同治帝去世的时候，年仅19岁，是清代最年轻就去世的皇帝。那么，他究竟死于何因，历史记载迷雾重重。

死于天花。同治十三年十月三十日下午，御医李德立和庄守和诊断：“发热头眩，胸满烦闷，身酸腿软，皮肤发出疹形未透，有时气堵作厥。”这正是天花的早期症状。同治帝老师翁同龢也记录：“闻穿蟒袍补褂，圣躬有天花之喜。”慈禧太后还为此奖赏了宠臣荣禄官衔，以为冲喜。

死于梅毒。同治帝由于对母后的叛逆，不去后宫，而去冶游八大胡同，招致疾病缠身，前面已有叙述。仅从档案的角度来看，也可说明一些问题。李德立在脉案中说，到十一月初二日，同治帝出现“腰疼胸堵”“由毒滞熏蒸肺胃，阴分不足”的症状，这说明同治帝肾虚，毒火因此而内陷。到十一月十六日，御医诊断：“肾虚赤浊，余毒挟湿，袭入筋络，以致腰软重疼…”。同治帝的这些症状，有专家判断，是天花和梅毒夹杂的症状。当然，即使同治帝真的患有梅毒，慈禧太后出于皇家颜面，也不会把这种病公诸于世。

死于慈禧太后的刺激。关于这一点儿，就是前文所述，同治帝和阿鲁特氏谈及皇储问题，慈禧侦知，大怒，撕碎同治帝遗诏，并厮打皇后阿鲁特氏。这就深深刺激了重病的同治帝，导致他病情突然加重，不治身亡。

死于皇后的纵容。这也是《满清外史》的记载：“载淳之寝疾也，病稍愈矣。一日，忽欲往凤秀女宫中，以语阿鲁特氏，阿鲁特氏不可，载淳固求之，至长跪不起，阿鲁特氏不得已，乃钤玺传谕，载淳始欣然往。次晨，遽变症，召御医入视，疾已不可为矣，阿鲁特氏颇自悔。”

死于慈禧的霸道抢权。就在同治帝病重期间，慈禧太后在同治帝病房召见王公大臣，她不关心儿子的病情，反而十分关注谁来“裁决政事”。她的反复追问，大臣们看清了，于是，奏请仍由太后垂帘听政。而慈禧乘胜追击，要大臣拟出奏折，奏报给同治帝，要他亲口说出来，才名正言顺。这样，同治帝十分生气，加重了病情，不久病逝。

总之，同治帝在前后生病的36天中，反反复复，也有好转的时候，但是，终因他的生母慈禧太后的刺激，而加重了病情，导致不治身亡。