光绪二十九年(1904年)，湖广总督张之洞奏请设总理学务大臣，以领辖全国学务，京师大学堂另设总监督一人。自此以后，学务大臣统辖全国教育，总监督则专管大学堂事务，京师大学堂从而成为单纯的高等学校。十一月二十七日（1904年1月14日），孙家鼐担任首任学务大臣，张亨嘉为京师大学堂总监督。1906年，孙家鼐向朝廷上奏：“……新律修订，亟需储备裁判人才。宜在京师设一法律学堂，考取各部属员，入堂肄习。毕业后派往各省，为佐理新政，分治地方之用。课程比照大学堂奏定学科，酌量损益。常年经费，每年约银四万两，由各省分筹拨济。开办经费约需银三万两，请归户部筹拨。……大学堂政治专科法律学门所列科目备详中西法制。原系储备佐理新政之用，惟须俟预备科及各省高等学堂毕业学生升入。现在预备甫设，专科尚未有人。伍廷芳等所请专设法律学堂，实为当务之急，自应准如所请。”经过紧张筹备，同年10月，京师法律学堂正式开学。

光绪三十四年十月二十一日（1908年11月14日），光绪皇帝驾崩于瀛台涵元殿，年仅38岁。慈禧宣布懿旨，载沣之子溥仪（3岁）入承大统。次日，太后再也没能像以前那样，选定小皇帝后继续训政，而是在跨越73岁这道坎时，一脚踏空，一命呜呼。

生前，光绪皇帝曾对即将离任的女侍卫官德龄谈了自己内心的苦衷，德龄在《清官禁二年记》做了详实的记录：

我没有机会把我的意思宣布于外，或有所作为，所以外间都不大知道我。我不过是替人做样子的。以后再有外人问你，只告诉他我现在所处地位实在的情形。我有意振兴中国，但你知道我不能做主，不能如我的志。

在慈禧无休止的虐待下，在儒家文化及其“孝道”无形枷锁的束缚下，光绪皇帝就像是被两支巨手越来越紧地卡住了脖子，希望日益渺茫，反抗的气力日益减弱，最后是锐气尽消，麻木不仁。临死前几年，已经是“眼睛像死羊一样，呆呆的”！临终前，涵元殿内凌乱不堪，墙壁四周全是蜘蛛网，窗户纸又黄又破，野风吹进来，发出鬼哭狼叫般的哀鸣。火炉也已破裂，早已不能生火；桌子和椅子都很黑污，好长时间无人擦拭。桌上有一盏小油灯，光小如豆。光绪皇帝的**，被褥又单又脏，散发出一股呛鼻子的药臭味。“御榻旁无古玩物，惟见《贞观政要》《太平御览》《永乐大典》三部而已。”在咽下最后一口气的急促的呼吸间隙，他还不忘恨恨地痛骂袁世凯的卖主求荣！

明君遇厉后，无异于书生遇厉鬼！

光绪皇帝英年驾崩，壮志未酬，是他个人的悲哀，也是国家、民族的不幸啊！他“幼而提携，长而禁制，终于损其天年。无母子之亲，无夫妇昆季之爱。无臣下侍从燕游暇豫之乐，平世齐民之福，且有胜于一人之尊者。毓鼎侍左右近且久，天颜戚戚，常若不愉，未尝一日展容舒气也。……（光绪皇帝）天挺英明，豁达大度，奋发欲有所为，处万难之会，遵养时晦，以求自全，有大不得已之苦衷哉！” ⑵ “光绪亲政后，颇思革新庶政，其一种励精图治之决心，足使京内外人士注意， 如北斗之见于天空，人人咸为引领。……后人之读清史者，必将许其为爱国之君，且为爱国之维新党。其聪明睿智，洞悉治理，实为中国自古迄今未有之贤主也。天之诞生光绪于中国，怠特命之为中国革新之先导，故其举措异常人，洵伟人也。”⑶

那天，孙家鼐正在家里抽烟。太监送来了光绪皇帝驾崩的消息，他只感到是晴天霹雳，大脑一片空白，烟袋失手滑落坠地，翡翠烟嘴摔在地砖上，摔成数瓣。孙家鼐顾不得多想，大步跨出家门，冒着大风雪，徒步走向乾清宫，去为皇上哭丧。

《国闻备乘》是御史胡思敬“趋职之暇，时有所纪”的成果，也可以视为胡思敬的为官目击记。他在《国闻备乘》中明确记载：

德宗安奉乾清宫，群臣哭临三日，皆无戚容。唯孙家鼐伏地痛哭不起。予观当时丧仪，盖有三失，不独无戚容也。古者羔裘元冠不以吊，《大清通礼》云：“遇大丧，凡应成服之人，礼部奏准后，各给白衣成服，由户部给发。”今王公百官皆反穿羊皮而内袭元缎，不知倡自何人，上下相习，不以为怪。此一失也。群臣哭临皇帝丧，三品以上在乾清门外，四品以下则应在景运门外，今无论官职大小均混入乾清，人声嘈嘈，仆从皆杂其中，御史不纠礼，礼部不相仪。此二失也。定例，大丧二十七日内不奏事，盖指各部例行常事而言。孝钦二十一日崩，二十八日诏定监国典礼，初二日刘廷琛上疏言典礼事，乃以违例传旨申饬，此三失也。当德宗晏驾时，遗诏未下，民间已周知，是日遍城人无不剃发，嫁娶者纷纷，竟夕鼓乐声不绝。官司未闻禁止，殆所谓掩耳盗铃与！