有多少力量够折腾的了，所以未能救得了武汉。二月十七日太平军攻克了武昌，湖北巡抚陶恩培被太平军打死，湖广总督杨霈逃跑。

经曾国藩和湘军几番血拼千辛万苦夺得的长江重镇又被太平军全部夺回。进退两难的曾国藩被咸丰帝大骂了一通，之后咸丰帝仍命他一定要攻下九江，夺取南京。此时，一筹莫展的曾国藩走投无路，只好接受皇命。