从1898年7月接受任命，到1999年7月因反对废立逆流而主动要求病休，孙家鼐只在京师大学堂管学大臣的位置上干了一整年。1900年6月，由于义和团运动兴起，盲目排外势力猖獗，京师大学堂一度被迫关门，并先后遭到义和团团民、清兵和八国联军的反复洗劫，损失惨重。直到光绪二十七年十二月一日（1902年1月10日），清廷才指派张百熙为管学大臣，恢复京师大学堂，京师大学堂进入了新的发展时期。因为孙家鼐上任是在戊戌年，所以，史称孙家鼐时期的京师大学堂为“戊戌学制”；1902年为农历壬寅年，所以，史称张百熙时期的京师大学堂为“壬寅学制”。戊戌年大学堂尽管没能培养出杰出的毕业生，但作为中国第一所强调科学和外语知识、中西学并重的新式综合性大学，它却为壬寅年大学堂乃至以后的中国高等教育树立了一个良好榜样，并打下了坚实的基础。吃水莫忘掘井人。孙家鼐的开山之功、护校之勋应该永载史册、万古流芳。

现在，北京大学的校史陈列馆内，关于孙家鼐的内容很少，分量也很低，这是非常令人遗憾的。我希望在不久的将来，北京大学至少应给孙家鼐塑铜像、开辟陈列室，以缅怀“近世师表”、首任校长的历史性贡献。

对于当年的破冰之旅的艰辛程度，丁韪良感同身受，终生不忘。1907年，他在《中国之觉醒》中回忆说：

1898年，年轻的皇帝从甲午战争的惨败中吸取了教训，决心对中国的教育制度进行彻底的改革。西方的科学知识只限于让少数使馆翻译和随员去了解是绝对不行的。必须让清王朝第一流的学者也有机会接触那个能增强国力的源泉。于是，便以五百万两银子为基金创办了一所大学，本书作者被皇帝下谕令任命为该大学的校长，并被赐予清朝九品官衔中的第二品顶戴。

首批招收的学生在两三百之间，都是在科举考试中获得功名的秀才、举人和进士。大学创办初期，朝野上下一致拥护。但在慈禧太后发动戊戌政变后，风向也变了。这座专门培养精英的大学，与那个必将把学校推广到大清国每一个城乡的复杂教育体制之间相距甚远。实际上，旧制度下的高官贵爵们仍对这种新式教育侧目而视。就像对待铁路那样，他们将它视为一种危险的尝试和祸根。

对于京师大学堂劫后余生的历史价值，已越来越多地引起人们的重视。朱从兵在《教育史话》中做了这样的评价：

维新变法运动遗留下来的京师大学堂具有重要意义，它表明维新教育改革在一定范围内取得了进展，同时标志着中国近代高等教育进入了创立阶段，设置专职教育行政官吏也从此开始。⑴

京师大学堂首届师范毕业生俞同奎在《四十六年前我考进母校的经验》一文中深情地写道：

现在北大像一朵鲜花，正在灿烂开放，而这一朵花发芽时期，谁都不能否认是在四十六年前。这块园地，是戊戌京师大学堂（管学大臣）孙家鼐开垦的……